Proteome Wide Identification(프로테옴 와이드 식별)란 무엇입니까?
Proteome Wide Identification 프로테옴 와이드 식별 - We also performed proteome-wide identification of circadian proteins in two cereal crops namely, Oryza sativa and Sorghum bicolor , followed by the functional annotation of the predicted circadian proteins with Gene Ontology (GO) terms. [1] Here, we present a proteome-wide identification of reversibly oxidized cysteine sites in oxidant-treated cells using a maleimide-based bioswitch method coupled to mass spectrometry analysis. [2] Herein, we employed isotope-coded ATP acyl-phosphate probes, in conjunction with a multiple-reaction monitoring (MRM)-based targeted proteomic method for proteome-wide identifications of endogenous kinases that can bind to two N6-modified ATP derivatives, N6-methyl-ATP (N6-Me-ATP), and N6-furfuryl-ATP (a. [3] Here we review how recent advances in proteomic technologies, mass spectrometry instrumentation, and bioinformatics spurred the proteome-wide identification of PTM crosstalk through measurements of PTM sites. [4] Basic Protocol 1: Live-cell labeling of substrates of protein methyltransferases GLP1 and PRMT1 with lcBPPM-feasible enzymes and SAM analogue precursors Support Protocol: Gram-scale synthesis of Hey-Met Basic Protocol 2: Click labeling of lcBPPM cell lysates with a biotin-azide probe Alternate Protocol: Click labeling of small-scale lcBPPM cell lysates with a TAMRA-azide dye for in-gel fluorescence visualization Basic Protocol 3: Enrichment of biotinylated lcBPPM proteome with streptavidin beads Basic Protocol 4: Proteome-wide identification of lcBPPM targets with mass spectrometry Basic Protocol 5: Validation of individual lcBPPM targets by western blot. [5] We show that the triazole leaving group (LG) can serve as a releasable linker for embedding hydrophobic fragments to direct molecular recognition while permitting efficient proteome-wide identification of binding sites in live cells. [6] However, proteome-wide identification of CTP-binding proteins remains challenging. [7]우리는 또한 두 가지 곡물, 즉 Oryza sativa와 Sorghum bicolor에서 단백질체 전체에 걸친 일주기 단백질 식별을 수행한 다음, 유전자 존재론(GO) 용어로 예측된 일주기 단백질의 기능적 주석을 수행했습니다. [1] 여기, 우리는 질량 분석 분석과 결합된 말레이미드 기반 바이오스위치 방법을 사용하여 산화제 처리 세포에서 가역적으로 산화된 시스테인 부위의 프로테옴 전체 식별을 제시합니다. [2] 여기에서 우리는 두 개의 N6-변형 ATP 유도체에 결합할 수 있는 내인성 키나제의 프로테옴 전체 식별을 위한 다중 반응 모니터링(MRM) 기반 표적 단백질체 방법과 함께 동위원소 코딩된 ATP 아실-인산 프로브를 사용했습니다. 메틸-ATP(N6-Me-ATP) 및 N6-푸르푸릴-ATP(a. [3] 여기에서 우리는 proteomic 기술, 질량 분석 장비 및 생물 정보학의 최근 발전이 PTM 사이트 측정을 통해 PTM 누화의 proteome 전체 식별을 어떻게 촉진했는지 검토합니다. [4] 기본 프로토콜 1: lcBPPM 실행 가능 효소 및 SAM 유사체 전구체를 사용한 단백질 메틸트랜스퍼라제 GLP1 및 PRMT1 기질의 라이브 셀 라벨링 지원 프로토콜: Hey-Met의 그람 규모 합성 기본 프로토콜 2: 비오틴을 사용한 lcBPPM 세포 용해물의 클릭 라벨링 아지드 프로브 대체 프로토콜: 겔 내 형광 시각화를 위한 TAMRA-아지드 염료로 소규모 lcBPPM 세포 용해물의 클릭 라벨링 기본 프로토콜 3: 스트렙타비딘 비드로 비오틴화된 lcBPPM 프로테옴의 농축 기본 프로토콜 4: lcBPPM 대상의 프로테옴 전체 식별 질량 분석기 기본 프로토콜 5: 웨스턴 블롯에 의한 개별 lcBPPM 표적의 검증. [5] 우리는 트리아졸 이탈 그룹(LG)이 살아있는 세포에서 결합 부위의 효율적인 프로테옴 전체 식별을 허용하면서 분자 인식을 지시하기 위해 소수성 단편을 포함하기 위한 방출 가능한 링커 역할을 할 수 있음을 보여줍니다. [6] 그러나, CTP-결합 단백질의 프로테옴 전체 식별은 여전히 도전적입니다. [7]