Intergenic Spacers(유전자간 스페이서)란 무엇입니까?
Intergenic Spacers 유전자간 스페이서 - In human cells, the intergenic spacers (IGS), which separate ribosomal genes, are complex approximately 30 kb-long loci. [1] In addition, intergenic spacers of 167 bp were also present. [2] Together with two other Portiera genomes from whitefly species available previously, four Portiera genomes were utilized to investigate regulatory capacities of Portiera, focusing on transcriptional elements, including genes related with transcription and functional elements within the intergenic spacers. [3] The conserved and non-conserved features such as the total length, the order, location and lengths of individual protein coding genes and RNA genes, the start/stop codons of PCGs and the anticodons of tRNA genes, the presence/absence of intergenic spacers or overlapping regions are described. [4] Shared DNA analysis among Fabaceae mitogenomes demonstrated a substantial decay of intergenic spacers and provided further insight into HGT between the mimosoid clade of Caesalpinioideae and the holoparasitic Lophophytum (Balanophoraceae). [5] With the objective to evidence the relation between apomixes and polyembryony, were used sequences of internal transcribed spacers (ITS), and intergenic spacers (IGS) and amplification of simple repeated sequences (SSR). [6] cp genomes showed a high degree of sequence similarity in the coding regions and a relatively high divergence of the intergenic spacers. [7] Comparative analysis revealed 12 highly divergent regions in the intergenic spacers, as well as coding genes of matK, ndhK, accD, cemA, rpoA, rps19, ndhF, ccsA, ndhD and ycf1. [8] The pattern was largely caused by hierarchical loss of introns and/or shortening of intergenic spacers. [9] sacra revealed significant sequence resemblance and comparatively highest deviation in intergenic spacers. [10] The small subunit ribosomal DNA (SSU rDNA), internal transcribed spacer (ITS) and intergenic spacers (IGS) of ribosomal RNA (rRNA) were cloned from the strain and sequenced. [11] DNA sequences included plastid genes (rbcL, rpoC1 and rps4), intergenic spacers (rps4-trnS, trnHpsbA and trnG-trnR) and a nuclear gene (pgiC). [12] Intergenic spacers (IGS) in the chloroplast genome have been shown to yield substantial variability and were successfully used in phylogenetic study in diverse plants. [13] Sequences of two chloroplast DNA (cpDNA) intergenic spacers (trnH-psbA and rpoB-trnC) and a nuclear ribosomal region (nrDNA, ITS) were generated from 27 populations of Panzerina lanata and resulted in the identification of seven chloroplast haplotypes and thirty-two nuclear haplotypes. [14] Sequences of two chloroplast DNA (cpDNA) intergenic spacers (trnH-psbA and rpoB-trnC) and a nuclear ribosomal region (nrDNA, ITS) were generated from 27 populations of Panzerina lanata and resulted in the identification of seven chloroplast haplotypes and thirty-two nuclear haplotypes. [15] rDNA repeat units consist of rRNA gene clusters that are transcribed into single pre-rRNA molecules, each separated by intergenic spacers (IGS) that contain regulatory elements for rRNA gene cluster transcription. [16] mombin showed rearrangements, mediated by repetitive DNA; (3) that gene content in Spondias mitogenomes is highly conserved; and (4) the high incorporation DNA from chloroplast genome, (5) the mitogenome size is due intergenic spacers and (6) the non-tandem repeats contributes for giant intergenic spacers. [17] ResultsLiverwort mt genomes range in size from 147 Kb in Jungermanniales (clade B) to 185 Kb in Marchantiopsida, mainly due to the size variation of intergenic spacers and number of introns. [18] mombin showed rearrangements, mediated by repetitive DNA; (3) that gene content in Spondias mitogenomes is highly conserved; and (4) the high incorporation DNA from chloroplast genome, (5) the mitogenome size is due intergenic spacers and (6) the non-tandem repeats contributes for giant intergenic spacers. [19] Slightly higher divergence in the intergenic spacers was identified through comparative genomic analyses. [20]인간 세포에서 리보솜 유전자를 분리하는 유전자간 스페이서(IGS)는 약 30kb 길이의 유전자좌로 복잡합니다. [1] 또한 167bp의 유전자간 스페이서도 존재했습니다. [2] 이전에 사용 가능한 가루이 종의 다른 2개의 Portiera 게놈과 함께 4개의 Portiera 게놈을 사용하여 유전자간 스페이서 내의 전사 및 기능 요소와 관련된 유전자를 비롯한 전사 요소에 초점을 맞춘 Portiera의 조절 능력을 조사했습니다. [3] 개별 단백질 코딩 유전자 및 RNA 유전자의 전체 길이, 순서, 위치 및 길이, PCG의 시작/종료 코돈 및 tRNA 유전자의 안티코돈, 유전자간 스페이서의 존재/부재와 같은 보존 및 비보존 특징 또는 겹치는 영역에 대해 설명합니다. [4] Fabaceae mitogenomes 간의 공유 DNA 분석은 intergenic spacer의 실질적인 붕괴를 보여주었고 Caesalpinioideae의 mimosoid clade와 holoparasitic Lophophytum(Balanophoraceae) 사이의 HGT에 대한 추가 통찰력을 제공했습니다. [5] 아포믹스와 다태아 사이의 관계를 입증하기 위한 목적으로 내부 전사된 스페이서(ITS) 및 유전자간 스페이서(IGS)의 서열과 단순 반복 서열(SSR)의 증폭이 사용되었습니다. [6] cp 게놈은 코딩 영역에서 높은 정도의 서열 유사성과 유전자간 스페이서의 비교적 높은 발산을 보였다. [7] 비교 분석은 matK, ndhK, accD, cemA, rpoA, rps19, ndhF, ccsA, ndhD 및 ycf1의 코딩 유전자 뿐만 아니라 유전자간 스페이서에서 12개의 고도로 분기된 영역을 밝혀냈습니다. [8] 패턴은 주로 인트론의 계층적 손실 및/또는 유전자간 스페이서의 단축으로 인해 발생했습니다. [9] sacra는 유전자간 스페이서에서 상당한 서열 유사성과 비교적 높은 편차를 나타냈다. [10] 작은 소단위 리보솜 DNA(SSU rDNA), 내부 전사 스페이서(ITS) 및 리보솜 RNA(rRNA)의 유전자간 스페이서(IGS)를 균주로부터 클로닝하고 시퀀싱했습니다. [11] DNA 서열에는 색소체 유전자(rbcL, rpoC1 및 rps4), 유전자간 스페이서(rps4-trnS, trnHpsbA 및 trnG-trnR) 및 핵 유전자(pgiC)가 포함되었습니다. [12] 엽록체 게놈의 유전자간 스페이서(IGS)는 상당한 변동성을 나타내는 것으로 나타났으며 다양한 식물의 계통 발생 연구에 성공적으로 사용되었습니다. [13] Panzerina lanata의 27개 개체군에서 2개의 엽록체 DNA(cpDNA) 유전자간 스페이서(trnH-psbA 및 rpoB-trnC) 및 핵 리보솜 영역(nrDNA, ITS)의 서열을 생성하여 7개의 엽록체 일배체형과 32개의 엽록체 일배체형을 식별했습니다. 핵 일배체형. [14] Panzerina lanata의 27개 개체군에서 2개의 엽록체 DNA(cpDNA) 유전자간 스페이서(trnH-psbA 및 rpoB-trnC) 및 핵 리보솜 영역(nrDNA, ITS)의 서열을 생성하여 7개의 엽록체 일배체형과 32개의 엽록체 일배체형을 식별했습니다. 핵 일배체형. [15] rDNA 반복 단위는 단일 pre-rRNA 분자로 전사되는 rRNA 유전자 클러스터로 구성되며, 각각은 rRNA 유전자 클러스터 전사를 위한 조절 요소를 포함하는 유전자간 스페이서(IGS)에 의해 분리됩니다. [16] 몸빈은 반복적인 DNA에 의해 매개되는 재배열을 보였다; (3) Spondias mitogenomes의 유전자 함량은 고도로 보존되어 있습니다. 및 (4) 엽록체 게놈의 높은 혼입 DNA, (5) 미토게놈 크기는 유전자간 스페이서로 인한 것이고, (6) 비-탠덤 반복은 거대한 유전자간 스페이서에 기여합니다. [17] 결과Liverwort mt 게놈의 크기는 Jungermanniales(clade B)의 147Kb에서 Marchantiopsida의 185Kb까지 다양하며, 주로 유전자간 스페이서와 인트론 수의 크기 변화에 기인합니다. [18] 몸빈은 반복적인 DNA에 의해 매개되는 재배열을 보였다; (3) Spondias mitogenomes의 유전자 함량은 고도로 보존되어 있습니다. 및 (4) 엽록체 게놈의 높은 혼입 DNA, (5) 미토게놈 크기는 유전자간 스페이서로 인한 것이고, (6) 비-탠덤 반복은 거대한 유전자간 스페이서에 기여합니다. [19] 유전자간 스페이서에서 약간 더 높은 발산은 비교 게놈 분석을 통해 확인되었습니다. [20]
Three Intergenic Spacers 3개의 유전자간 스페이서
Further, the phylogenetic analysis was conducted based on the sequences of OmpA and gltAgenes and three intergenic spacers (mppA, dksA and rpmE) of Rickettsia species. [1] Three intergenic spacers (atpB-rbcL, trnL-trnF and rps16-trnQ) of chloroplast DNA (cpDNA) considered as candidate DNA barcode markers were used on a total of 42 Tunisian apricot accessions to assess the genetic diversity and phylogenetic structure. [2] This includes a DNA phylogenetic tree based on nuclear ribosomal ITS, and a plastid DNA phylogeny based on three intergenic spacers (trnS‐trnG, ndhF‐rpl32, and trnQ‐rps16). [3]또한, Rickettsia 종의 OmpA 및 gltAgenes 및 3개의 유전자간 스페이서(mppA, dksA 및 rpmE)의 서열을 기반으로 계통발생학적 분석을 수행하였다. [1] 후보 DNA 바코드 마커로 간주되는 엽록체 DNA(cpDNA)의 3가지 유전자간 스페이서(atpB-rbcL, trnL-trnF 및 rps16-trnQ)를 총 42개의 튀니지 살구 등록에 사용하여 유전적 다양성과 계통 발생 구조를 평가했습니다. [2] 여기에는 핵 리보솜 ITS를 기반으로 하는 DNA 계통수와 3개의 유전자간 스페이서(trnS-trnG, ndhF-rpl32 및 trnQ-rps16)를 기반으로 하는 색소체 DNA 계통 발생이 포함됩니다. [3]
Chloroplast Intergenic Spacers 엽록체 유전자간 스페이서
To address these problems, sequences of the ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) region of 418 individuals and chloroplast intergenic spacers sequences (psbA‐trnH, trnL‐trnF) of 497 individuals, representing 116 species from all sections of the genus and nearly its entire distribution area were analyzed. [1] The identification of the collected duckweed species was determined by DNA barcoding using primers specific for chloroplast intergenic spacers atpF - atpH (ATP) and psbK - psbL (PSB). [2] Chloroplast intergenic spacers (trnF-trnL and psbC-trnS) were used to infer the hybridization direction. [3]이러한 문제를 해결하기 위해 418개 개체의 리보솜 DNA 내부 전사 스페이서(ITS) 영역의 서열과 497개 개체의 엽록체 유전자간 스페이서 서열(psbA-trnH, trnL-trnF)은 속의 모든 섹션에서 116종을 대표하며 거의 그 전체 분포 지역을 분석했습니다. [1] 수집된 오리풀 종의 식별은 엽록체 유전자간 스페이서 atpF - atpH(ATP) 및 psbK - psbL(PSB)에 특이적인 프라이머를 사용하여 DNA 바코딩에 의해 결정되었습니다. [2] 엽록체 유전자간 스페이서(trnF-trnL 및 psbC-trnS)를 사용하여 하이브리드화 방향을 추론했습니다. [3]
Long Intergenic Spacers 긴 인터제닉 스페이서
In human cells, ribosomal genes are interspersed by 30 kb long intergenic spacers (IGS)� Recently it has been found that all, or almost all, parts of IGS may be transcribed, and at least some of them play important role in the regulation of rDNA transcription, maintenance of nucleolar architecture and reaction of the cell nucleus to the stress� But, since each cell contains hundreds not quite identical copies of IGS, the structure and functions of this locus remain poorly understood, dynamics of its products has not been studied specially� In this study we used qPCR to measure expression levels of various ribosomal and spacer regions at different times after inhibition of the transcription by ActD� This approach allowed us to measure real or extrapolated halflife times of some IGS loci� Our study reveals characteristic dynamic patterns suggestive of various pathways of RNA utilization and decay�. [1] The most remarkable characteristics are the presence of long intergenic spacers, a quadripartite structure with short inverted repeated sequences (IRs), and the loss of the rps4 gene. [2]인간 세포에서 리보솜 유전자는 30kb 길이의 유전자간 스페이서(IGS)에 의해 산재되어 있습니다. 최근에 IGS의 전체 또는 거의 모든 부분이 전사될 수 있고 적어도 일부는 의 조절에 중요한 역할을 한다는 것이 밝혀졌습니다. rDNA 전사, 핵 구조의 유지 및 스트레스에 대한 세포핵의 반응 특히 이 연구에서 우리는 qPCR을 사용하여 ActD에 의한 전사 억제 후 다양한 시간에 다양한 리보솜 및 스페이서 영역의 발현 수준을 측정했습니다. 이 접근 방식을 통해 일부 IGS 유전자좌의 실제 또는 외삽 반감기 시간을 측정할 수 있었습니다. RNA 활용 및 붕괴의 다양한 경로를 암시하는 패턴. [1] 가장 두드러진 특징은 긴 유전자간 스페이서의 존재, 짧은 역반복 서열(IR)이 있는 사분자 구조, rps4 유전자의 손실입니다. [2]