Whole Genome Sequencing(전체 게놈 시퀀싱)란 무엇입니까?
Whole Genome Sequencing 전체 게놈 시퀀싱 - The present study aimed to explore whole-genome sequencing (WGS)-based approaches in epidemiological typing of VRE, by investigating a collection of ST80 strains. [1] Using whole-genome sequencing (WGS) data from 455 patients and RNA sequencing (RNASeq) data from 655 patients, including newly diagnosed (WGS, n = 198; RNASeq, n = 437), lenalidomide (LEN)-refractory (WGS, n = 203; RNASeq, n = 176), and pomalidomide (POM)-refractory cohorts (WGS, n = 54; RNASeq, n = 42), we found incremental increases in the frequency of 3 CRBN aberrations, namely point mutations, copy losses/structural variations, and a specific variant transcript (exon 10 spliced), with progressive IMiD exposure, until almost one-third of patients had CBRN alterations by the time they were POM refractory. [2] Low-coverage whole-genome sequencing (LC-WGS) can provide insight into oncogenic molecular changes. [3] Here, we present Integrative Framework for Genome Reconstruction (InfoGenomeR)-a graph-based framework that can reconstruct individual SVs into karyotypes based on whole-genome sequencing data, by integrating SVs, total copy number alterations, allele-specific copy numbers, and haplotype information. [4] Direct whole-genome sequencing was performed, and viral assemblies were subsequently uploaded to GISAID. [5] We used whole-genome sequencing to investigate the landscape of mutations in a cohort of sporadic retinoblastomas, including cases where mutations in both copies of RB1 had not been previously identified. [6] Whole-genome sequencing has revolutionised infectious disease study, particularly infection transmission and control. [7] albipinna group as well as for further whole-genome sequencing of P. [8] Whole-genome sequencing (WGS) confirmed that all SARS-CoV-2 strains from this study were VOC 202012/01-lineage B. [9] Whole-genome sequencing (WGS) has been established for bacterial subtyping and is regularly used to study pathogen transmission, to investigate outbreaks, and to perform routine surveillance. [10] AIMS To investigate transmission events (TEs) involving HCWs, patients and the environment under non-outbreak conditions in a hospital with a history of endemic MRSA using whole-genome sequencing (WGS). [11] In this study, we compared these two approaches for bacterial whole-genome sequencing, with a specific aim of assessing their ability to recover small plasmid sequences. [12] During 1998-2014, phenotypic antimicrobial susceptibility was determined by broth microdilution; criteria for 6 antibiotics were used to identify RBLS, followed by whole-genome sequencing (WGS). [13] Furthermore, whole-genome sequencing has revealed a range of virulence and persistence mechanisms as well as plasmid-borne multidrug resistance traits. [14] Whole-genome sequencing showed that eight of them harbored large mosaic plasmids carrying resistance to carbapenems and hypervirulence simultaneously, and four different types of hybrid plasmids were identified. [15] The analyses included whole-genome sequencing, whole-blood RNA sequencing, plasma and blood mononuclear cells proteomics, cytokine profiling and high-throughput immunophenotyping. [16] The use of whole-genome sequencing coupled with statistical and computational methods has shown great potential in unraveling the complexity of the evolution of DR-TB. [17] The challenge for geneticists is now the interpretation of the amount of available genetic data, generated especially by exome and whole-genome sequencing. [18] We utilized whole-genome sequencing, association mapping, gene-disrupted mutants, gain-of-function transformants, virulence assays, bioinformatics, and qPCR to characterize these interactions. [19] In this mSphere of Influence article, he reflects on how the paper “Tracking a Hospital Outbreak of Carbapenem-Resistant Klebsiella pneumoniae with Whole-Genome Sequencing” by author Evan S. [20] Methods We analysed genetic mutations in 26 genes that underlie aortic aneurysms and dissections in 100 sporadic STAAD patients and 568 healthy controls after whole-genome sequencing (WGS). [21] In this study, using whole-genome sequencing (WGS) and RNA sequencing (RNA-seq) techniques, we comprehensively characterized these dynamic changes caused by mutations at three time points (48, 96, and 144 h after irradiation) and the expression profiles of rice seeds irradiated with C ions at two doses. [22] We used whole-genome sequencing reads from a diverse set of sexual and asexual individuals to analyze genomic abundance of a critically important gene family, rDNA (the genes encoding rRNAs), that is notable for dynamic and variable copy number. [23] faecium isolates were identified in close relation to phage therapy and, by using whole-genome sequencing, it was demonstrated that vancomycin-susceptible E. [24] By integrating whole-genome sequencing, genetic data, and allele-specific gene expression from TCGA, we identified 320 somatic non-coding mutations that affect gene expression in cis (FDR<0. [25] To analyze the variation in DNA methylation between stressed and control cultures, we (a) quantified the global DNA methylation status using an immuno-assay, and (b) studied DNA methylation patterns through whole-genome sequencing. [26] Phenotypic reversion assay and whole-genome sequencing indicated that this event was due to non-inherited resistance mechanisms. [27] Here, the primers for this palm were identified through whole-genome sequencing using the Illumina® Sequencing Technology platform. [28] Plasmid DNA from transconjugants underwent short-read whole-genome sequencing, reads were assembled, and gaps were closed by PCR and sequencing. [29] Results Using a set of whole-genome sequencing (WGS) data from 349 human gut microbiota samples with two types of IBD and healthy controls, we assembled and aligned WGS short reads to obtain feature profiles of strains and genera. [30] By performing whole-genome sequencing of S. [31] Skin and blood cultures isolated acid-fast bacilli; whole-genome sequencing identified M. [32] The report of Leptospira whole-genome sequencing demonstrated that pathogenic Leptospira contained the nucleotide sequence (colA gene) coding for the collagenase. [33] Whole-genome sequencing of two resistant derivatives revealed an important role of an uncharacterized oxidoreductase, indicating putative metabolic poisoning when grown in high-concentration nitrogen-containing media at 37°C. [34] Whole-genome sequencing analysis revealed that (i) extraintestinal E. [35] To unveil the underlying mechanism, whole-genome sequencing of the mutant was performed. [36] Objective To predict the cost and health effects of routine use of whole-genome sequencing (WGS) of bacterial pathogens compared with those of standard of care. [37] Here, we describe a highly scalable method for preparing high-quality whole-genome sequencing libraries directly from Saccharomyces cerevisiae cultures in less than 3 h at 34 cents per sample. [38] knowlesi genetic polymorphism was indicated initially by analysing a few nuclear gene loci as well as the mitochondrial genome, and subsequently by multi-locus microsatellite analyses and whole-genome sequencing. [39] molitrix in North America was corroborated based on the whole-genome sequencing data, and the proportion of introgressed regions was estimated to be approximately 5. [40] In this study, we assessed whole-genome sequencing data in 2671 families with autism (discovery cohort of 516 families, replication cohort of 2155 families). [41] Whole-genome sequencing confirmed that five subjects were infected with closely related strains classified as the P. [42] However, whole-genome sequencing indicated that case R’s recurrence corresponded to a reactivation of the strain involved in his first episode. [43]현재 연구는 ST80 균주 컬렉션을 조사하여 VRE의 역학 유형 지정에서 전체 게놈 시퀀싱(WGS) 기반 접근 방식을 탐색하는 것을 목표로 했습니다. [1] 새로 진단된 환자(WGS, n = 198; RNASeq, n = 437), 레날리도마이드(LEN) 불응성(WGS, n = 203; RNASeq, n = 176) 및 포말리도마이드(POM)-불응성 코호트(WGS, n = 54; RNASeq, n = 42)에서 우리는 3개의 CRBN 이상, 즉 점 돌연변이, 복사 손실 빈도의 점진적 증가를 발견했습니다. /구조적 변이, 그리고 환자의 거의 1/3이 POM 불응성이 될 때까지 CBRN 변경이 있을 때까지 점진적인 IMiD 노출과 함께 특정 변이 전사체(엑손 10 접합). [2] 저범위 전체 게놈 시퀀싱(LC-WGS)은 발암성 분자 변화에 대한 통찰력을 제공할 수 있습니다. [3] 여기에서는 SV, 총 카피 수 변경, 대립유전자 특이적 카피 수 및 일배체형을 통합하여 전체 게놈 시퀀싱 데이터를 기반으로 개별 SV를 핵형으로 재구성할 수 있는 그래프 기반 프레임워크인 게놈 재구성을 위한 통합 프레임워크(InfoGenomeR)를 제시합니다. 정보. [4] 직접 전체 게놈 시퀀싱이 수행되었으며 바이러스 어셈블리가 이후 GISAID에 업로드되었습니다. [5] 우리는 전체 게놈 시퀀싱을 사용하여 RB1의 두 복사본에서 돌연변이가 이전에 확인되지 않은 경우를 포함하여 산발성 망막모세포종 코호트에서 돌연변이의 풍경을 조사했습니다. [6] 전체 게놈 시퀀싱은 전염병 연구, 특히 감염 전파 및 통제에 혁명을 일으켰습니다. [7] albipinna 그룹뿐만 아니라 P. [8] 전체 게놈 시퀀싱(WGS)은 이 연구의 모든 SARS-CoV-2 균주가 VOC 202012/01 계통 B임을 확인했습니다. [9] 전체 게놈 시퀀싱(WGS)은 박테리아 하위 유형 지정에 대해 설정되었으며 병원체 전파를 연구하고 발병을 조사하며 일상적인 감시를 수행하는 데 정기적으로 사용됩니다. [10] 목표 전체 게놈 시퀀싱(WGS)을 사용하여 풍토병 MRSA의 이력이 있는 병원의 비발병 조건에서 HCW, 환자 및 환경과 관련된 전염 사건(TE)을 조사합니다. [11] 이 연구에서 우리는 작은 플라스미드 서열을 복구하는 능력을 평가하는 특정 목표와 함께 박테리아 전체 게놈 시퀀싱에 대한 이 두 가지 접근 방식을 비교했습니다. [12] 1998-2014년 동안 표현형 항균제 감수성은 국물 미세 희석에 의해 결정되었습니다. 6가지 항생제에 대한 기준을 사용하여 RBLS를 식별한 후 전체 게놈 시퀀싱(WGS)을 수행했습니다. [13] 또한, 전체 게놈 시퀀싱은 다양한 독성 및 지속성 메커니즘뿐만 아니라 플라스미드 매개 다중 약물 내성 특성을 밝혀냈습니다. [14] 전체 게놈 시퀀싱은 그 중 8개가 카르바페넴 및 과독성에 대한 내성을 동시에 갖는 큰 모자이크 플라스미드를 보유하고 있음을 보여주었고 4가지 유형의 하이브리드 플라스미드가 확인되었습니다. [15] 분석에는 전체 게놈 시퀀싱, 전혈 RNA 시퀀싱, 혈장 및 혈액 단핵 세포 단백질체학, 사이토카인 프로파일링 및 고처리량 면역표현형 분석이 포함되었습니다. [16] 통계 및 계산 방법과 결합된 전체 게놈 시퀀싱의 사용은 DR-TB 진화의 복잡성을 푸는 데 큰 잠재력을 보여주었습니다. [17] 이제 유전학자들의 과제는 특히 엑솜 및 전체 게놈 시퀀싱에 의해 생성된 사용 가능한 유전 데이터의 양을 해석하는 것입니다. [18] 우리는 이러한 상호 작용을 특성화하기 위해 전체 게놈 시퀀싱, 연관 매핑, 유전자 중단 돌연변이, 기능 획득 형질 전환체, 독성 분석, 생물 정보학 및 qPCR을 활용했습니다. [19] 이 mSphere of Influence 기사에서 그는 저자 Evan S. [20] 행동 양식 우리는 전체 게놈 시퀀싱(WGS) 후 산발적인 STAAD 환자 100명과 건강한 대조군 568명의 대동맥류 및 박리의 기초가 되는 26개 유전자의 유전적 돌연변이를 분석했습니다. [21] 이 연구에서는 전체 게놈 시퀀싱(WGS) 및 RNA 시퀀싱(RNA-seq) 기술을 사용하여 3개의 시점(조사 후 48, 96 및 144시간)에서 돌연변이로 인한 이러한 동적 변화와 발현 프로파일을 종합적으로 특성화했습니다. C 이온을 2회 조사한 쌀 종자. [22] 우리는 매우 중요한 유전자 패밀리인 rDNA(rRNA를 인코딩하는 유전자)의 게놈 풍부함을 분석하기 위해 다양한 성적 및 무성 개인의 전체 게놈 시퀀싱 읽기를 사용했으며, 이는 동적 및 가변 복제 수로 유명합니다. [23] faecium 분리주는 파지 치료와 밀접한 관련이 있으며 전체 게놈 시퀀싱을 사용하여 반코마이신에 감수성인 E. [24] 전체 게놈 시퀀싱, 유전 데이터 및 TCGA의 대립유전자 특이적 유전자 발현을 통합하여 cis에서 유전자 발현에 영향을 미치는 320개의 체세포 비암호화 돌연변이를 식별했습니다(FDR<0. [25] 스트레스를 받은 배양물과 대조 배양물 사이의 DNA 메틸화 변화를 분석하기 위해 우리는 (a) 면역 분석을 사용하여 전체 DNA 메틸화 상태를 정량화하고 (b) 전체 게놈 시퀀싱을 통해 DNA 메틸화 패턴을 연구했습니다. [26] 표현형 복귀 분석 및 전체 게놈 시퀀싱은 이 이벤트가 비유전 저항 메커니즘으로 인한 것임을 나타냅니다. [27] 여기에서 이 손바닥에 대한 프라이머는 Illumina® Sequencing Technology 플랫폼을 사용하여 전체 게놈 시퀀싱을 통해 식별되었습니다. [28] transconjugants의 플라스미드 DNA는 short-read whole-genome sequencing을 거쳤고, read는 조립되었으며, PCR과 sequencing으로 간격을 메웠습니다. [29] 결과 두 가지 유형의 IBD 및 건강한 대조군이 포함된 349개의 인간 장내 미생물군 샘플에서 얻은 전체 게놈 시퀀싱(WGS) 데이터 세트를 사용하여 WGS 짧은 판독값을 조합하고 정렬하여 균주 및 속의 특징 프로필을 얻었습니다. [30] 전체 게놈 시퀀싱을 수행하여 S. [31] 피부 및 혈액 배양에서 분리된 항산성 간균; 전체 게놈 시퀀싱으로 M. [32] Leptospira 전체 게놈 시퀀싱 보고서에 따르면 병원성 Leptospira에는 콜라게나제를 코딩하는 뉴클레오티드 서열(colA 유전자)이 포함되어 있습니다. [33] 2개의 내성 유도체의 전체 게놈 시퀀싱은 특성화되지 않은 산화환원효소의 중요한 역할을 밝혀냈으며, 이는 37°C에서 고농도 질소 함유 배지에서 성장했을 때 추정되는 대사 중독을 나타냅니다. [34] 전체 게놈 시퀀싱 분석은 (i) 장외 E. [35] 기본 메커니즘을 밝히기 위해 돌연변이체의 전체 게놈 시퀀싱을 수행했습니다. [36] 목적 표준 치료와 비교하여 박테리아 병원체의 전체 게놈 시퀀싱(WGS)을 일상적으로 사용할 때의 비용 및 건강 영향을 예측합니다. [37] 여기에서 우리는 샘플당 34센트로 3시간 이내에 Saccharomyces cerevisiae 배양에서 직접 고품질 전체 게놈 시퀀싱 라이브러리를 준비하기 위한 확장성이 뛰어난 방법을 설명합니다. [38] knowlesi 유전적 다형성은 처음에 미토콘드리아 게놈뿐만 아니라 몇 개의 핵 유전자 좌위를 분석하고, 이어서 다중 좌위 미세위성 분석 및 전체 게놈 시퀀싱에 의해 표시되었습니다. [39] 북미의 molitrix는 전체 게놈 시퀀싱 데이터를 기반으로 확증되었으며, 유전자이입된 영역의 비율은 약 5로 추정되었습니다. [40] 이 연구에서 우리는 자폐증이 있는 2671 가족(발견 코호트 516 가족, 복제 코호트 2155 가족)에서 전체 게놈 시퀀싱 데이터를 평가했습니다. [41] 전체 게놈 시퀀싱 결과 5명의 피험자가 P. [42] 그러나 전체 게놈 시퀀싱은 사례 R의 재발이 그의 첫 번째 에피소드와 관련된 균주의 재활성화에 해당함을 나타냅니다. [43]