Sequencing System
시퀀싱 시스템

Sequencing System(시퀀싱 시스템)란 무엇입니까?

Sequencing System 시퀀싱 시스템 - However, the analytical performance of combining an ion semiconductor-based sequencing system and a hybridization capture-based NGS panel has not been thoroughly evaluated. ^[1] How do we design software to stand the test of time? In this paper we detail how the Lucy team implemented the lessons learned from multiple missions (Rosetta, New Horizons, CYGNSS, etc …), as well as leveraging the work of the open source software community to accelerate the development of the Trojan Planning File Generator (TPFG); the science planning and sequencing system for the Lucy mission. ^[2] The present study established a mini-sequencing system to examine putative death-causing single nucleotide polymorphisms (SNPs) using multiplex PCR, single base extension reaction and capillary electrophoresis techniques. ^[3] , safe-sequencing system, Safe-SeqS) or double (duplex-sequencing system, Duplex-Seq) strand-based labelling, and, currently, considerable results corroborate their potential implementation in a routine laboratory. ^[4] Using MiSeq™ sequencing system, the entire mitogenome recovered is 16,765 bp in length, made up of 13 protein-coding genes, two rRNA genes, 22 tRNA genes, and one control region. ^[5] Methods mtDNA was extracted from whole blood of PD and control groups, and was sequenced using a chip-based resequencing system. ^[6] Patient-specific TP53 and cooperating mutations were analyzed in both AML and purified BM-MCS specimens, using the error corrected, highresolution BSafe-Sequencing System^ method as described previously [1, 3]. ^[7] We applied shallow Whole Genome Sequencing (sWGS) and modified Fast Aneuploidy Screen Test-Sequencing System (mFAST-SeqS) to 43 patients with metastatic RCCs. ^[8]
그러나 이온반도체 기반 시퀀싱 시스템과 하이브리드 캡처 기반 NGS 패널을 결합한 분석 성능은 제대로 평가되지 않았다. ^[1] 시간의 시험을 견디도록 소프트웨어를 어떻게 설계합니까? 이 문서에서는 Lucy 팀이 여러 임무(Rosetta, New Horizons, CYGNSS 등)에서 배운 교훈을 구현하고 트로이 목마 계획 파일 생성기의 개발을 가속화하기 위해 오픈 소스 소프트웨어 커뮤니티의 작업을 활용하는 방법을 자세히 설명합니다. (TPFG); Lucy 임무를 위한 과학 계획 및 시퀀싱 시스템. ^[2] 본 연구는 다중 PCR, 단일 염기 확장 반응 및 모세관 전기영동 기술을 사용하여 추정되는 사망 원인 단일 염기 다형성(SNP)을 조사하기 위한 미니 시퀀싱 시스템을 구축했습니다. ^[3] , 안전 시퀀싱 시스템, Safe-SeqS) 또는 이중(듀플렉스 시퀀싱 시스템, Duplex-Seq) 가닥 기반 라벨링 및 현재 상당한 결과는 일상적인 실험실에서의 잠재적인 구현을 확증합니다. ^[4] MiSeq™ 시퀀싱 시스템을 사용하여 회수된 전체 미토게놈은 16,765bp 길이로 13개의 단백질 코딩 유전자, 2개의 rRNA 유전자, 22개의 tRNA 유전자 및 1개의 제어 영역으로 구성됩니다. ^[5] 방법 mtDNA는 PD 및 대조군의 전혈에서 추출하고 칩 기반 재배열 시스템을 사용하여 시퀀싱되었습니다. ^[6] 환자별 TP53 및 협력 돌연변이는 이전에 설명한 대로 오류 수정된 고해상도 BSafe-Sequencing System^ 방법을 사용하여 AML 및 정제된 BM-MCS 표본 모두에서 분석되었습니다[1, 3]. ^[7] 우리는 전이성 RCC를 가진 43명의 환자에게 얕은 전체 게놈 시퀀싱(sWGS)과 수정된 빠른 이수성 스크린 테스트 시퀀싱 시스템(mFAST-SeqS)을 적용했습니다. ^[8]

next generation sequencing 차세대 시퀀싱

Transcriptome study was completed by means of next-generation sequencing (NGS) using Illumina Hiseq 2000 sequencing system. ^[1] The following generation of sequencing systems (next generation sequencing, NGS) already allowed the detection of microbial communities on objects without the intermediate step of cloning, but still most of the NGS technologies used for the study of microbial communities in objects of art rely on “target sequencing” linked to the selectivity of the primers used for amplification. ^[2] Experimental Design: cfDNA was isolated from stored remnant CSF and analyzed by targeted next-generation sequencing (NGS; n = 30) and the modified fast aneuploidy screening test-sequencing system (mFAST-SeqS; n = 121). ^[3]
Illumina Hiseq 2000 시퀀싱 시스템을 사용하여 차세대 시퀀싱(NGS)을 통해 전사체 연구를 완료했습니다. ^[1] 다음 세대의 시퀀싱 시스템(next generation sequencing, NGS)은 이미 복제의 중간 단계 없이 개체에서 미생물 군집의 검출을 허용했지만 여전히 예술 대상의 미생물 군집 연구에 사용되는 대부분의 NGS 기술은 " 증폭에 사용되는 프라이머의 선택성과 관련이 있습니다. ^[2] nan ^[3]

Generation Sequencing System 세대 시퀀싱 시스템

The application of genetic knowledge in clinical practice in the last 4 years is due to the development of next generation sequencing systems (NGS). ^[1] We determined the complete genome sequences of three GA-SDSE strains by two new generation sequencing systems (short-read and long-read sequencing data). ^[2] In this article, we report the first complete sequence of mitochondrial genome from a common entomophthoroid fungus Neoconidiobolus thromboides under Illumina next-generation sequencing system. ^[3] Also, a total of 95 single nucleotide polymorphisms (SNPs) related to obesity and weight loss were analyzed by a targeted next-generation sequencing system. ^[4] We performed whole genome methylation profiling with Infinium MethylationEPIC BeadChips as well as mRNA and smallRNA sequencing in 5 sBCCs with the Illumina NextSeq500 next-generation sequencing system. ^[5] A weighted genetic risk score (wGRS) was constructed using 95 single nucleotide polymorphisms related to energy homeostasis, which were genotyped by a next generation sequencing system. ^[6] Amplicon mixtures were created by PCR amplification of the V1 – V2 regions of the bacterial 16S rRNA genes and submitted for sequencing using the Ion Torrent PGM next-generation sequencing system. ^[7] To analyze crime scene evidence with degraded DNA, we have designed a probe capture Next Generation Sequencing system for targeted enrichment for both nuclear SNP markers and for the entire mitochondrial DNA genome. ^[8] BRCA1 and BRCA2 mutations were tested and analyzed by next generation sequencing system. ^[9] Therefore, the MFMP was analyzed by a next-generation sequencing system and the microbiome was identified and classified based on several computer programs. ^[10] The profiling of miRNAs was done using Next-Generation sequencing system. ^[11] A total of 95 obesity-predisposing single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were genotyped by a predesigned next-generation sequencing system. ^[12] BRCA1 and BRCA2 mutations were tested using DNA extracted from formalin-fixed paraffin embedded block or a fresh tumor specimen then analyzed by next generation sequencing system. ^[13]
지난 4년 동안 임상 실습에서 유전 지식의 적용은 차세대 시퀀싱 시스템(NGS)의 개발에 기인합니다. ^[1] 우리는 2개의 새로운 세대 시퀀싱 시스템(short-read 및 long-read 시퀀싱 데이터)에 의해 3가지 GA-SDSE 균주의 완전한 게놈 서열을 결정했습니다. ^[2] nan ^[3] nan ^[4] Infinium MethylationEPIC BeadChip을 사용한 전체 게놈 메틸화 프로파일링과 Illumina NextSeq500 차세대 시퀀싱 시스템을 사용하여 5개의 sBCC에서 mRNA 및 smallRNA 시퀀싱을 수행했습니다. ^[5] 가중 유전 위험 점수(wGRS)는 차세대 시퀀싱 시스템에 의해 유전형이 지정된 에너지 항상성과 관련된 95개의 단일 염기 다형성을 사용하여 구성되었습니다. ^[6] Amplicon 혼합물은 박테리아 16S rRNA 유전자의 V1 – V2 영역을 PCR 증폭하여 생성되었으며 Ion Torrent PGM 차세대 시퀀싱 시스템을 사용하여 시퀀싱을 위해 제출되었습니다. ^[7] DNA가 저하된 범죄 현장 증거를 분석하기 위해 핵 SNP 마커와 전체 미토콘드리아 DNA 게놈 모두에 대한 표적 농축을 위한 프로브 캡처 차세대 시퀀싱 시스템을 설계했습니다. ^[8] BRCA1 및 BRCA2 돌연변이는 차세대 시퀀싱 시스템으로 테스트 및 분석되었습니다. ^[9] 따라서 차세대 시퀀싱 시스템으로 MFMP를 분석하고 여러 컴퓨터 프로그램을 기반으로 마이크로바이옴을 식별하고 분류했습니다. ^[10] miRNA의 프로파일링은 차세대 시퀀싱 시스템을 사용하여 수행되었습니다. ^[11] 총 95개의 비만 경향이 있는 단일 염기 다형성(SNP)이 미리 설계된 차세대 시퀀싱 시스템에 의해 유전형이 지정되었습니다. ^[12] BRCA1 및 BRCA2 돌연변이는 포르말린 고정 파라핀 내장 블록 또는 새로운 종양 표본에서 추출한 DNA를 사용하여 테스트한 다음 차세대 시퀀싱 시스템으로 분석했습니다. ^[13]

Miseq Sequencing System Miseq 시퀀싱 시스템

Methods We sequenced and assembled the chloroplast genome (cpDNA) sequences of three Carduus species using the Illumina Miseq sequencing system and Geneious Prime. ^[1] The meta-genome was sequenced by MiSeq Sequencing System platform, and the DNA sequences were analysed using Geneious 10. ^[2] Total bacterial DNA was extracted and sequenced using the Illumina MiSeq Sequencing System based on the V3–V4 hyper-variable regions of the 16S rRNA gene. ^[3] METHODS The rmtG-harboring plasmids were transferred to Escherichia coli J53 recipient strains and fully sequenced in MiSeq sequencing system. ^[4] In this study, based on the next generation sequencing method (Miseq sequencing system), we characterize the chloroplast genome of C. ^[5] Total bacterial DNA was extracted and sequenced using the Illumina MiSeq Sequencing System based on the V3–V4 hyper-variable regions of the 16S rRNA gene. ^[6] In addition, isolates with detected resistance to rifampicin and/or isoniazid were analysed by phenotypic testing using MGIT-960 SIRE kit and whole-genome sequencing (WGS) using Illumina MiSeq Sequencing System. ^[7] In this study, the response of soil Acidobacteria to a wildfire disturbance was investigated using the Illumina MiSeq sequencing system. ^[8]
방법 우리는 Illumina Miseq 시퀀싱 시스템과 Geneious Prime을 사용하여 3개의 Carduus 종의 엽록체 게놈(cpDNA) 시퀀스를 시퀀싱하고 조립했습니다. ^[1] Meta-genome은 MiSeq Sequencing System 플랫폼에 의해 시퀀싱되었고, DNA 염기서열은 Geneious 10을 사용하여 분석되었습니다. ^[2] nan ^[3] 행동 양식 rmtG-harboring 플라스미드를 Escherichia coli J53 수용 균주로 옮기고 MiSeq 시퀀싱 시스템에서 완전히 시퀀싱했습니다. ^[4] 본 연구에서는 차세대 염기서열분석법(Miseq 염기서열분석시스템)을 기반으로 C. ^[5] 16S rRNA 유전자의 V3-V4 초가변 영역을 기반으로 하는 Illumina MiSeq 시퀀싱 시스템을 사용하여 전체 박테리아 DNA를 추출하고 시퀀싱했습니다. ^[6] 또한 리팜피신 및/또는 이소니아지드에 대한 내성이 검출된 분리주를 MGIT-960 SIRE 키트를 사용한 표현형 테스트와 Illumina MiSeq 시퀀싱 시스템을 사용한 전체 게놈 시퀀싱(WGS)으로 분석했습니다. ^[7] 이 연구에서는 Illumina MiSeq 시퀀싱 시스템을 사용하여 산불 교란에 대한 토양 산세균의 반응을 조사했습니다. ^[8]

2000 Sequencing System

Transcriptome study was completed by means of next-generation sequencing (NGS) using Illumina Hiseq 2000 sequencing system. ^[1] baumannii L13 was sequenced using an Illumina HiSeqTM 2000 sequencing system, assembled with SOAPdenovo and optimized with GapCloser. ^[2] velezensis C4341 was sequenced using an Illumina HiSeq™ 2000 sequencing system, was assembled using SOAPdenovo and was optimised with GapCloser. ^[3] cereus S66 was sequenced using an Illumina HiSeq 2000 sequencing system. ^[4] In this study, we showed the differential expression patterns of miRNAs in NFPAs (nonfunctioning pituitary adenomas), GHPAs (growth hormone-secreting pituitary adenomas) and PRLPAs (prolactin-secreting pituitary adenomas) compared to those in three normal pituitary glands using the HiSeq 2000 sequencing system (Illumina). ^[5]
Illumina Hiseq 2000 시퀀싱 시스템을 사용하여 차세대 시퀀싱(NGS)을 통해 전사체 연구를 완료했습니다. ^[1] baumannii L13은 Illumina HiSeqTM 2000 시퀀싱 시스템을 사용하여 시퀀싱되고 SOAPdenovo로 조립되고 GapCloser로 최적화되었습니다. ^[2] velezensis C4341은 Illumina HiSeq™ 2000 시퀀싱 시스템을 사용하여 시퀀싱되었으며 SOAPdenovo를 사용하여 조립되었으며 GapCloser로 최적화되었습니다. ^[3] cereus S66은 Illumina HiSeq 2000 시퀀싱 시스템을 사용하여 시퀀싱되었습니다. ^[4] 이 연구에서 우리는 HiSeq 20을 사용하여 3개의 정상 뇌하수체와 비교하여 NFPA(비기능 뇌하수체 선종), GHPA(성장 호르몬 분비 뇌하수체 선종) 및 PRLPA(프로락틴 분비 뇌하수체 선종)에서 miRNA의 차별적인 발현 패턴을 보여주었습니다. 시퀀싱 시스템(Illumina). ^[5]

Minion Sequencing System

Sequences obtained by this method allowed specific identification of Leptospira species in mixed and enriched environmental cultures, however read error inherent in the MinION sequencing system reduced the accuracy of strain/variant identification. ^[1] We have developed an assay for rapid detection of oncogenic gene fusions (within 24 hours) that takes advantage of the long reads and real-time data generation of the Oxford Nanopore MinION sequencing system. ^[2] Our in-house RT-LAMP method and MinION sequencing system were also validated with RNAs and serum samples from recent outbreaks of CHIKV patients in Brazil. ^[3]
이 방법으로 얻은 시퀀스는 혼합 및 농축 환경 배양에서 Leptospira 종의 특정 식별을 허용했지만 MinION 시퀀싱 시스템 고유의 읽기 오류는 균주/변이체 식별의 정확도를 감소시켰습니다. ^[1] 우리는 Oxford Nanopore MinION 시퀀싱 시스템의 긴 판독 및 실시간 데이터 생성을 활용하는 발암성 유전자 융합의 신속한 검출(24시간 이내)을 위한 분석법을 개발했습니다. ^[2] 당사의 사내 RT-LAMP 방법 및 MinION 시퀀싱 시스템도 최근 브라질에서 발생한 CHIKV 환자의 RNA 및 혈청 샘플로 검증되었습니다. ^[3]

Throughput Sequencing System 처리량 시퀀싱 시스템

After intravenous administration, flow cytometry and high-throughput sequencing systems are required to determine the cell distribution of different LNPs. ^[1] This set of primers gives a shorter product which can be used in high-throughput sequencing systems for metabarcoding purposes. ^[2] Methods The Illumina MiSeq/NovaSeq high-throughput sequencing system was used to conduct paired-end sequencing of the community DNA fragments from the surface of corn and alfalfa collected in Hengshui and Xingtai. ^[3]
정맥내 투여 후, 다른 LNP의 세포 분포를 결정하기 위해 유세포 분석 및 고처리량 시퀀싱 시스템이 필요합니다. ^[1] 이 프라이머 세트는 메타바코딩 목적으로 고처리량 시퀀싱 시스템에 사용할 수 있는 더 짧은 제품을 제공합니다. ^[2] nan ^[3]

500 Sequencing System

TMB was determined applying the TruSightTM Oncology 500 targeted sequencing panel (TSO 500), covering 500 genes, with a NextSeq 500 sequencing system (both Illumina Inc. ^[1] Whole transcriptome shotgun sequencing (RNA-Seq) was performed on mouse lung tissue using NextSeq 500 sequencing system. ^[2]
TMB는 NextSeq 500 시퀀싱 시스템(둘 모두 Illumina Inc. ^[1] NextSeq 500 시퀀싱 시스템을 사용하여 마우스 폐 조직에서 전체 전사체 산탄총 시퀀싱(RNA-Seq)을 수행했습니다. ^[2]

Bottleneck Sequencing System

Here we propose a likelihood-based approach, called Low-Frequency Mutation Detector (LFMD), which combines the advantages of duplex sequencing (DS) and the bottleneck sequencing system (BotSeqS) to maximize the utilization of duplicate reads. ^[1] Here we propose a likelihood-based approach, low-frequency mutation detector (LFMD), combining the advantages of duplex sequencing (DS) and bottleneck sequencing system (BotSeqS) to maximize utilization of duplicate sequenced reads. ^[2]
여기에서 우리는 이중 시퀀싱(DS)과 병목 시퀀싱 시스템(BotSeqS)의 장점을 결합하여 중복 읽기의 활용을 극대화하는 LFMD(Low-Frequency Mutation Detector)라고 하는 가능성 기반 접근 방식을 제안합니다. ^[1] 여기에서 우리는 이중 시퀀싱(DS)과 병목 시퀀싱 시스템(BotSeqS)의 장점을 결합하여 중복 시퀀싱된 읽기의 활용을 극대화하는 가능성 기반 접근 방식인 저주파 돌연변이 검출기(LFMD)를 제안합니다. ^[2]

Illumina Sequencing System

A proprietary oligonucleotide-selective sequencing method was used for capturing genomic targets and sequencing was performed using Illumina sequencing system. ^[1] Two mutations in two genes PKD1 and GANAB were identified by targeted capture and next-generation sequencing (NGS) on an Illumina sequencing system. ^[2]
독점적인 올리고뉴클레오티드 선택적 시퀀싱 방법을 사용하여 게놈 표적을 캡처하고 Illumina 시퀀싱 시스템을 사용하여 시퀀싱을 수행했습니다. ^[1] Illumina 시퀀싱 시스템에서 표적 포획 및 차세대 시퀀싱(NGS)에 의해 2개의 유전자 PKD1 및 GANAB에서 2개의 돌연변이가 확인되었습니다. ^[2]

Dna Sequencing System

This complementary metal-oxide semiconductor (CMOS) compatible and cost-efficient sensor array chip, together with other specially designed components, can form a complete DNA sequencing system with potential application in the molecular biology fields. ^[1] HIV genotyping and antiretroviral resistance mutations analysis were performed using Bayer’s HIV-1 TRUGENE™ Genotyping Kit and OpenGene DNA Sequencing system. ^[2]
이 CMOS(Complementary Metal-Oxide Semiconductor) 호환 가능하고 비용 효율적인 센서 어레이 칩은 특별히 설계된 다른 구성 요소와 함께 분자 생물학 분야에서 잠재적으로 응용 가능한 완전한 DNA 시퀀싱 시스템을 형성할 수 있습니다. ^[1] 바이엘의 HIV-1 TRUGENE™ 유전자형 키트와 OpenGene DNA 시퀀싱 시스템을 사용하여 HIV 유전자형 및 항레트로바이러스 내성 돌연변이 분석을 수행했습니다. ^[2]

Rna Sequencing System

To resolve the molecular signatures of the Th2 and ILC2s in AD, we sorted CD4+ T cells and ILCs from peripheral blood and analyzed their transcriptomes using the BD Rhapsody Single-cell RNA sequencing system. ^[1] MATERIALS AND METHODS CCK-8 and plate colony formation assay were used to evaluate the effect of FC-AE in A549 cells in vitro, and the gene expression profile of FC-AE on A549 cells was assessed by RNA sequencing system. ^[2]
nan ^[1] 재료 및 방법 CCK-8 및 플레이트 콜로니 형성 분석을 사용하여 시험관 내 A549 세포에서 FC-AE의 효과를 평가하고 A549 세포에서 FC-AE의 유전자 발현 프로파일을 RNA 시퀀싱 시스템으로 평가했습니다. ^[2]

Read Sequencing System 시퀀싱 시스템 읽기

We assessed the performance of a high-fidelity sequencing method that uses molecular barcodes called the nonoverlapping integrated read sequencing system (NOIR-SS) for detecting EGFR L858R-mutated alleles in 33 advanced or recurrent patients with L858R mutation-positive lung adenocarcinoma revealed by matched tissue biopsy. ^[1] In general, NGS-based genotyping methods using short amplicons are not often applied to MHC because of increasing number of alleles and inevitable ambiguity in allele detection, although there is an advantage of short read sequencing systems that are commonly used today. ^[2]
우리는 L858R 돌연변이 양성 폐 선암종을 가진 33명의 진행성 또는 재발성 환자에서 EGFR L858R 돌연변이 대립유전자를 검출하기 위해 NOIR-SS(nonoverlapping Integrated read sequencing system)라는 분자 바코드를 사용하는 고충실도 시퀀싱 방법의 성능을 평가했습니다. 조직 생검. ^[1] 일반적으로 짧은 앰플리콘을 사용하는 NGS 기반 유전자형 분석법은 오늘날 일반적으로 사용되는 짧은 판독 시퀀싱 시스템의 장점이 있지만 대립 유전자의 수가 증가하고 대립 유전자 검출의 불가피한 모호성으로 인해 MHC에 자주 적용되지 않습니다. ^[2]

2500 Sequencing System 2500 시퀀싱 시스템

Subsequently, based on the transcriptome sequencing results obtained by Illumina HiSEq 2500 sequencing system, the differentially expressed genes under 0% and 2% NaCl stress were compared, and the enrichment pathways of these genes were analyzed. ^[1] Methods: 64 Paired-end sequencing libraries were constructed and subjected to Illumina Hiseq 2500 sequencing system. ^[2]
이어서, Illumina HiSEq 2500 sequencing system으로 얻은 transcriptome sequencing 결과를 바탕으로 0%와 2% NaCl 스트레스 하에서 차등적으로 발현된 유전자를 비교하여 이들 유전자의 농축 경로를 분석하였다. ^[1] 방법: 64개의 Paired-end 시퀀싱 라이브러리를 구성하고 Illumina Hiseq 2500 시퀀싱 시스템을 적용했습니다. ^[2]