Rare Biosphere
희귀 생물권

Rare Biosphere(희귀 생물권)란 무엇입니까?

Rare Biosphere 희귀 생물권 - Biofilms in all MBfRs had high microbial diversity that was influenced by the “rare biosphere” (RB), phylotypes with relative abundance less than 1%. ^[1] However, the “rare biosphere” of the oral microbiome, including fungi, has been sparsely investigated. ^[2] members of the rare biosphere). ^[3] Soil biogeochemical processes are not only gauged by the dominant taxa in the microbiome but also depend on the critical functions of its 'rare biosphere' members. ^[4] Also, we observed a rare biosphere of novel taxa without clear taxonomic standing. ^[5] These bacterial shifts in the ileum were mainly the result of compositional changes in the rare biosphere (unweighted UniFrac), while in the cecum, treatment affected both majority and minority bacterial groups (weighted and unweighted UniFrac). ^[6] Metagenomic analysis of the BCN community challenged with ADOC showed a significant growth of Methylophaga and other gammaproteobacterial taxa belonging to the rare biosphere. ^[7] There is likely an enrichment in ecological functions within the rare biosphere, considering this high contribution of deterministic processes in the assembly. ^[8] Often, the long “tail” of the rank-abundance plots of microbial communities constitutes the so-called “rare biosphere,” microorganisms that are highly diverse but are typically found in low abundance in these communities. ^[9] Thus, we have isolated a novel member of the 'rare biosphere', which endures the extreme conditions and may play a significant role in the degradation of detrital organic matter sinking into the sulfidic waters of the Black Sea. ^[10] We used amplicon sequencing of bark from the medicinal plant Eucommia ulmoides collected across nine distinct biogeographical regions in China, and comprehensively analyzed the diversity, rare biosphere and core taxa of bark fungi. ^[11] On the one hand, the 2-HP-acclimated biomass was richer and dominated by a rare biosphere, or genera having <0. ^[12] A very low number of taxa were abundant and shared between all sites, whereas the rare biosphere was more phylogenetically diverse (FPD index) and phylogenetically disperse (PSC index) than the abundant taxa for both analyzed libraries. ^[13] , polycyclic aromatic hydrocarbons) as well as the need to investigate the role of the rare biosphere in ecosystem functioning. ^[14] Although biofilms should be supplied by the planktonic (ultra) rare biosphere, source tracking could only detect small contributions of FL or PA taxa to B communities. ^[15] Soil bacterial and fungal communities often comprise the “abundant biosphere” and “rare biosphere”, which co-exist in soil aggregates to form a complex system of inter-species interactions. ^[16] Potential oil-degrading genera showed a clear succession pattern and were for the most part recruited from the “rare biosphere. ^[17] Alongside typical cellulose degraders, including members of the Actinobacteria, Bacteroidetes, and Chloroflexi, we found divergent cellulases encoded in the genome of a recently described candidate phylum from the rare biosphere, Goldbacteria, and validated their cellulase activity. ^[18] The composition of ETBE-enrichment cultures was distinct from their initial water samples, reflecting the importance of the rare biosphere as a reservoir of potential ETBE degraders. ^[19] The superiority of the MSP platform in revealing the rare biosphere was also evaluated based on amplicon sequencing. ^[20] 1%) to be considered part of the rare biosphere. ^[21] Our study emphasizes the importance of the rare biosphere as a critical component of microbial community responses to community coalescence. ^[22] Amplicon sequence variants that were enriched in hydrothermally influenced bottom waters largely derived from cosmopolitan protists that were present, but rare, in other near-bottom samples, thus highlighting the importance of the rare biosphere. ^[23] Potential oil-degrading genera showed a clear succession pattern and were for the most part recruited from the “rare biosphere. ^[24] In addition, through full-length analysis, Conexibacter-like sequences, commonly identified by environmental metagenomics among the rare biosphere, were detected. ^[25] This rare biosphere now starts to be better described both in its composition and functional attributes, and its ecology is slowly unveiled. ^[26] The majority of MAGs linked to oiled ecosystems are members of the rare biosphere in non-oiled samples, except for the Gulf of Mexico (GoM) which appears to be primed for oil biodegradation. ^[27] Our study emphasizes the importance of the rare biosphere as a critical component of community resilience. ^[28] Ecological roles of “rare biosphere” (RB) were rarely discussed in alpine grassland ecosystems. ^[29] ) that specificity of plastics biofilms are rather related to members of the rare biosphere. ^[30] Natural microbial communities consist of a limited number of abundant species and an extraordinarily diverse population of rare species referred to as the rare biosphere. ^[31]
모든 MBfR의 생물막은 "희귀 생물권"(RB)의 영향을 받는 높은 미생물 다양성을 가졌으며, 이는 상대적 풍부도가 1% 미만인 계통형입니다. ^[1] 그러나 진균을 포함한 구강 미생물군집의 "희귀한 생물권"에 대한 조사는 거의 이루어지지 않았습니다. ^[2] 희귀 생물권의 구성원). ^[3] 토양 생지화학적 과정은 미생물군집의 지배적인 분류군에 의해 측정될 뿐만 아니라 '희귀한 생물권' 구성원의 중요한 기능에 따라 달라집니다. ^[4] 또한, 우리는 명확한 분류학적 위치가 없는 희귀한 새로운 분류군의 생물권을 관찰했습니다. ^[5] 회장에서 이러한 박테리아 이동은 주로 희귀 생물권(가중되지 않은 UniFrac)의 조성 변화의 결과인 반면 맹장에서는 치료가 대다수 및 소수 박테리아 그룹(가중 및 비가중 UniFrac)에 모두 영향을 미쳤습니다. ^[6] ADOC에 도전한 BCN 커뮤니티의 메타게놈 분석은 희귀 생물권에 속하는 Methylophaga 및 기타 감마프로테오박테리아 분류군의 상당한 성장을 보여주었습니다. ^[7] 어셈블리에서 결정론적 프로세스의 높은 기여도를 고려할 때 희귀한 생물권 내에서 생태학적 기능이 강화될 가능성이 있습니다. ^[8] 종종 미생물 군집의 순위 분포 플롯의 긴 "꼬리"는 소위 "희귀 생물권"을 구성합니다. 미생물은 매우 다양하지만 일반적으로 이러한 군집에서 적은 양으로 발견됩니다. ^[9] 따라서 우리는 극한의 조건을 견디고 흑해의 황화수(sulfidic waters)로 가라앉는 유기물의 분해에 중요한 역할을 할 수 있는 '희귀 생물권'의 새로운 구성원을 분리했습니다. ^[10] 우리는 중국의 9개 별개의 생물지리학적 지역에서 수집된 약용 식물 Eucommia ulmoides에서 수피의 앰플리콘 시퀀싱을 사용하고 수피 균류의 다양성, 희귀 생물권 및 핵심 분류군을 종합적으로 분석했습니다. ^[11] 한편으로, 2-HP 순응 바이오매스는 더 풍부하고 희귀 생물권 또는 <0인 속이 지배적이었습니다. ^[12] 매우 적은 수의 분류군이 풍부하고 모든 사이트 간에 공유된 반면, 희귀 생물권은 분석된 두 라이브러리 모두에 대해 풍부한 분류군보다 계통 발생학적으로 다양하고(FPD 인덱스) 계통 발생적으로 분산(PSC 인덱스)했습니다. ^[13] , 다환 방향족 탄화수소)뿐만 아니라 생태계 기능에서 희귀 생물권의 역할을 조사할 필요가 있습니다. ^[14] 생물막은 플랑크톤(초) 희귀 생물권에 의해 제공되어야 하지만 소스 추적은 B 커뮤니티에 대한 FL 또는 PA 분류군의 작은 기여만 감지할 수 있었습니다. ^[15] 토양 박테리아 및 곰팡이 군집은 종종 "풍부한 생물권"과 "희귀 생물권"으로 구성되며, 이들은 토양 집합체에서 공존하여 종간 상호 작용의 복잡한 시스템을 형성합니다. ^[16] 잠재적인 석유 분해 속은 분명한 천이 패턴을 보여주었고 대부분 "희귀한 생물권"에서 모집되었습니다. ^[17] Actinobacteria, Bacteroidetes 및 Chloroflexi의 구성원을 포함한 일반적인 셀룰로오스 분해제와 함께 우리는 희귀 생물권인 Goldbacteria에서 최근에 기술된 후보 문의 게놈에 암호화된 다양한 셀룰라아제를 발견하고 이들의 셀룰라아제 활성을 검증했습니다. ^[18] ETBE 농축 배양물의 구성은 초기 물 샘플과 구별되어 잠재적인 ETBE 분해자의 저장소로서 희귀 생물권의 중요성을 반영합니다. ^[19] 희귀 생물권을 밝히는 MSP 플랫폼의 우수성도 앰플리콘 시퀀싱을 기반으로 평가되었습니다. ^[20] 1%) 희귀 생물권의 일부로 간주됩니다. ^[21] 우리의 연구는 공동체 유착에 대한 미생물 공동체 반응의 중요한 구성 요소로서 희귀 생물권의 중요성을 강조합니다. ^[22] 열수에 의해 영향을 받는 바닥 해수에서 풍부한 Amplicon 서열 변이체는 존재하지만 다른 바닥 근처 샘플에서는 드물게 존재하는 세계적인 원생생물에서 파생되어 희귀 생물권의 중요성을 강조합니다. ^[23] 잠재적인 석유 분해 속은 분명한 천이 패턴을 보여주었고 대부분 "희귀한 생물권"에서 모집되었습니다. ^[24] 또한, 전체 길이 분석을 통해 희귀 생물권 중 환경 메타게노믹스로 일반적으로 확인되는 Conexibacter 유사 서열을 검출했습니다. ^[25] 이 희귀한 생물권은 이제 구성과 기능적 속성 모두에서 더 잘 설명되기 시작했으며 생태계가 천천히 공개됩니다. ^[26] 유류 생태계와 연결된 대부분의 MAG는 유류 생분해를 위해 준비된 것으로 보이는 멕시코만(GoM)을 제외하고 유류가 없는 샘플의 희귀 생물권의 구성원입니다. ^[27] 우리의 연구는 지역 사회 회복력의 중요한 구성 요소로서 희귀 생물권의 중요성을 강조합니다. ^[28] "희귀 생물권"(RB)의 생태학적 역할은 고산 초원 생태계에서 거의 논의되지 않았습니다. ^[29] ) 플라스틱 생물막의 특이성은 오히려 희귀 생물권의 구성원과 관련이 있습니다. ^[30] 천연 미생물 군집은 제한된 수의 풍부한 종과 희귀 생물권이라고 하는 매우 다양한 희귀종의 개체군으로 구성됩니다. ^[31]

rare biosphere taxa

Based on microbial interaction networks, communities responded to the disturbance by showing a transition from acetotrophic (Methanotrichaceae and Methanosarcinaceae) to methylotrophic methanogens (Methanomassiliicoccaceae and Methanobacteriaceae) and a fluctuation in rare biosphere taxa. ^[1] ADOC exposure also changed the composition of microbial communities, through stimulation of rare biosphere taxa. ^[2]
미생물 상호 작용 네트워크를 기반으로 커뮤니티는 acetotrophic (Methanotrichaceae 및 Methanosarcinaceae)에서 methylotrophic 메탄 생성 물질 (Methanomassiliicoccaceae 및 Methanobacteriaceae)으로의 전환과 희귀 생물권 분류군의 변동을 보여 교란에 대응했습니다. ^[1] ADOC 노출은 또한 희귀 생물권 분류군의 자극을 통해 미생물 군집의 구성을 변경했습니다. ^[2]