Microbial Lineages(미생물 계통)란 무엇입니까?
Microbial Lineages 미생물 계통 - This approach combines ideas from systems biology and data science to infer the timing of major changes in the evolution of microbial lineages and metabolic pathways. [1] ABSTRACT In the ocean, viruses impact microbial mortality, regulate biogeochemical cycling, and alter the metabolic potential of microbial lineages. [2] Within a complex microbiome it can be difficult to tease apart beneficial or parasitic symbionts from nonessential commensal or transient microorganisms; however, one approach is to detect strong cophylogenetic patterns between microbial lineages and their respective hosts. [3] The latter are complicated by non-independent changes in both RNA transcript levels and their underlying genomic DNA copies (as microbes simultaneously change their overall abundance in the population and regulate individual transcripts), genetic plasticity (as whole loci are frequently gained and lost in microbial lineages) and measurement compositionality and zero-inflation. [4] This is especially challenging for microbial lineages due to the near-absence of preserved physical evidence (diagnostic body fossils or geochemical biomarkers). [5] Linear Discriminant Analysis Effect Size exhibited 31 indicator bacterial genus, 10 in control and 21 in treated condition, suggesting the enrichment of microbial lineages with addition of Bio‐ball. [6] However, the overwhelming majority of microbial lineages are resistant to culturing, leading to difficulties characterizing their metabolisms. [7] Recent accomplishments include the confident identification of causative agents from past pandemics, the discovery of microbial lineages that are now extinct, the extrapolation of past emergence events on a chronological scale and the characterization of long-term evolutionary history of microorganisms that remain relevant to public health today. [8] However, the overwhelming majority of microbial lineages are resistant to culturing, leading to difficulties characterizing their metabolisms. [9] Our discovery calls into question current assumptions about the distribution of carbon fixation pathways in microbial lineages, and the interpretation of stable isotope measurements in the environment. [10] In our experiments, polymorphic mechanisms regulate only a limited number of microbial lineages (independently of their abundance). [11]이 접근 방식은 시스템 생물학 및 데이터 과학의 아이디어를 결합하여 미생물 계통 및 대사 경로의 진화에서 주요 변화 시기를 추론합니다. [1] 초록 바다에서 바이러스는 미생물 사멸에 영향을 미치고 생지화학적 순환을 조절하며 미생물 계통의 대사 잠재력을 변경합니다. [2] 복잡한 미생물군집 내에서 유익하거나 기생하는 공생자를 비필수적인 공생 또는 일시적 미생물과 분리하는 것은 어려울 수 있습니다. 그러나 한 가지 접근 방식은 미생물 계통과 해당 숙주 사이의 강력한 계통 발생 패턴을 감지하는 것입니다. [3] 후자는 RNA 전사체 수준과 기본 게놈 DNA 복사본(미생물이 집단에서 전체 풍부함을 동시에 변경하고 개별 전사물을 조절하기 때문에), 유전적 가소성(전체 유전자좌가 미생물에서 자주 획득 및 손실되기 때문에)의 비독립적 변화로 인해 복잡합니다. 계보) 및 측정 구성 및 제로 인플레이션. [4] 이것은 보존된 물리적 증거(진단적 신체 화석 또는 지구화학적 바이오마커)가 거의 없기 때문에 미생물 계통의 경우 특히 어렵습니다. [5] Linear Discriminant Analysis Effect Size는 31개의 지표 세균속(대조군 10개, 처리군 21개)을 나타내어 Bio-ball 첨가에 따른 미생물 계통의 농축을 시사한다. [6] 그러나 압도적인 대다수의 미생물 계통은 배양에 내성이 있어 대사를 특성화하는 데 어려움이 있습니다. [7] 최근 성과에는 과거 유행병의 원인 인자에 대한 확실한 식별, 현재 멸종된 미생물 계통의 발견, 과거 출현 사건을 연대순으로 외삽하고 공중 보건과 관련이 있는 미생물의 장기적인 진화 역사의 특성 규명이 포함됩니다. 오늘. [8] 그러나 압도적인 대다수의 미생물 계통은 배양에 내성이 있어 대사를 특성화하는 데 어려움이 있습니다. [9] 우리의 발견은 미생물 계통에서 탄소 고정 경로의 분포와 환경에서 안정 동위원소 측정의 해석에 대한 현재의 가정에 의문을 제기합니다. [10] 우리의 실험에서 다형성 메커니즘은 제한된 수의 미생물 계통만을 조절합니다(풍부함과는 별개로). [11]
Specific Microbial Lineages 특정 미생물 계통
Genes for the utilisation of sialic acids and glycosaminoglycans present in sponge tissue were found in specific microbial lineages that also encoded genes for attachment to sponge-derived fibronectins and cadherins, suggesting these lineages can utilise specific structural elements of sponge tissue. [1] In addition, microbial distribution along the depth profile indicates a potential vertical connectivity between the surface-specific microbial lineages and those in the deep ocean, likely through microbial attachment to sinking particles. [2] After a thorough analysis of physicochemical, electrical, and biological factors, we attribute this substantial metabolic activity largely to higher cell density, mineral composition, kinetic parameters including an elevated Vmax, and the presence of specific microbial lineages. [3] Our results support the hypothesis that there is connectivity between sediment microbial populations inhabiting the Mariana and Kermadec trenches while showing that both whole communities and specific microbial lineages vary between trench of collection and sediment horizon depth. [4] These results show that dilution-to-extinction is an effective method to isolate abundant soil microbes and the concentration of substrates in culture medium influences the culturability of specific microbial lineages. [5]스펀지 조직에 존재하는 시알산 및 글리코사미노글리칸의 활용을 위한 유전자는 스펀지 유래 피브로넥틴 및 카드헤린에 부착하기 위한 유전자도 암호화하는 특정 미생물 계통에서 발견되었으며, 이는 이러한 계통이 스펀지 조직의 특정 구조적 요소를 활용할 수 있음을 시사합니다. [1] 또한 깊이 프로파일을 따른 미생물 분포는 표면 특이적 미생물 계통과 심해의 미생물 계통 사이의 잠재적인 수직 연결성을 나타내며, 이는 침강 입자에 미생물이 부착될 가능성이 있습니다. [2] 물리화학적, 전기적 및 생물학적 요인에 대한 철저한 분석 후, 우리는 이 실질적인 대사 활동을 주로 더 높은 세포 밀도, 광물 조성, 상승된 Vmax를 포함한 운동 매개변수 및 특정 미생물 계통의 존재로 돌립니다. [3] 우리의 결과는 Mariana와 Kermadec 해구에 서식하는 퇴적물 미생물 개체군 사이에 연결성이 있다는 가설을 뒷받침하는 동시에 전체 커뮤니티와 특정 미생물 계통이 수집 도랑과 퇴적물 지평 깊이 사이에서 다양함을 보여줍니다. [4] 이러한 결과는 희석하여 멸종시키는 것이 풍부한 토양 미생물을 분리하는 효과적인 방법이며 배양 배지의 기질 농도가 특정 미생물 계통의 배양성에 영향을 미친다는 것을 보여줍니다. [5]
Uncultured Microbial Lineages
We quantified the enrichment of clusters of orthologous gene functional categories (COG-FCs) as a proxy for traits within the lineages of 13,735 cultured and uncultured microbial lineages from a custom-curated genome database. [1] ABSTRACT Recent experimental and bioinformatic advances enable the recovery of genomes belonging to yet-uncultured microbial lineages directly from environmental samples. [2] We quantified the relative abundances of clusters of orthologous group functional categories (COG-FCs) as a proxy for traits within the lineages of 13,735 cultured and uncultured microbial lineages from a custom-curated genome database. [3]우리는 맞춤 선별된 게놈 데이터베이스에서 13,735개의 배양 및 미배양 미생물 계통의 계보 내 형질에 대한 프록시로서 이종 유전자 기능 범주(COG-FC) 클러스터의 농축을 정량화했습니다. [1] 요약 최근 실험 및 생물정보학의 발전으로 아직 배양되지 않은 미생물 계통에 속하는 게놈을 환경 샘플에서 직접 복구할 수 있습니다. [2] 우리는 맞춤 큐레이트된 게놈 데이터베이스에서 13,735개의 배양 및 미배양 미생물 계보의 계보 내 형질에 대한 프록시로서 이종 그룹 기능 범주(COG-FC) 클러스터의 상대적 풍부함을 정량화했습니다. [3]
Unknown Microbial Lineages
I propose that more efforts should be put into characterizing these poorly understood and mostly unknown microbial lineages that hold vast potentials for our understanding of microbial diversity, ecology, and evolution of life on this planet. [1] Due to new genomic sampling of previously unknown microbial lineages, the tree of life has expanded and was reshaped multiple times. [2] Due to new genomic sampling of previously unknown microbial lineages, the tree of life has expanded and was reshaped multiple times. [3]나는 이 행성의 미생물 다양성, 생태학 및 생명체의 진화에 대한 우리의 이해를 위한 광대한 잠재력을 갖고 있는 잘 이해되지 않고 대부분 알려지지 않은 미생물 계통을 특성화하는 데 더 많은 노력을 기울여야 한다고 제안합니다. [1] 이전에 알려지지 않은 미생물 계통의 새로운 게놈 샘플링으로 인해 생명의 나무는 확장되고 여러 번 변형되었습니다. [2] 이전에 알려지지 않은 미생물 계통의 새로운 게놈 샘플링으로 인해 생명의 나무는 확장되고 여러 번 변형되었습니다. [3]
Novel Microbial Lineages
Our data highlight the previously underestimated ocean microbial diversity, and allow mining novel microbial lineages and gene resources. [1] A broad spectrum of metagenomic and single cell sequencing techniques have become popular for dissecting environmental microbial diversity, leading to the characterization of thousands of novel microbial lineages. [2]우리의 데이터는 이전에 과소 평가된 해양 미생물 다양성을 강조하고 새로운 미생물 계통과 유전자 자원을 채굴할 수 있도록 합니다. [1] 광범위한 메타게놈 및 단일 세포 시퀀싱 기술이 환경 미생물 다양성을 해부하는 데 대중화되어 수천 개의 새로운 미생물 계통의 특성을 규명하게 되었습니다. [2]
Gut Microbial Lineages 장내 미생물 계통
The gut microbiotas of wild NHPs reflect their hosts' phylogenetic histories and are compositionally distinct from those of humans, but in captivity the endogenous gut microbial lineages of NHPs can be lost or replaced by lineages found in humans. [1] The gut microbiotas of wild NHPs reflect their hosts’ phylogenetic histories and are compositionally distinct from those of humans, but in captivity the endogenous gut microbial lineages of NHPs can be lost or replaced by lineages found in humans. [2]야생 NHP의 장내 미생물군은 숙주의 계통 발생 역사를 반영하고 인간의 것과 구성적으로 구별되지만, 포로 상태에서는 NHP의 내인성 장내 미생물 계통이 손실되거나 인간에서 발견되는 계통으로 대체될 수 있습니다. [1] 야생 NHP의 장내 미생물군은 숙주의 계통 발생 역사를 반영하고 인간의 것과 구성적으로 구별되지만, 포로 상태에서는 NHP의 내인성 장내 미생물 계통이 손실되거나 인간에서 발견되는 계통으로 대체될 수 있습니다. [2]