Substrate Analogues(기질 유사체)란 무엇입니까?
Substrate Analogues 기질 유사체 - By observing various physical properties of the protein and its various complexes with substrate and substrate analogues we have shown that indeed three-binding-site model is necessary to properly describe binding of ligands by both the wild type enzyme and the Y160W mutant. [1] Furthermore, the structures of Dcr3 and NsrQ variants complexed with substrate analogues and the site-directed mutagenesis studies identified the catalytic residues and the important hydrophobic residues in shaping the active site pocket for substrate binding. [2] The use of amino sugars of this type in the synthesis of natural carbohydrate-containing compounds and their analogues, including aminoglycoside antibiotics, glycosidase inhibitors, substrate analogues and inhibitors of glycan biosynthesis, galectin inhibitors, etc. [3] Chapter-3 discusses the design and development of novel inhibitors targeting the OGT enzyme using bisubstrate analogues as a template. [4] Herein, we reported the design and synthesis of bisubstrate analogues for PRMTs that incorporate a S-adenosylmethionine (SAM) analogue moiety and a tripeptide through an alkyl substituted guanidino group. [5] Here we report experimental kinetic data and density functional theory (DFT) computational data for the γ-elimination reaction of L-Met and several other substrate analogues by a recombinant MGL from P. [6] Since then, crystallography has been used to probe many aspects of the IPNS reaction mechanism, by crystallising the protein with a diversity of substrate analogues and triggering the oxidative reaction by using elevated oxygen pressures to force the gaseous co‐substrate throughout protein crystals and maximise synchronicity of turnover in crystallo. [7] To better understand its catalytic mechanism and substrate promiscuity, four NmCSS crystal structures trapped at various stages of the catalytic cycle with bound substrates, substrate analogues, and products have been obtained and are presented here. [8] Herein, we characterize the adenylation and stuffed methyltransferase didomain of PchF through the synthesis and use of substrate analogues, steady-state kinetics, and onium chalcogen effects. [9] In contrast, the catalytically relevant salt forms of the catalyst, where the catalyst forms an ion pair with the substrate or substrate analogues, appear in two entirely different folding patterns. [10] We report the structural analysis of highly drug-resistant human immunodeficiency virus protease (PR) variant PRS17, rationally selected by machine learning, in complex with substrate analogues. [11] On the contrary, many cofactor-bound MTase structures are available, resulting in well-understood protein:cofactor recognition, that can guide the design of bisubstrate analogues that mimic the state at which both the substrate and the cofactor is bound. [12] Herein, on the basis of the crystal structures of UndA in complex with the substrate analogues, we constructed a series of computational models and performed quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) calculations to explore the UndA-catalyzed decarboxylation using lauric acid as the substrate. [13] meningitidis group C (NmC) PST kinetically, using substrate analogues to describe the polymerization reaction. [14]단백질의 다양한 물리적 특성과 기질 및 기질 유사체와의 다양한 복합체를 관찰함으로써 우리는 야생형 효소와 Y160W 돌연변이 모두에 의한 리간드의 결합을 적절하게 설명하기 위해 실제로 3개 결합 부위 모델이 필요하다는 것을 보여주었습니다. [1] 또한, 기질 유사체와 복합된 Dcr3 및 NsrQ 변이체의 구조 및 부위 지향적 돌연변이 유발 연구는 기질 결합을 위한 활성 부위 포켓을 형성하는 데 촉매 잔기와 중요한 소수성 잔기를 확인했습니다. [2] 아미노글리코사이드 항생제, 글리코시다제 억제제, 기질 유사체 및 글리칸 생합성 억제제, 갈렉틴 억제제 등을 포함한 천연 탄수화물 함유 화합물 및 그 유사체의 합성에서 이러한 유형의 아미노 당의 사용 [3] 3장에서는 이중 기질 유사체를 주형으로 사용하여 OGT 효소를 표적으로 하는 새로운 억제제의 설계 및 개발에 대해 논의합니다. [4] 여기에서 우리는 S-adenosylmethionine(SAM) 유사체 모이어티와 알킬 치환 구아니디노 그룹을 통한 트리펩티드를 통합하는 PRMT에 대한 이중 기질 유사체의 설계 및 합성을 보고했습니다. [5] 여기에서 우리는 P의 재조합 MGL에 의한 L-Met 및 여러 다른 기질 유사체의 γ-제거 반응에 대한 실험적 운동 데이터 및 밀도 기능 이론(DFT) 계산 데이터를 보고합니다. [6] 그 이후로 결정학은 다양한 기질 유사체로 단백질을 결정화하고 상승된 산소 압력을 사용하여 단백질 결정 전체에 기체 보조 기질을 강제하고 동시성을 최대화함으로써 산화 반응을 촉발함으로써 IPNS 반응 메커니즘의 많은 측면을 조사하는 데 사용되었습니다. crystallo의 회전율. [7] 촉매 메커니즘과 기질의 난잡함을 더 잘 이해하기 위해 결합된 기질, 기질 유사체 및 제품이 있는 촉매 주기의 다양한 단계에서 포획된 4개의 NmCSS 결정 구조를 얻어 여기에 제시합니다. [8] 여기에서 우리는 기질 유사체, 정상 상태 동역학 및 오늄 칼코겐 효과의 합성 및 사용을 통해 PchF의 아데닐화 및 박제 메틸트랜스퍼라제 이도메인을 특성화합니다. [9] 대조적으로, 촉매가 기질 또는 기질 유사체와 이온 쌍을 형성하는 촉매의 촉매적으로 관련된 염 형태는 완전히 다른 두 가지 접힘 패턴으로 나타납니다. [10] 우리는 기질 유사체와 복합적으로 기계 학습에 의해 합리적으로 선택된 고도의 약물 내성 인간 면역 결핍 바이러스 프로테아제(PR) 변이체 PRS17의 구조 분석을 보고합니다. [11] 반대로, 많은 보조인자 결합 MTase 구조를 사용할 수 있어 잘 이해된 단백질:보조인자 인식이 가능해지며, 이는 기질과 보조인자가 결합된 상태를 모방하는 이중 기질 유사체의 설계를 안내할 수 있습니다. [12] 여기에서 기질 유사체와 복잡한 UndA의 결정 구조를 기반으로 일련의 계산 모델을 구성하고 라우르산을 사용하여 UndA 촉매 탈탄산 반응을 탐구하기 위해 양자 역학/분자 역학(QM/MM) 계산을 수행했습니다. 기질. [13] 메닌지티디스 그룹 C(NmC) PST를 동역학적으로, 기질 유사체를 사용하여 중합 반응을 설명합니다. [14]
Synthetic Substrate Analogues
The present results will provide a basis for designing simple, stable synthetic substrate analogues for crystallographic analysis of TgTCEs. [1] Using synthetic substrate analogues, it is shown that AbyA5 catalyzes stereospecific acetate elimination, establishing the (R)-tetronate acetate as a biosynthetic intermediate. [2]현재의 결과는 TgTCE의 결정학적 분석을 위한 간단하고 안정적인 합성 기질 유사체를 설계하기 위한 기초를 제공할 것입니다. [1] 합성 기질 유사체를 사용하여 AbyA5가 입체특이적 아세테이트 제거를 촉매하여 (R)-테트로네이트 아세테이트를 생합성 중간체로 설정하는 것으로 나타났습니다. [2]
substrate analogues bearing
20 cyclic and linear substrate analogues bearing natural and unnatural residues, which were predicted by computational modelling to bind with high affinity and designed to establish structure-activity relationships, displayed no inhibitory activity at concentrations as high as 100 μM. [1] The ability of HppE to epoxidize substrate analogues bearing halogens at C3, C1, or both is inconsistent with a published hypothesis of polar cyclization via a C1 carbocation. [2]높은 친화력으로 결합하도록 계산 모델링에 의해 예측되고 구조-활성 관계를 설정하도록 설계된 천연 및 비천연 잔기를 포함하는 20개의 순환 및 선형 기질 유사체는 100μM만큼 높은 농도에서 억제 활성을 나타내지 않았습니다. [1] C3, C1 또는 둘 다에서 할로겐을 함유하는 기질 유사체를 에폭시화하는 HppE의 능력은 C1 탄소 양이온을 통한 극성 고리화의 공개된 가설과 일치하지 않습니다. [2]