Salt Bridge
소금다리
Sentence Examples
Discover more insights into Salt Bridge 소금다리
Keywords frequently search together with Salt Bridge 소금다리
Narrow sentence examples with built-in keyword filters
Salt Bridge sentence examples within molecular dynamics simulation
Using the crystal structure, molecular dynamics simulations, and mutagenesis, we identify a conserved interdomain salt bridge that prevents premature intramolecular cleavage at higher pH values and may thus present a control switch for the observed pH sensitivity of proenzyme cleavage in (trypanosomal) CathL-like proteases.
결정 구조, 분자 역학 시뮬레이션 및 돌연변이 유발을 사용하여 더 높은 pH 값에서 조기 분자내 절단을 방지하고 따라서 (트리파노솜) CathL 유사에서 전구효소 절단의 관찰된 pH 감도에 대한 제어 스위치를 제시할 수 있는 보존된 도메인간 염 다리를 식별합니다. 프로테아제.
결정 구조, 분자 역학 시뮬레이션 및 돌연변이 유발을 사용하여 더 높은 pH 값에서 조기 분자내 절단을 방지하고 따라서 (트리파노솜) CathL 유사에서 전구효소 절단의 관찰된 pH 감도에 대한 제어 스위치를 제시할 수 있는 보존된 도메인간 염 다리를 식별합니다. 프로테아제.
Full Text
Molecular docking and molecular dynamics simulation demonstrate that CLR01 is attached with Lysine222 nitrogen by π-cation interaction of its nine aromatic rings and formation of salt bridge/hydrogen bond of one of the two rotatable peripheral anionic phosphate groups.
분자 도킹 및 분자 역학 시뮬레이션은 CLR01이 9개의 방향족 고리의 π-양이온 상호작용과 2개의 회전 가능한 주변 음이온성 인산기 중 하나의 염 다리/수소 결합 형성에 의해 라이신222 질소에 부착되어 있음을 보여줍니다.
분자 도킹 및 분자 역학 시뮬레이션은 CLR01이 9개의 방향족 고리의 π-양이온 상호작용과 2개의 회전 가능한 주변 음이온성 인산기 중 하나의 염 다리/수소 결합 형성에 의해 라이신222 질소에 부착되어 있음을 보여줍니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within via hydrogen bonding
The antibody recognizes the MenX fragment by binding all six repeating units of the oligosaccharide via hydrogen bonding, salt bridges, and hydrophobic interactions.
항체는 수소 결합, 염 다리 및 소수성 상호 작용을 통해 올리고당의 6개 반복 단위 모두를 결합하여 MenX 단편을 인식합니다.
항체는 수소 결합, 염 다리 및 소수성 상호 작용을 통해 올리고당의 6개 반복 단위 모두를 결합하여 MenX 단편을 인식합니다.
Full Text
In per-residue energy decomposition analysis, four residues, K362, R376, Y436, and K439 in hcGAS were found to contribute significantly to the binding with inhibitors via hydrogen bonding, salt bridges, and various π interactions, such as π· · ·π stacking, cation· · ·π, hydroxyl· · ·π, and alkyl· · ·π interactions.
잔류물별 에너지 분해 분석에서 hcGAS의 4개 잔기인 K362, R376, Y436 및 K439는 수소 결합, 염 다리 및 π···π와 같은 다양한 π 상호작용을 통해 억제제와의 결합에 크게 기여하는 것으로 밝혀졌습니다. 스태킹, 양이온 · · ·π, 수산기 · · ·π 및 알킬 · · ·π 상호 작용.
잔류물별 에너지 분해 분석에서 hcGAS의 4개 잔기인 K362, R376, Y436 및 K439는 수소 결합, 염 다리 및 π···π와 같은 다양한 π 상호작용을 통해 억제제와의 결합에 크게 기여하는 것으로 밝혀졌습니다. 스태킹, 양이온 · · ·π, 수산기 · · ·π 및 알킬 · · ·π 상호 작용.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within interactions among aromatic
2 nm; 4) hydrogen bonds, salt bridges, interactions among aromatic side-chains, burial and tight packing of hydrophobic side-chains, and aqueous solvent exposure of hydrophilic side-chains are relatively optimal; and 5) residues that are identical among distantly related homologous proteins cluster in the interior of most oligomers whereas residues that are hypervariable are exposed on protein surfaces.
2nm; 4) 수소 결합, 염 다리, 방향족 측쇄 간의 상호 작용, 소수성 측쇄의 매립 및 긴밀한 패킹, 친수성 측쇄의 수성 용매 노출이 상대적으로 최적입니다. 및 5) 멀리 관련된 상동 단백질 사이에서 동일한 잔기는 대부분의 올리고머 내부에 클러스터링되는 반면 초가변성 잔기는 단백질 표면에 노출된다.
2nm; 4) 수소 결합, 염 다리, 방향족 측쇄 간의 상호 작용, 소수성 측쇄의 매립 및 긴밀한 패킹, 친수성 측쇄의 수성 용매 노출이 상대적으로 최적입니다. 및 5) 멀리 관련된 상동 단백질 사이에서 동일한 잔기는 대부분의 올리고머 내부에 클러스터링되는 반면 초가변성 잔기는 단백질 표면에 노출된다.
Full Text
2 nm; 4) hydrogen bonds, salt bridges, interactions among aromatic side-chains, burial and tight packing of hydrophobic side-chains, and aqueous solvent exposure of hydrophilic side-chains are relatively optimal; and 5) residues that are identical among distantly related homologous proteins cluster in the interior of most oligomers whereas residues that are hypervariable are exposed on protein surfaces.
2nm; 4) 수소 결합, 염 다리, 방향족 측쇄 간의 상호 작용, 소수성 측쇄의 매립 및 긴밀한 패킹, 친수성 측쇄의 수성 용매 노출이 상대적으로 최적입니다. 및 5) 멀리 관련된 상동 단백질 사이에서 동일한 잔기는 대부분의 올리고머 내부에 클러스터링되는 반면 초가변성 잔기는 단백질 표면에 노출된다.
2nm; 4) 수소 결합, 염 다리, 방향족 측쇄 간의 상호 작용, 소수성 측쇄의 매립 및 긴밀한 패킹, 친수성 측쇄의 수성 용매 노출이 상대적으로 최적입니다. 및 5) 멀리 관련된 상동 단백질 사이에서 동일한 잔기는 대부분의 올리고머 내부에 클러스터링되는 반면 초가변성 잔기는 단백질 표면에 노출된다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Form Salt Bridge
From the analysis of a set of bonding descriptors firmly rooted in the formalism of quantum mechanics, including Natural Bond Orbitals (NBO), Quantum Theory of Atoms In Molecules (QTAIM) and highly correlated energies within the Domain Based Local Pair Natural Orbital Coupled Cluster Method (DLPNO-CCSD(T)), and from a set of computed electronic spectral patterns with environmental effects, we show that the new variants improve their ability to recognize available sites to either hydrogen bond or to form salt bridges with residues in the ACE2 receptor of the host cells.
NBO(Natural Bond Orbitals), QTAIM(Quantum Theory of Atoms In Molecules) 및 도메인 기반 로컬 쌍(Domain Based Local Pair) 내에서 고도로 상관된 에너지를 비롯한 양자 역학의 형식주의에 확고하게 뿌리를 둔 결합 설명자 세트 분석에서 (DLPNO-CCSD(T)) 및 환경 영향이 있는 계산된 전자 스펙트럼 패턴 세트에서 우리는 새로운 변이체가 수소 결합에 사용 가능한 부위를 인식하거나 ACE2 수용체의 잔기와 염다리를 형성하는 능력을 향상시키는 것을 보여줍니다. 숙주 세포의.
NBO(Natural Bond Orbitals), QTAIM(Quantum Theory of Atoms In Molecules) 및 도메인 기반 로컬 쌍(Domain Based Local Pair) 내에서 고도로 상관된 에너지를 비롯한 양자 역학의 형식주의에 확고하게 뿌리를 둔 결합 설명자 세트 분석에서 (DLPNO-CCSD(T)) 및 환경 영향이 있는 계산된 전자 스펙트럼 패턴 세트에서 우리는 새로운 변이체가 수소 결합에 사용 가능한 부위를 인식하거나 ACE2 수용체의 잔기와 염다리를 형성하는 능력을 향상시키는 것을 보여줍니다. 숙주 세포의.
Full Text
Structural analysis revealed a molecular basis for the higher stability of the CBH‐I structure in which A65R and G415R substitutions form salt bridges (D64 … R65, E411 … R415) and S181F forms π–π interaction (Y155 … F181), leading to stabilize surface‐exposed flexible α‐helixes and loop in the multidomain β‐jelly roll fold structure, respectively.
구조 분석은 A65R 및 G415R 치환이 염 다리(D64 … R65, E411 … R415)를 형성하고 S181F가 π-π 상호작용(Y155 … 다중 도메인 β-젤리 롤 폴드 구조에서 표면에 노출된 유연한 α-나선과 루프.
구조 분석은 A65R 및 G415R 치환이 염 다리(D64 … R65, E411 … R415)를 형성하고 S181F가 π-π 상호작용(Y155 … 다중 도메인 β-젤리 롤 폴드 구조에서 표면에 노출된 유연한 α-나선과 루프.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Forming Salt Bridge
91kcal/mol by forming Salt Bridge at LYS143, Hydrogen bond at ALA8, VAL45, HIS47, SER142, ASN277, ASN359, and TRP363.
LYS143에서 Salt Bridge를 형성하여 91kcal/mol, ALA8, VAL45, HIS47, SER142, ASN277, ASN359, TRP363에서 수소결합.
LYS143에서 Salt Bridge를 형성하여 91kcal/mol, ALA8, VAL45, HIS47, SER142, ASN277, ASN359, TRP363에서 수소결합.
Full Text
Moreover, the GV971 components mainly interact directly with the charged residues D1, R5, K16, and K28 by forming salt bridges and hydrogen bonds, which specifically bind to the N-terminal region of Aβ42.
더욱이, GV971 성분은 주로 Aβ42의 N-말단 영역에 특이적으로 결합하는 염 다리 및 수소 결합을 형성함으로써 하전된 잔기 D1, R5, K16 및 K28과 직접 상호작용한다.
더욱이, GV971 성분은 주로 Aβ42의 N-말단 영역에 특이적으로 결합하는 염 다리 및 수소 결합을 형성함으로써 하전된 잔기 D1, R5, K16 및 K28과 직접 상호작용한다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Key Salt Bridge
Cytoplasmic access of water to the ion-binding site is accompanied by a remarkable loss of secondary structure of the KdpB N-terminus and disruption of a key salt bridge between Glu87 in the A domain and Arg212 in the P domain.
이온 결합 부위에 대한 물의 세포질 접근은 KdpB N-말단의 2차 구조의 현저한 손실 및 A 도메인의 Glu87과 P 도메인의 Arg212 사이의 핵심 염 다리의 붕괴를 동반합니다.
이온 결합 부위에 대한 물의 세포질 접근은 KdpB N-말단의 2차 구조의 현저한 손실 및 A 도메인의 Glu87과 P 도메인의 Arg212 사이의 핵심 염 다리의 붕괴를 동반합니다.
Full Text
We found that this conformational transition is brought about by the loss of a key salt bridge between Lys353 and Asp358 due to the phosphorylation at Ser356 that results in the reorganization of the dimeric interface.
우리는 이 형태적 전환이 이량체 인터페이스의 재구성을 초래하는 Ser356에서의 인산화로 인해 Lys353과 Asp358 사이의 주요 염 다리의 손실에 의해 발생한다는 것을 발견했습니다.
우리는 이 형태적 전환이 이량체 인터페이스의 재구성을 초래하는 Ser356에서의 인산화로 인해 Lys353과 Asp358 사이의 주요 염 다리의 손실에 의해 발생한다는 것을 발견했습니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Surface Salt Bridge
the introduction of a tyrosine corner in a helix-loop-helix segment and the formation of a novel surface salt bridge network possibly explaining the enhanced thermal stability.
나선-루프-나선 세그먼트에 티로신 코너의 도입과 향상된 열 안정성을 설명할 수 있는 새로운 표면 염다리 네트워크의 형성.
나선-루프-나선 세그먼트에 티로신 코너의 도입과 향상된 열 안정성을 설명할 수 있는 새로운 표면 염다리 네트워크의 형성.
Full Text
The stabilizing effect can be attributed to the formation of additional surface salt bridges between Arg‐residues and pS111 not present in the native structure.
안정화 효과는 기본 구조에 존재하지 않는 Arg 잔류물과 pS111 사이에 추가적인 표면 염 다리 형성에 기인할 수 있습니다.
안정화 효과는 기본 구조에 존재하지 않는 Arg 잔류물과 pS111 사이에 추가적인 표면 염 다리 형성에 기인할 수 있습니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Agar Salt Bridge
In this work single chamber microbial fuel cell (SCMFC) incorporating agar salt bridge pipe were used to investigate the interaction mechanisms between bacterial growth, Congo red decolorization, and bioelectricity generation.
이 작업에서 한천 염 다리 파이프를 포함하는 단일 챔버 미생물 연료 전지(SCMFC)를 사용하여 박테리아 성장, 콩고 적색 탈색 및 생체 전기 생성 간의 상호 작용 메커니즘을 조사했습니다.
이 작업에서 한천 염 다리 파이프를 포함하는 단일 챔버 미생물 연료 전지(SCMFC)를 사용하여 박테리아 성장, 콩고 적색 탈색 및 생체 전기 생성 간의 상호 작용 메커니즘을 조사했습니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Intermolecular Salt Bridge
In all cases, our MD simulations produced protein clusters that were stabilized by intermolecular salt bridges.
모든 경우에, 우리의 MD 시뮬레이션은 분자간 염 다리에 의해 안정화된 단백질 클러스터를 생성했습니다.
모든 경우에, 우리의 MD 시뮬레이션은 분자간 염 다리에 의해 안정화된 단백질 클러스터를 생성했습니다.
Full Text
An interfilament interface exists between residues K60‒F94 and Q62‒I88 with an intermolecular salt bridge between K80 and E83.
K80과 E83 사이에 분자간 염다리가 있는 잔기 K60‒F94와 Q62‒I88 사이에 필라멘트 간 계면이 존재합니다.
K80과 E83 사이에 분자간 염다리가 있는 잔기 K60‒F94와 Q62‒I88 사이에 필라멘트 간 계면이 존재합니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Novel Salt Bridge
A novel salt bridge is also discovered, which can mediate contact between the spike tip and fulcrum even in closed conformations, revealing a mechanism of direct communication across these domains.
닫힌 형태에서도 스파이크 팁과 받침점 사이의 접촉을 중재할 수 있는 새로운 염다리도 발견되어 이러한 영역을 가로질러 직접 통신하는 메커니즘을 보여줍니다.
닫힌 형태에서도 스파이크 팁과 받침점 사이의 접촉을 중재할 수 있는 새로운 염다리도 발견되어 이러한 영역을 가로질러 직접 통신하는 메커니즘을 보여줍니다.
Full Text
Our study also identified a novel salt bridge in CRTC1 with an important function in binding 14-3-3, expanding the understanding of the interaction between 14-3-3 and its ligands.
우리의 연구는 또한 14-3-3과 그 리간드 사이의 상호 작용에 대한 이해를 확장하여 14-3-3을 결합하는 데 중요한 기능을 가진 CRTC1의 새로운 염 다리를 확인했습니다.
우리의 연구는 또한 14-3-3과 그 리간드 사이의 상호 작용에 대한 이해를 확장하여 14-3-3을 결합하는 데 중요한 기능을 가진 CRTC1의 새로운 염 다리를 확인했습니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Conserved Salt Bridge
Our results indicate that the E484Q mutation disrupts the conserved salt bridge formed between Lys31 of hACE2 and Glu484 of S protein.
우리의 결과는 E484Q 돌연변이가 hACE2의 Lys31과 S 단백질의 Glu484 사이에 형성된 보존된 염 다리를 파괴한다는 것을 나타냅니다.
우리의 결과는 E484Q 돌연변이가 hACE2의 Lys31과 S 단백질의 Glu484 사이에 형성된 보존된 염 다리를 파괴한다는 것을 나타냅니다.
Full Text
A structurally conserved glutamate in the ECL2 anchors the peptides by a conserved salt bridge to the arginine of the RFamide motif.
ECL2에서 구조적으로 보존된 글루타메이트는 보존된 염 다리를 통해 RF아미드 모티프의 아르기닌에 펩티드를 고정합니다.
ECL2에서 구조적으로 보존된 글루타메이트는 보존된 염 다리를 통해 RF아미드 모티프의 아르기닌에 펩티드를 고정합니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Lived Salt Bridge
Our findings indicate that histone H4 tails engage in a fuzzy interaction with nucleosomal DNA, underpinned by a variable pattern of short-lived salt bridges and hydrogen bonds, which persists at low ionic strength (0-100 mM NaCl).
우리의 연구 결과는 히스톤 H4 꼬리가 낮은 이온 강도(0-100mM NaCl)에서 지속되는 단기 염 다리 및 수소 결합의 다양한 패턴에 의해 뒷받침되는 뉴클레오솜 DNA와의 퍼지 상호작용에 관여한다는 것을 나타냅니다.
우리의 연구 결과는 히스톤 H4 꼬리가 낮은 이온 강도(0-100mM NaCl)에서 지속되는 단기 염 다리 및 수소 결합의 다양한 패턴에 의해 뒷받침되는 뉴클레오솜 DNA와의 퍼지 상호작용에 관여한다는 것을 나타냅니다.
Full Text
Microsecond molecular dynamics simulations of KRAS4b on PS and PIP2 containing membranes show that the dynamics of the G-domain at the bilayer sur-face are significantly altered in the presence of PIP2, due to the formation of long lived salt bridges with basic residues on the G-domain.
nan
nan
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Protein Salt Bridge
Further investigation indicates that betaine and taurine can enhance the quinary interaction between the protein and cellular environment and manifestly weaken the electrostatic attraction in protein salt bridges.
추가 조사는 베타인과 타우린이 단백질과 세포 환경 사이의 2차 상호작용을 향상시키고 단백질 염 다리의 정전기적 인력을 명백하게 약화시킬 수 있음을 나타냅니다.
추가 조사는 베타인과 타우린이 단백질과 세포 환경 사이의 2차 상호작용을 향상시키고 단백질 염 다리의 정전기적 인력을 명백하게 약화시킬 수 있음을 나타냅니다.
Full Text
In addition to traditional stacking interactions between aromatic rings, stacking interactions involving heterocyclic drug fragments and protein salt bridges have also been observed.
nan
nan
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Lys28 Salt Bridge
Only in one CB[7]@Aβ1-42 complex was observed stable Asp23-Lys28 salt bridge with an average distance of 0.
하나의 CB[7]@Aβ1-42 복합체에서만 평균 거리가 0인 안정적인 Asp23-Lys28 염다리가 관찰되었습니다.
하나의 CB[7]@Aβ1-42 복합체에서만 평균 거리가 0인 안정적인 Asp23-Lys28 염다리가 관찰되었습니다.
Full Text
Our results demonstrate that although the overall secondary structure population is similar with Aβ42 and Aβ42(G37V), Aβ42(G37V) shows an increase in the β-turn and β-hairpin at residues 36-37 and the flexibility of the Asp23-Lys28 salt bridge.
nan
nan
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Additional Salt Bridge
Though it is not clear how the linkers affecting the activity, structure analysis indicated that the stability improvement is dependent on the additional salt bridge, H-bond, and the subunit interface area increasing due to the linker insertion, among which the additional salt bridge and interface area were more important factors.
linker가 활성에 어떤 영향을 미치는지는 확실하지 않으나 구조 분석에서는 추가적인 salt bridge, H-bond 및 linker 삽입으로 인한 subunit 계면 면적 증가에 따라 안정성 향상이 결정되는 것으로 나타났으며, 그 중 추가적인 salt bridge와 인터페이스 영역이 더 중요한 요소였습니다.
linker가 활성에 어떤 영향을 미치는지는 확실하지 않으나 구조 분석에서는 추가적인 salt bridge, H-bond 및 linker 삽입으로 인한 subunit 계면 면적 증가에 따라 안정성 향상이 결정되는 것으로 나타났으며, 그 중 추가적인 salt bridge와 인터페이스 영역이 더 중요한 요소였습니다.
Full Text
Additional salt bridges, hydrogen bonds, and a high number of non-bonded contacts (i.
추가 염다리, 수소 결합 및 많은 수의 비결합 접점(i.
추가 염다리, 수소 결합 및 많은 수의 비결합 접점(i.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within One Salt Bridge
JA is converted to JA-Ile which shows strong binding with COI1 and COI1-JA-Ile complex docked with JAZ which showed strong interaction with five hydrogens and one salt bridge bond.
JA는 COI1과 강한 결합을 나타내는 JA-Ile로 전환되고, JAZ와 도킹된 COI1-JA-Ile 복합체는 5개의 수소 및 1개의 염다리 결합과 강한 상호작용을 나타냅니다.
JA는 COI1과 강한 결합을 나타내는 JA-Ile로 전환되고, JAZ와 도킹된 COI1-JA-Ile 복합체는 5개의 수소 및 1개의 염다리 결합과 강한 상호작용을 나타냅니다.
Full Text
The selected docked complex showed five hydrogen bonds and one salt bridge.
선택된 도킹된 복합체는 5개의 수소 결합과 1개의 염다리를 나타냈다.
선택된 도킹된 복합체는 5개의 수소 결합과 1개의 염다리를 나타냈다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Chain Salt Bridge
Analysis of side chain-side chain salt bridges suggests that the overestimation of the helical content may be, in part, due to such interactions.
측쇄 측쇄 염 다리의 분석은 나선 함량의 과대 평가가 부분적으로 그러한 상호 작용으로 인한 것일 수 있음을 시사합니다.
측쇄 측쇄 염 다리의 분석은 나선 함량의 과대 평가가 부분적으로 그러한 상호 작용으로 인한 것일 수 있음을 시사합니다.
Full Text
Hb Hope is characterized by a comparable charge altering mutation (β136 Gly→Asp) and the intra chain salt bridge so formed between the carboxyl group of β136 Asp and the charged α-amino group of β1 valine.
Hb Hope는 유사한 전하 변경 돌연변이(β136 Gly→Asp)와 β136 Asp의 카르복실기와 β1 발린의 전하를 띤 α-아미노기 사이에 형성된 사슬 내 염 다리가 특징입니다.
Hb Hope는 유사한 전하 변경 돌연변이(β136 Gly→Asp)와 β136 Asp의 카르복실기와 β1 발린의 전하를 띤 α-아미노기 사이에 형성된 사슬 내 염 다리가 특징입니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Intramolecular Salt Bridge
Our results suggest that deamidation creates a new intramolecular salt bridge in NEDD8 to destabilize the NEDD8/WHB complex and reduce CRL activity.
우리의 결과는 탈아미드화가 NEDD8/WHB 복합체를 불안정화하고 CRL 활성을 감소시키기 위해 NEDD8에서 새로운 분자내 염다리를 생성함을 시사합니다.
우리의 결과는 탈아미드화가 NEDD8/WHB 복합체를 불안정화하고 CRL 활성을 감소시키기 위해 NEDD8에서 새로운 분자내 염다리를 생성함을 시사합니다.
Full Text
The structure of the closed state of the core complex SctR5S4T1 revealed that several of these residues form inter- and intramolecular salt bridges, some of which have to be broken for pore opening.
코어 복합체 SctR5S4T1의 닫힌 상태 구조는 이러한 잔류물 중 일부가 분자간 및 분자내 염 다리를 형성하고 그 중 일부는 기공 개방을 위해 끊어져야 한다는 것을 보여주었습니다.
코어 복합체 SctR5S4T1의 닫힌 상태 구조는 이러한 잔류물 중 일부가 분자간 및 분자내 염 다리를 형성하고 그 중 일부는 기공 개방을 위해 끊어져야 한다는 것을 보여주었습니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Two Salt Bridge
We studied the stability of two salt bridges between hen egg-white lysozyme (HEL) and its antibody, HyHEL-10, by using molecular dynamics simulations.
우리는 분자 역학 시뮬레이션을 사용하여 계란 흰자 리소자임(HEL)과 항체 HyHEL-10 사이의 두 염다리 안정성을 연구했습니다.
우리는 분자 역학 시뮬레이션을 사용하여 계란 흰자 리소자임(HEL)과 항체 HyHEL-10 사이의 두 염다리 안정성을 연구했습니다.
Full Text
Within the active site of FGFR4, the ligand 5b interacted with four H-bonds with Asp630 (carbonyl function), Glu520 (with amide NH and ArNH), and Ile609 (phenol function), while an imine “N” showed two salt bridges with Asp630 and Glu520.
FGFR4의 활성 부위 내에서 리간드 5b는 Asp630(카르보닐 작용기), Glu520(아미드 NH 및 ArNH 포함) 및 Ile609(페놀 작용기)와 함께 4개의 H-결합과 상호작용하는 반면 이민 "N"은 Asp630 및 Glu520.
FGFR4의 활성 부위 내에서 리간드 5b는 Asp630(카르보닐 작용기), Glu520(아미드 NH 및 ArNH 포함) 및 Ile609(페놀 작용기)와 함께 4개의 H-결합과 상호작용하는 반면 이민 "N"은 Asp630 및 Glu520.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within Acid Salt Bridge
Our results demonstrate several molecular structural and dynamics changes at around the transition pH values, including the isomerization of proline-threonine backbone configuration, breaking of arginine-aspartic acid salt bridge and the formation of arginine-lipid interactions, and an universal decreasing of dynamics in lipid headgroups and alkyl chains.
우리의 결과는 프롤린-트레오닌 백본 구성의 이성질체화, 아르기닌-아스파르트산 염 다리의 파괴 및 아르기닌-지질 상호작용의 형성을 포함하여 전이 pH 값 주변에서 여러 분자 구조 및 역학 변화를 보여줍니다. 지질 헤드 그룹 및 알킬 사슬.
우리의 결과는 프롤린-트레오닌 백본 구성의 이성질체화, 아르기닌-아스파르트산 염 다리의 파괴 및 아르기닌-지질 상호작용의 형성을 포함하여 전이 pH 값 주변에서 여러 분자 구조 및 역학 변화를 보여줍니다. 지질 헤드 그룹 및 알킬 사슬.
Full Text
The Spike protein bound with human receptor, an amino acid salt bridge and a potential furin cleavage site were found in the SARS-CoV-2 using molecular modeling.
SARS-CoV-2에서 인간 수용체와 결합된 스파이크 단백질, 아미노산 염 다리 및 잠재적인 푸린 절단 부위가 분자 모델링을 사용하여 발견되었습니다.
SARS-CoV-2에서 인간 수용체와 결합된 스파이크 단백질, 아미노산 염 다리 및 잠재적인 푸린 절단 부위가 분자 모델링을 사용하여 발견되었습니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within salt bridge interaction
These changes include (i) the H3A1 binding region, (ii) strand β1 that forms an intermolecular β-sheet with the H3 peptide, and (iii) an aspartate-containing motif involved in salt bridge interaction with H3K4, which together appear to abrogate recognition of H3K4 by the VIM1 PHD finger.
이러한 변화에는 (i) H3A1 결합 영역, (ii) H3 펩티드와 분자간 β-시트를 형성하는 가닥 β1, (iii) H3K4와의 염다리 상호작용에 관여하는 아스파르테이트 함유 모티프가 포함됩니다. VIM1 PHD 손가락으로 H3K4를 인식합니다.
이러한 변화에는 (i) H3A1 결합 영역, (ii) H3 펩티드와 분자간 β-시트를 형성하는 가닥 β1, (iii) H3K4와의 염다리 상호작용에 관여하는 아스파르테이트 함유 모티프가 포함됩니다. VIM1 PHD 손가락으로 H3K4를 인식합니다.
Full Text
Molecular docking using the C-I-TASSER-predicted TMPRSS2 catalytic domain model suggested that the guanidinobenzoyl or aminidinobenzoyl group in all the drugs could form putative salt bridge interactions with the side-chain carboxyl group of Asp435 located in the S1 pocket of TMPRSS2.
C-I-TASSER로 예측된 TMPRSS2 촉매 도메인 모델을 사용한 분자 도킹은 모든 약물의 guanidinobenzoyl 또는 aminidinobenzoyl 그룹이 TMPRSS2의 S1 포켓에 위치한 Asp435의 측쇄 카르복실 그룹과 추정적인 염다리 상호작용을 형성할 수 있음을 시사했습니다.
C-I-TASSER로 예측된 TMPRSS2 촉매 도메인 모델을 사용한 분자 도킹은 모든 약물의 guanidinobenzoyl 또는 aminidinobenzoyl 그룹이 TMPRSS2의 S1 포켓에 위치한 Asp435의 측쇄 카르복실 그룹과 추정적인 염다리 상호작용을 형성할 수 있음을 시사했습니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within salt bridge formation
Using computational simulations we discovered that the substitutions at 155th and 171st positions changed the amino acids involved in salt bridge formation, hydrogen-bond occupancy, interactome clusters, and the stability of the protein.
컴퓨터 시뮬레이션을 사용하여 우리는 155번째 및 171번째 위치에서의 치환이 염다리 형성, 수소 결합 점유, 상호작용 클러스터 및 단백질의 안정성과 관련된 아미노산을 변경한다는 것을 발견했습니다.
컴퓨터 시뮬레이션을 사용하여 우리는 155번째 및 171번째 위치에서의 치환이 염다리 형성, 수소 결합 점유, 상호작용 클러스터 및 단백질의 안정성과 관련된 아미노산을 변경한다는 것을 발견했습니다.
Full Text
In addition, molecular docking analysis revealed that this peptide interacted with DNA gyrase and dihydrofolate reductase by salt bridge formation, hydrogen bond interactions, and metal contact.
또한, 분자 도킹 분석은 이 펩타이드가 염다리 형성, 수소 결합 상호작용 및 금속 접촉에 의해 DNA 자이라제 및 디히드로폴레이트 환원효소와 상호작용하는 것으로 밝혀졌습니다.
또한, 분자 도킹 분석은 이 펩타이드가 염다리 형성, 수소 결합 상호작용 및 금속 접촉에 의해 DNA 자이라제 및 디히드로폴레이트 환원효소와 상호작용하는 것으로 밝혀졌습니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within salt bridge formed
Our results indicate that the E484Q mutation disrupts the conserved salt bridge formed between Lys31 of hACE2 and Glu484 of S protein.
우리의 결과는 E484Q 돌연변이가 hACE2의 Lys31과 S 단백질의 Glu484 사이에 형성된 보존된 염 다리를 파괴한다는 것을 나타냅니다.
우리의 결과는 E484Q 돌연변이가 hACE2의 Lys31과 S 단백질의 Glu484 사이에 형성된 보존된 염 다리를 파괴한다는 것을 나타냅니다.
Full Text
Molecular dynamics simulations performed indicated that the mutant protein AI loop structure was stabilized by salt bridge formed between D615 and R602.
수행된 분자 역학 시뮬레이션은 돌연변이 단백질 AI 루프 구조가 D615와 R602 사이에 형성된 염 다리에 의해 안정화되었음을 나타냅니다.
수행된 분자 역학 시뮬레이션은 돌연변이 단백질 AI 루프 구조가 D615와 R602 사이에 형성된 염 다리에 의해 안정화되었음을 나타냅니다.
Full Text
Salt Bridge sentence examples within salt bridge rearrangement
Furthermore, we found increased flexibility in direct spatial proximity of the fusion peptide due to salt bridge rearrangements induced by the D614G mutation in B.
또한, 우리는 B.
또한, 우리는 B.
Full Text
This increase in flexibility is due to salt bridge rearrangements induced by the D614G mutation in B.
유연성의 이러한 증가는 B의 D614G 돌연변이에 의해 유도된 염다리 재배열로 인한 것입니다.
유연성의 이러한 증가는 B의 D614G 돌연변이에 의해 유도된 염다리 재배열로 인한 것입니다.
Full Text
This assembly is stabilized via hydrogen bonds and salt bridges rather than hydrophobic contacts.
이 어셈블리는 소수성 접촉보다는 수소 결합과 염 다리를 통해 안정화됩니다.
이 어셈블리는 소수성 접촉보다는 수소 결합과 염 다리를 통해 안정화됩니다.
Full Text
The protonated sites identified by ECD from the different solution conditions are distinct and, in some cases, reflect the disruption of interactions such as salt bridges that maintain the native protein structure.
다른 용액 조건에서 ECD에 의해 식별된 양성자화된 부위는 구별되며, 어떤 경우에는 천연 단백질 구조를 유지하는 염다리와 같은 상호작용의 중단을 반영합니다.
다른 용액 조건에서 ECD에 의해 식별된 양성자화된 부위는 구별되며, 어떤 경우에는 천연 단백질 구조를 유지하는 염다리와 같은 상호작용의 중단을 반영합니다.
Full Text
Hydrogen bonds, salt bridges, and non-bonded contacts between Spike and IFITM protein chains in the complexes were detected with the PDBsum web-based tool.
PDBsum 웹 기반 도구를 사용하여 복합체에서 Spike와 IFITM 단백질 사슬 사이의 수소 결합, 염교 및 비결합 접촉을 감지했습니다.
PDBsum 웹 기반 도구를 사용하여 복합체에서 Spike와 IFITM 단백질 사슬 사이의 수소 결합, 염교 및 비결합 접촉을 감지했습니다.
Full Text
Asp60 of Fd forms a salt bridge with Lys33 of FNR in the complex.
Fd의 Asp60은 복합체에서 FNR의 Lys33과 염다리를 형성합니다.
Fd의 Asp60은 복합체에서 FNR의 Lys33과 염다리를 형성합니다.
Full Text
The V600E mutation, however, destabilizes the inactive state by disrupting hydrophobic interactions present in the wild-type structure while the active state is stabilized through the formation of a salt bridge between Glu600 and Lys507.
그러나 V600E 돌연변이는 야생형 구조에 존재하는 소수성 상호작용을 방해하여 불활성 상태를 불안정화시키는 반면 활성 상태는 Glu600과 Lys507 사이의 염 다리 형성을 통해 안정화됩니다.
그러나 V600E 돌연변이는 야생형 구조에 존재하는 소수성 상호작용을 방해하여 불활성 상태를 불안정화시키는 반면 활성 상태는 Glu600과 Lys507 사이의 염 다리 형성을 통해 안정화됩니다.
Full Text
Elucidating such a microscopic mechanism in detail requires a more accurate molecular interpretation that includes quantum mechanics to quantitatively evaluate hydrogen bonds, XH/π interactions (X = N, O, and C), and salt bridges.
이러한 미시적 메커니즘을 자세히 설명하려면 수소 결합, XH/π 상호 작용(X = N, O 및 C) 및 염다리를 정량적으로 평가하기 위한 양자 역학을 포함하는 보다 정확한 분자 해석이 필요합니다.
이러한 미시적 메커니즘을 자세히 설명하려면 수소 결합, XH/π 상호 작용(X = N, O 및 C) 및 염다리를 정량적으로 평가하기 위한 양자 역학을 포함하는 보다 정확한 분자 해석이 필요합니다.
Full Text
We proposed that the negatively charged Tyr10 caused by nitration at physiological pH could interact with the salt bridge between Glu11 and His6 or His13 and block the kink around Tyr10, thereby preventing Aβ fibrilization and aggregation.
우리는 생리학적 pH에서 질화로 인한 음전하를 띤 Tyr10이 Glu11과 His6 또는 His13 사이의 염다리와 상호작용하고 Tyr10 주변의 꼬임을 차단하여 Aβ 섬유화 및 응집을 방지할 수 있다고 제안했습니다.
우리는 생리학적 pH에서 질화로 인한 음전하를 띤 Tyr10이 Glu11과 His6 또는 His13 사이의 염다리와 상호작용하고 Tyr10 주변의 꼬임을 차단하여 Aβ 섬유화 및 응집을 방지할 수 있다고 제안했습니다.
Full Text
The simulations demonstrate that both Ser and Mel molecules disrupt the local β-sheet structure, destroy the salt bridges between K28 side chain and A42 COO-, and consequently destabilize the global structure of Aβ42 protofibril.
시뮬레이션은 Ser 및 Mel 분자가 모두 국부적 β-시트 구조를 파괴하고 K28 측쇄와 A42 COO- 사이의 염 다리를 파괴하여 결과적으로 Aβ42 원형섬유의 전체 구조를 불안정화한다는 것을 보여줍니다.
시뮬레이션은 Ser 및 Mel 분자가 모두 국부적 β-시트 구조를 파괴하고 K28 측쇄와 A42 COO- 사이의 염 다리를 파괴하여 결과적으로 Aβ42 원형섬유의 전체 구조를 불안정화한다는 것을 보여줍니다.
Full Text
MD reveals that CXJ interacts mainly with phosphatidylserine (PS) but also with phosphatidylethanolamine (PE) headgroups, both found in the outer leaflet of cancer cells, while salt bridges with phosphate moieties are prevalent in bacterial biomimetic membranes composed of PE, phosphatidylglycerol (PG) and cardiolipin (CL).
MD는 CXJ가 주로 포스파티딜세린(PS)과 상호작용하지만 포스파티딜에탄올아민(PE) 헤드그룹과도 상호작용하며, 둘 다 암세포의 외부 전단지에서 발견되는 반면, 포스페이트 모이어티가 있는 염 다리는 PE, 포스파티딜글리세롤(PG)로 구성된 박테리아 생체 모방 막에서 널리 퍼져 있음을 보여줍니다. 및 카디오리핀(CL).
MD는 CXJ가 주로 포스파티딜세린(PS)과 상호작용하지만 포스파티딜에탄올아민(PE) 헤드그룹과도 상호작용하며, 둘 다 암세포의 외부 전단지에서 발견되는 반면, 포스페이트 모이어티가 있는 염 다리는 PE, 포스파티딜글리세롤(PG)로 구성된 박테리아 생체 모방 막에서 널리 퍼져 있음을 보여줍니다. 및 카디오리핀(CL).
Full Text
We demonstrated that it is the high density of salt bridges in CYP101 that reduces its structural flexibility, which controls the ligand access channel and the fluctuation of the catalytic pocket, thus restricting its selection on substrates.
우리는 리간드 접근 채널과 촉매 포켓의 변동을 제어하여 기질에 대한 선택을 제한하는 구조적 유연성을 감소시키는 것이 CYP101의 고밀도 염 다리임을 입증했습니다.
우리는 리간드 접근 채널과 촉매 포켓의 변동을 제어하여 기질에 대한 선택을 제한하는 구조적 유연성을 감소시키는 것이 CYP101의 고밀도 염 다리임을 입증했습니다.
Full Text
The deletions of amino acids Asp119 and Phe120 in ORF8 of delta variant results in structural instability of ORF8 dimer caused by disruption of hydrogen bonding and salt bridges as revealed by structural analysis and MD simulation studies of ORF8 dimer.
델타 변이체의 ORF8에서 아미노산 Asp119 및 Phe120의 결실은 ORF8 이량체의 구조 분석 및 MD 시뮬레이션 연구에 의해 밝혀진 바와 같이 수소 결합 및 염 다리의 붕괴로 인한 ORF8 이량체의 구조적 불안정성을 초래합니다.
델타 변이체의 ORF8에서 아미노산 Asp119 및 Phe120의 결실은 ORF8 이량체의 구조 분석 및 MD 시뮬레이션 연구에 의해 밝혀진 바와 같이 수소 결합 및 염 다리의 붕괴로 인한 ORF8 이량체의 구조적 불안정성을 초래합니다.
Full Text
We show that Zn(II) imparts significant rigidity to the peptide, disrupts the secondary structure and pattern of salt bridges seen in the free peptide, and induces closer contact between residues.
우리는 Zn(II)가 펩타이드에 상당한 강성을 부여하고, 자유 펩타이드에서 볼 수 있는 염다리의 2차 구조와 패턴을 파괴하고, 잔류물 사이의 더 긴밀한 접촉을 유도한다는 것을 보여줍니다.
우리는 Zn(II)가 펩타이드에 상당한 강성을 부여하고, 자유 펩타이드에서 볼 수 있는 염다리의 2차 구조와 패턴을 파괴하고, 잔류물 사이의 더 긴밀한 접촉을 유도한다는 것을 보여줍니다.
Full Text
Molecular docking analysis revealed that microalgae amino acids interact with amino acid residues near the active site of amylase and allosteric sites of glucosidase through p-alkyl interactions, positive-negative interactions, salt bridges, and hydrogen bonds.
분자 도킹 분석은 미세조류 아미노산이 p-알킬 상호작용, 양성-음성 상호작용, 염 다리 및 수소 결합을 통해 아밀라아제의 활성 부위 및 글루코시다아제의 알로스테릭 부위 근처의 아미노산 잔기와 상호 작용하는 것으로 나타났습니다.
분자 도킹 분석은 미세조류 아미노산이 p-알킬 상호작용, 양성-음성 상호작용, 염 다리 및 수소 결합을 통해 아밀라아제의 활성 부위 및 글루코시다아제의 알로스테릭 부위 근처의 아미노산 잔기와 상호 작용하는 것으로 나타났습니다.
Full Text