Gene Circuits(유전자 회로)란 무엇입니까?
Gene Circuits 유전자 회로 - In this protocol, we describe how to model GRNs using a data-driven dynamic modeling methodology, gene circuits. [1] Thus, based on efficiency, accuracy, and ability to build minimal models, we propose MaxCal as a superior alternative to traditional approaches (DM, CGM) when inferring underlying details of gene circuits with feedback from limited data. [2] Thus, we conclude that gene ensemble noise represents a promising approach for the investigation of molecular mechanisms of pathology through a prism of alterations in the coherent expression of gene circuits. [3] p53 aptazyme and gene circuits were chemically synthesized. [4] Additionally, several promoters were confirmed constitutive expression in cell-free systems, which can be used as the primary transcription in the regulatory cascades for gene circuits, getting rid of the bacteriophage expression system. [5] Here, using computational simulations, we analyzed the evolution of gene circuits under natural selection and found that different strategies evolved to increase the gene expression stability near the optimum level. [6] The constraint and the suboptimality of the cellular response uncovered in this study provides a conceptual framework relevant for many research applications, from the prediction of evolution and adaptation to the improvement of gene circuits in biotechnology. [7] The Chemical Langevin Equation approach allows simple stochastic simulation of gene circuits under many practical situations where the number of molecules of the species involved is not extremely low. [8] Accordingly, we summarize the following growth-promoting strategies: (i) optimization of fermentation conditions; (ii) construction of gene circuits to alleviate feedback inhibition; (iii) recruitment of RNA polymerases to overexpress key enzymes which in turn boost cell growth and 3-HP production. [9] Gene circuits are generated by fusing promoter and reporter sequences encoding yellow fluorescent protein, mCherry, bacterial luciferase, and an anaerobically active flavin-based fluorescent protein. [10] Negative auto-regulation is a common feedback motif in the gene circuits. [11] Here, through the use of computer simulation, we analyzed adaptive evolution of gene circuits under stabilizing selection. [12] It may guide the design of gene circuits with desired expression levels and noise. [13] The dynamics of gene circuits were characterized by a trajectory through a multi-dimensional phase space parameterized by the expression levels of each of their constituent transcriptional units (TU). [14] Gene circuits, coupled differential equations that represent gene product synthesis with a switch-like function, provide a biologically realistic framework for modeling the time evolution of gene expression. [15] The complexity of the gene circuits being designed is increasing. [16] New technology has continuously inspired cell‐free biology and extended its applications, including gene circuits, spatiotemporally controlled pathways, coactivated catalysts systems, and rationally designed multienzyme pathways, in particular, minimal cell construction. [17] It may guide the design of gene circuits with desired expression levels and noise. [18]이 프로토콜에서는 데이터 기반 동적 모델링 방법론인 유전자 회로를 사용하여 GRN을 모델링하는 방법을 설명합니다. [1] 따라서 효율성, 정확성 및 최소 모델 구축 능력을 기반으로 제한된 데이터에서 피드백을 사용하여 유전자 회로의 기본 세부 사항을 추론할 때 기존 접근 방식(DM, CGM)에 대한 우수한 대안으로 MaxCal을 제안합니다. [2] 따라서, 우리는 유전자 앙상블 노이즈가 유전자 회로의 일관된 표현의 변경 프리즘을 통해 병리학의 분자 메커니즘 조사를 위한 유망한 접근 방식을 나타낸다고 결론지었습니다. [3] p53 압타자임과 유전자 회로를 화학적으로 합성하였다. [4] 또한, 여러 프로모터가 무세포 시스템에서 구성적 발현이 확인되었으며, 이는 박테리오파지 발현 시스템을 제거하는 유전자 회로에 대한 조절 캐스케이드에서 1차 전사로 사용될 수 있습니다. [5] 여기에서 컴퓨터 시뮬레이션을 사용하여 자연 선택 하에서 유전자 회로의 진화를 분석하고 최적 수준 근처에서 유전자 발현 안정성을 증가시키기 위해 다양한 전략이 진화했음을 발견했습니다. [6] 이 연구에서 밝혀진 세포 반응의 제약과 차선은 진화의 예측과 생명 공학의 유전자 회로 개선에 이르기까지 많은 연구 응용 분야와 관련된 개념적 틀을 제공합니다. [7] 화학 랑주뱅 방정식 접근 방식은 관련된 종의 분자 수가 극히 적지 않은 많은 실제 상황에서 유전자 회로의 간단한 확률론적 시뮬레이션을 허용합니다. [8] 따라서 다음과 같은 성장 촉진 전략을 요약합니다. (i) 발효 조건의 최적화; (ii) 피드백 억제를 완화하기 위한 유전자 회로의 구성; (iii) 차례로 세포 성장과 3-HP 생산을 촉진하는 핵심 효소를 과발현하기 위한 RNA 중합효소의 모집. [9] 유전자 회로는 황색 형광 단백질, mCherry, 박테리아 루시퍼라제 및 혐기성 활성 플라빈 기반 형광 단백질을 인코딩하는 프로모터 및 리포터 서열을 융합하여 생성됩니다. [10] 부정적인 자동 조절은 유전자 회로에서 일반적인 피드백 모티프입니다. [11] 여기에서 컴퓨터 시뮬레이션을 사용하여 안정화 선택에서 유전자 회로의 적응 진화를 분석했습니다. [12] 원하는 발현 수준과 노이즈로 유전자 회로 설계를 안내할 수 있습니다. [13] 유전자 회로의 역학은 각 구성 전사 단위(TU)의 발현 수준에 의해 매개변수화된 다차원 위상 공간을 통한 궤적을 특징으로 합니다. [14] 스위치와 같은 기능을 가진 유전자 산물 합성을 나타내는 결합된 미분 방정식인 유전자 회로는 유전자 발현의 시간 진화를 모델링하기 위한 생물학적으로 현실적인 프레임워크를 제공합니다. [15] 설계되는 유전자 회로의 복잡성이 증가하고 있습니다. [16] 새로운 기술은 지속적으로 무세포 생물학에 영감을 주며 유전자 회로, 시공간적으로 제어되는 경로, 동시 활성화된 촉매 시스템 및 합리적으로 설계된 다중효소 경로, 특히 최소 세포 구성을 포함하여 응용 프로그램을 확장했습니다. [17] 원하는 발현 수준과 노이즈로 유전자 회로 설계를 안내할 수 있습니다. [18]
Synthetic Gene Circuits 합성 유전자 회로
Particular attention is paid, throughout the whole paper, to their usage and performance into synthetic gene circuits. [1] However, it still remains a major challenge to maintain long-term performance of synthetic gene circuits, due to the emergence of mutants that lose circuit function. [2] The use of linear DNA templates in cell-free systems promises to accelerate the prototyping and engineering of synthetic gene circuits. [3] Such circuits can be used to direct the differentiation of pluripotent stem cells (PSCs) towards desired cell types, but rational design of synthetic gene circuits in PSCs is challenging due to the variable intracellular environment. [4] Many synthetic gene circuits are restricted to single-use applications or require iterative refinement for incorporation into complex systems. [5] Synthetic gene circuits are made of DNA sequences, referred to as transcription units, that communicate by exchanging proteins or RNA molecules. [6] Recent advances in nucleic acids engineering introduced several RNA-based regulatory components for synthetic gene circuits, expanding the toolsets to engineer organisms. [7] One area of interface between synthetic biology tools and therapeutics comprises synthetic gene circuits that ‘compute’ response in a programmable fashion using multiple biomolecular inputs. [8] In recent years, synthetic gene circuits for adding new cell features have become one of the most powerful tools in biological and pharmaceutical research and development. [9] When applied to metabolic engineering and synthetic gene circuits, 2 A peptides permit to achieve co-regulated and reliable expression of various genes in eukaryotic cells. [10] Researchers have co-opted glucose meters to detect infectious agents, including SARS-CoV-2, by pairing the devices with synthetic gene circuits that produce glucose in response to target analytes. [11] Mathematical models play an important role in the design of synthetic gene circuits, by guiding the choice of biological components and their assembly into novel gene networks. [12] Promoters are fundamental components of synthetic gene circuits. [13] Failure of modularity remains a significant challenge for assembling synthetic gene circuits with tested modules as they often do not function as expected. [14] By combining directed evolution and synthetic gene circuits, we developed a unique self-modulatory platform for the treatment of IBD and potentially other inflammation-driven pathologies. [15] Cells endowed with synthetic gene circuits can control the localization, timing and dosage of therapeutic activities in response to specific disease biomarkers and thus represent a powerful new weapon in the fight against disease. [16] Within mammalian systems, there exists enormous opportunity to use synthetic gene circuits to enhance phenotype-based drug discovery, to map the molecular origins of disease, and to validate therapeutics in complex cellular systems. [17] Mathematical models and synthetic gene circuits are powerful tools to develop novel treatments for patients with drug-resistant infections and cancers. [18] On this basis, we propose to rationally design the integration sites of synthetic gene circuits, use reporter genes for preliminary screening, and integrate synthetic gene circuits into promising sites for further experiments. [19] We introduce neuromorphic design for synthetic gene circuits by first defining the perceptgene, a perceptron that computes in the logarithmic domain, which enables efficient implementation of artificial neural networks in the cellular milieu. [20] By building a physical model of posttranscriptional regulation and observing in synthetic gene circuits, we demonstrated that accelerated degradation with elevated transcriptional activation of the miRNA target provides resistance to extrinsic fluctuations. [21] Recently, de novo-designed synthetic RNA regulators, such as the small transcriptional activating RNA (STAR), toehold switch (THS), and three-way junction (3WJ) repressor, have been utilized to construct RNA-based synthetic gene circuits in living cells. [22] Here, we developed a robust anti-CRISPR deep mutational scanning pipeline in Escherichia coli combining synthetic gene circuits based on CRISPR interference with flow cytometry-coupled sequencing and mathematical modeling. [23] These results provide a systematic and quantitative understanding of the function of miRNAs in controlling gene expression noise and the utilization of miRNAs to modulate the behavior of synthetic gene circuits. [24] Directed evolution has become an invaluable tool in protein engineering and has also greatly influenced the construction of synthetic gene circuits. [25] Following a synthetic small RNA knockdown screen of the capsular biosynthesis pathway, we constructed synthetic gene circuits that regulate bacterial encapsulation based on sensing the levels of environmental inducer, bacterial density, and blood pH. [26] Here, we developed a multiplexed real-time transcriptional imaging method based on two RNA stem-loop binding proteins, and employed it to analyze the temporal dynamics of synthetic gene circuits. [27] The platform reported in this study provides an innovative tool to control protein subcellular localization, which will be useful to investigate protein function and regulate large synthetic gene circuits. [28] Due to their analytic nature, our results provide explicit guidelines for the rational and optimal design of synthetic gene circuits and facilitate the analysis of organizing principles underlying natural systems. [29] Until now, this type of cooperativity has been lacking from synthetic gene circuits that rely on one-to-one interactions between transcription factors and promoters. [30] Our results demonstrate the promise of implementing synthetic gene circuits for tunable control of nanomaterials made by biological systems. [31] Cell-to-cell variability originating, for example, from the intrinsic stochasticity of gene expression, presents challenges for designing synthetic gene circuits that perform robustly. [32] Motivated by the need to tune the dynamics and improve the robustness of synthetic gene circuits, biological engineers have proposed various designs that mimic natural molecular feedback control mechanisms. [33] By combining recent advances in gene editing, synthetic biology, and tissue engineering, the potential exists to create new classes of “designer” cells that have prescribed cell‐surface molecules and receptors as well as synthetic gene circuits that provide for autoregulated drug delivery or enhanced tissue repair. [34] The most common mode of action in the field of synthetic biology is mediated by synthetic gene circuits assembled in a systematic and rational manner. [35] Gene expression control based on CRISPRi (clustered regularly interspaced short palindromic repeats interference) has emerged as a powerful tool for creating synthetic gene circuits, both in prokaryotes and in eukaryotes; yet, its lack of cooperativity has been pointed out as a potential obstacle for dynamic or multistable circuit construction. [36] We then designed synthetic gene circuits that used H2S as an autoinducer for quorum sensing. [37] Growth-mediated feedback between synthetic gene circuits and host organisms leads to various emerged behaviors, including innate growth bistability and increased ultrasensitivity. [38] Using this system, we rapidly screened tumor-targeting bacteria engineered to deliver a library of anticancer molecules via synthetic gene circuits. [39] Because of this complete loss of function, frame-shifted genes have never been used in constructing synthetic gene circuits. [40] Synthetic gene circuits perturb the physiology of their cellular host. [41] With the development of synthetic biology, synthetic gene circuits have shown great applied potential in medicine, biology, and as commodity chemicals. [42] The comprehensive understanding and modeling of miRNA biogenesis and function have been applied to the design of synthetic gene circuits. [43] Synthetic Biology Making synthetic gene circuits in bacteria is one thing, but making them stable under selective pressure with high mutation rates is another. [44] Synthetic gene circuits emerge from iterative design-build-test cycles. [45] Cooperativity in synthetic gene circuits Synthetic biologists would like to be able to make gene regulatory circuits that mimic key properties of eukaryotic gene regulation. [46] Mammalian synthetic gene circuits are promising tools for both biological studies and therapeutic applications. [47] Synthetic gene circuits emerge from iterative design-build-test cycles. [48] Unfortunately, multiple factors hinder such modular design, thus the scalability of rationally engineering synthetic gene circuits. [49] Here, we develop positive and negative feedback-based synthetic gene circuits to decouple noise from the mean for Puromycin resistance gene expression in Chinese Hamster Ovary cells. [50]전체 논문에서 합성 유전자 회로에서의 사용과 성능에 특별한 주의를 기울입니다. [1] 그러나 회로 기능을 상실하는 돌연변이의 출현으로 인해 합성 유전자 회로의 장기간 성능을 유지하는 것은 여전히 주요 과제로 남아 있습니다. [2] 무세포 시스템에서 선형 DNA 템플릿을 사용하면 합성 유전자 회로의 프로토타이핑 및 엔지니어링을 가속화할 수 있습니다. [3] 이러한 회로는 원하는 세포 유형으로 만능 줄기 세포(PSC)의 분화를 지시하는 데 사용할 수 있지만 PSC에서 합성 유전자 회로의 합리적인 설계는 다양한 세포 내 환경으로 인해 어렵습니다. [4] 많은 합성 유전자 회로는 일회용으로 제한되거나 복잡한 시스템에 통합하기 위해 반복적인 개선이 필요합니다. [5] 합성 유전자 회로는 단백질 또는 RNA 분자를 교환하여 통신하는 전사 단위라고 하는 DNA 서열로 구성됩니다. [6] 핵산 공학의 최근 발전으로 인해 합성 유전자 회로에 대한 여러 RNA 기반 조절 구성 요소가 도입되어 도구 세트가 유기체를 공학적으로 확장되었습니다. [7] 합성 생물학 도구와 치료제 간의 인터페이스 중 하나는 다중 생체 분자 입력을 사용하여 프로그래밍 가능한 방식으로 반응을 '계산'하는 합성 유전자 회로로 구성됩니다. [8] 최근 몇 년 동안 새로운 세포 기능을 추가하기 위한 합성 유전자 회로는 생물학 및 제약 연구 및 개발에서 가장 강력한 도구 중 하나가 되었습니다. [9] 대사 공학 및 합성 유전자 회로에 적용될 때, 2A 펩타이드는 진핵 세포에서 다양한 유전자의 공동 조절되고 신뢰할 수 있는 발현을 달성할 수 있습니다. [10] 연구원들은 목표 분석물에 반응하여 포도당을 생성하는 합성 유전자 회로와 장치를 짝지음으로써 SARS-CoV-2를 포함한 감염원을 감지하기 위해 포도당 측정기를 선택했습니다. [11] 수학적 모델은 생물학적 구성 요소의 선택과 새로운 유전자 네트워크로의 조립을 안내함으로써 합성 유전자 회로의 설계에서 중요한 역할을 합니다. [12] 프로모터는 합성 유전자 회로의 기본 구성 요소입니다. [13] 모듈화의 실패는 종종 예상대로 기능하지 않기 때문에 테스트된 모듈로 합성 유전자 회로를 조립하는 데 중요한 과제로 남아 있습니다. [14] 유도 진화와 합성 유전자 회로를 결합하여 IBD 및 잠재적으로 다른 염증 유발 병리의 치료를 위한 고유한 자가 조절 플랫폼을 개발했습니다. [15] 합성 유전자 회로가 부여된 세포는 특정 질병 바이오마커에 대한 반응으로 치료 활동의 국소화, 시기 및 투여량을 제어할 수 있으므로 질병과의 싸움에서 강력한 새 무기가 됩니다. [16] 포유류 시스템 내에서 합성 유전자 회로를 사용하여 표현형 기반 약물 발견을 강화하고, 질병의 분자 기원을 매핑하고, 복잡한 세포 시스템에서 치료제를 검증할 수 있는 엄청난 기회가 있습니다. [17] 수학적 모델과 합성 유전자 회로는 약물 내성 감염 및 암 환자를 위한 새로운 치료법을 개발하는 강력한 도구입니다. [18] 이를 기반으로 합성 유전자 회로의 통합 부위를 합리적으로 설계하고 예비 스크리닝을 위해 리포터 유전자를 사용하며 추가 실험을 위해 합성 유전자 회로를 유망한 부위에 통합할 것을 제안합니다. [19] 우리는 먼저 대수 영역에서 계산하는 퍼셉트론인 perceptgene을 정의하여 합성 유전자 회로를 위한 뉴로모픽 디자인을 도입하여 세포 환경에서 인공 신경망을 효율적으로 구현할 수 있습니다. [20] 전사 후 조절의 물리적 모델을 구축하고 합성 유전자 회로에서 관찰함으로써, 우리는 miRNA 표적의 상승된 전사 활성화로 가속화된 분해가 외부 변동에 대한 내성을 제공한다는 것을 입증했습니다. [21] 최근에 STAR(Small transcriptional activated RNA), THS(toehold switch) 및 3WJ(three-way junction) 리프레서와 같은 de novo 설계 합성 RNA 조절기가 생체 내에서 RNA 기반 합성 유전자 회로를 구성하는 데 활용되었습니다. 세포. [22] nan [23] nan [24] nan [25] nan [26] nan [27] nan [28] nan [29] 지금까지 이러한 유형의 협동성은 전사 인자와 프로모터 간의 일대일 상호작용에 의존하는 합성 유전자 회로에서 부족했습니다. [30] 우리의 결과는 생물학적 시스템에 의해 만들어진 나노 물질의 조정 가능한 제어를 위한 합성 유전자 회로의 구현 가능성을 보여줍니다. [31] 예를 들어, 유전자 발현의 고유한 확률에서 비롯된 세포 간 가변성은 강력하게 수행되는 합성 유전자 회로를 설계하는 데 어려움을 제공합니다. [32] 역학을 조정하고 합성 유전자 회로의 견고성을 개선해야 할 필요성에 동기를 부여받은 생물학 엔지니어는 자연적인 분자 피드백 제어 메커니즘을 모방하는 다양한 디자인을 제안했습니다. [33] 유전자 편집, 합성 생물학, 조직 공학의 최근 발전을 결합함으로써 세포 표면 분자와 수용체를 규정하는 새로운 부류의 "설계자" 세포와 자동 조절 약물 전달을 제공하는 합성 유전자 회로를 만들 가능성이 있습니다. 조직 수리. [34] 합성 생물학 분야에서 가장 일반적인 작용 방식은 체계적이고 합리적인 방식으로 조립된 합성 유전자 회로에 의해 매개됩니다. [35] CRISPRi(clustered regular interspaced short palindromic repeats interference)에 기반한 유전자 발현 제어는 원핵생물과 진핵생물 모두에서 합성 유전자 회로를 생성하기 위한 강력한 도구로 부상했습니다. 그러나 협동성 부족이 동적 또는 다중안정 회로 구성에 대한 잠재적인 장애물로 지적되었습니다. [36] 그런 다음 쿼럼 감지를 위한 자동 유도기로 H2S를 사용하는 합성 유전자 회로를 설계했습니다. [37] 합성 유전자 회로와 숙주 유기체 사이의 성장 매개 피드백은 타고난 성장 쌍성 및 증가된 초민감성을 포함하여 다양한 출현 행동을 유도합니다. [38] 이 시스템을 사용하여 합성 유전자 회로를 통해 항암 분자 라이브러리를 전달하도록 설계된 종양 표적 박테리아를 신속하게 스크리닝했습니다. [39] 이 완전한 기능 상실로 인해 프레임 이동 유전자는 합성 유전자 회로를 구성하는 데 사용된 적이 없습니다. [40] 합성 유전자 회로는 세포 숙주의 생리를 교란시킵니다. [41] 합성 생물학의 발전과 함께 합성 유전자 회로는 의학, 생물학 및 일반 화학 분야에서 큰 응용 가능성을 보여주었습니다. [42] miRNA 생합성 및 기능에 대한 포괄적인 이해와 모델링이 합성 유전자 회로 설계에 적용되었습니다. [43] 합성생물학 박테리아에서 합성 유전자 회로를 만드는 것과 돌연변이율이 높은 선택적 압력에서 안정적으로 만드는 것은 다른 문제입니다. [44] 합성 유전자 회로는 반복적인 설계-구축-테스트 주기에서 나타납니다. [45] 합성 유전자 회로에서의 협동성 합성 생물학자들은 진핵생물 유전자 조절의 주요 특성을 모방하는 유전자 조절 회로를 만들 수 있기를 원합니다. [46] 포유류 합성 유전자 회로는 생물학적 연구와 치료 응용 모두를 위한 유망한 도구입니다. [47] 합성 유전자 회로는 반복적인 설계-구축-테스트 주기에서 나타납니다. [48] nan [49] nan [50]
Complex Gene Circuits
These interactions are often integral to complex gene circuits which coordinate critical bacterial processes. [1] In recent years, synthetic biology has rapidly advanced from the setup of basic genetic devices to the design of increasingly complex gene circuits able to provide organisms with novel functions. [2] The lack of modularity in synthetic biology presents one of the major bottlenecks in the scalability of complex gene circuits. [3] On the basis of genetic engineering, synthetic gene switches can be interconnected to construct complex gene circuits, capable of sensing and integrating diverse input signals for precise spatiotemporal control of target gene expression in living cells. [4]이러한 상호 작용은 종종 중요한 박테리아 과정을 조정하는 복잡한 유전자 회로에 필수적입니다. [1] 최근 몇 년 동안 합성 생물학은 기본 유전 장치의 설정에서 유기체에 새로운 기능을 제공할 수 있는 점점 더 복잡한 유전자 회로의 설계로 빠르게 발전했습니다. [2] 합성 생물학의 모듈성 부족은 복잡한 유전자 회로의 확장성에서 주요 병목 현상 중 하나입니다. [3] 유전 공학을 기반으로 합성 유전자 스위치를 상호 연결하여 살아있는 세포에서 표적 유전자 발현의 정확한 시공간 제어를 위한 다양한 입력 신호를 감지하고 통합할 수 있는 복잡한 유전자 회로를 구성할 수 있습니다. [4]
Engineered Gene Circuits
Computational modeling of engineered gene circuits is an important while challenged task in systems biology. [1] Relatedly, biosensors that transduce measured input signals into outputs that influence the host system are key components of engineered gene circuits for synthetic biology applications. [2] Relatedly, biosensors that transduce measured input signals into outputs that influence the host system are key components of engineered gene circuits for synthetic biology applications. [3] This new class of IAADR transcription factors will facilitate the expansion of the computational capacity of engineered gene circuits, via the scalable increase in the control over the number of gene outputs by way of the expansion of the number of unique transcription factors (or systems of transcription factors) that can simultaneously regulate one or more promoter(s). [4]조작된 유전자 회로의 전산 모델링은 시스템 생물학에서 중요하지만 도전 과제입니다. [1] 이와 관련하여 측정된 입력 신호를 호스트 시스템에 영향을 미치는 출력으로 변환하는 바이오센서는 합성 생물학 응용 프로그램을 위한 엔지니어링된 유전자 회로의 핵심 구성 요소입니다. [2] 이와 관련하여 측정된 입력 신호를 호스트 시스템에 영향을 미치는 출력으로 변환하는 바이오센서는 합성 생물학 응용 프로그램을 위한 엔지니어링된 유전자 회로의 핵심 구성 요소입니다. [3] nan [4]
Inducible Gene Circuits
Small molecule or light-inducible gene circuits in Escherichia coli enable asymmetric cell pole localization of diguanylate phosphodiesterase and facilitate asymmetric cell division regulated by c-di-GMP-responsive transcription factors. [1] These well-characterized and modularized aspirin-inducible gene circuits would be useful biobricks for synthetic biology. [2] These well-characterised and modularised aspirin-inducible gene circuits would be useful biobricks to synthetic bology. [3]대장균의 소분자 또는 광유도성 유전자 회로는 디구아닐산 포스포디에스테라제의 비대칭 세포 극 국소화를 가능하게 하고 c-di-GMP 반응성 전사 인자에 의해 조절되는 비대칭 세포 분열을 촉진합니다. [1] 이러한 잘 특성화되고 모듈화된 아스피린 유도 유전자 회로는 합성 생물학에 유용한 바이오브릭이 될 것입니다. [2] 이러한 잘 특성화되고 모듈화된 아스피린 유도 유전자 회로는 합성 생물학에 유용한 바이오브릭이 될 것입니다. [3]
Designed Gene Circuits
In this work, we engineered a set of NO-responsive biosensors based on the PnorV promoter and its NorR regulator in the norRVW operon; the circuits were characterized and optimized in probiotic Escherichia coli Nissle 1917 and mini SimCells (minicells containing designed gene circuits for specific tasks). [1] These observations have implications for the stability of designed gene circuits in synthetic biology. [2]이 작업에서 우리는 norRVW 오페론에서 PnorV 프로모터와 NorR 조절자를 기반으로 하는 NO 반응성 바이오센서 세트를 설계했습니다. 회로는 probiotic Escherichia coli Nissle 1917 및 mini SimCells(특정 작업을 위해 설계된 유전자 회로를 포함하는 미니세포)에서 특성화되고 최적화되었습니다. [1] 이러한 관찰은 합성 생물학에서 설계된 유전자 회로의 안정성에 영향을 미칩니다. [2]
Small Gene Circuits
We use a computational screen to identify network properties that influence boundary precision, revealing two dynamical mechanisms by which small gene circuits attenuate the effect of noise in order to increase patterning precision. [1] We use a computational screen to identify network properties that influence boundary precision, revealing two dynamical mechanisms by which small gene circuits attenuate the effect of noise in order to increase patterning precision. [2]우리는 계산 화면을 사용하여 경계 정밀도에 영향을 미치는 네트워크 속성을 식별하여 패터닝 정밀도를 높이기 위해 작은 유전자 회로가 노이즈의 영향을 감쇠시키는 두 가지 동적 메커니즘을 보여줍니다. [1] 우리는 계산 화면을 사용하여 경계 정밀도에 영향을 미치는 네트워크 속성을 식별하여 패터닝 정밀도를 높이기 위해 작은 유전자 회로가 노이즈의 영향을 감쇠시키는 두 가지 동적 메커니즘을 보여줍니다. [2]
Feedback Gene Circuits
The droplets contained cell-free two-node feedback gene circuits that responded to gradients of a genetic inducer acting as a morphogen. [1] Here, we engineer optogenetic negative-feedback gene circuits in mammalian cells to achieve noise-reduction for precise gene expression control. [2]nan [1] 여기에서 우리는 정확한 유전자 발현 제어를 위해 소음 감소를 달성하기 위해 포유동물 세포에서 광유전학적 음성 피드백 유전자 회로를 설계합니다. [2]
Different Gene Circuits
As different gene circuits might require exclusively different mathematical representations in the form of ordinary differential equations to capture their transient dynamic behaviors, a recurring challenge in model development is the selection of the appropriate model. [1] This demonstrates the importance of the temporal order for different gene circuits switching on or off during metastatic progression of cancer cells and underlines the cascading regulation of metastasis through an abnormal metabolic intermediate state. [2]다른 유전자 회로는 일시적인 동적 동작을 포착하기 위해 상미분 방정식의 형태로 독점적으로 다른 수학적 표현을 요구할 수 있으므로 모델 개발에서 반복되는 문제는 적절한 모델을 선택하는 것입니다. [1] 이것은 암세포의 전이 진행 동안 켜거나 끄는 다른 유전자 회로에 대한 시간적 순서의 중요성을 보여주고 비정상적인 대사 중간 상태를 통한 전이의 계단식 조절을 강조합니다. [2]
From Gene Circuits
The second EMBO-EMBL Symposium 'Synthetic Morphogenesis: From Gene Circuits to Tissue Architecture' was held virtually in March 2021, with participants from all over the world joining from the comfort of their sofas to discuss synthetic morphogenesis at large. [1] ABSTRACT The EMBO-EMBL Symposium ‘Synthetic Morphogenesis: From Gene Circuits to Tissue Architecture’ was held in Heidelberg, Germany, in March 2019, with 150 participants seeking to reverse-engineer embryogenesis, emphasizing quantitative simulation and the use of synthetic systems to test models. [2]두 번째 EMBO-EMBL 심포지엄 '합성 형태 형성: 유전자 회로에서 조직 구조까지'가 2021년 3월에 가상으로 개최되었으며, 전 세계의 참가자들이 소파에 편안하게 앉아 합성 형태 형성에 대해 전반적으로 논의했습니다. [1] nan [2]
Costly Gene Circuits
Evolution is often an obstacle to the engineering of stable biological systems due to the selection of mutations inactivating costly gene circuits. [1] Evolution is often an obstacle to the engineering of stable biological systems due to the selection of mutations inactivating costly gene circuits. [2]진화는 종종 값비싼 유전자 회로를 비활성화하는 돌연변이의 선택으로 인해 안정적인 생물학적 시스템의 엔지니어링에 장애물입니다. [1] nan [2]
gene circuits attenuate
We use a computational screen to identify network properties that influence boundary precision, revealing two dynamical mechanisms by which small gene circuits attenuate the effect of noise in order to increase patterning precision. [1] We use a computational screen to identify network properties that influence boundary precision, revealing two dynamical mechanisms by which small gene circuits attenuate the effect of noise in order to increase patterning precision. [2]우리는 계산 화면을 사용하여 경계 정밀도에 영향을 미치는 네트워크 속성을 식별하여 패터닝 정밀도를 높이기 위해 작은 유전자 회로가 노이즈의 영향을 감쇠시키는 두 가지 동적 메커니즘을 보여줍니다. [1] 우리는 계산 화면을 사용하여 경계 정밀도에 영향을 미치는 네트워크 속성을 식별하여 패터닝 정밀도를 높이기 위해 작은 유전자 회로가 노이즈의 영향을 감쇠시키는 두 가지 동적 메커니즘을 보여줍니다. [2]
gene circuits perturb
Synthetic gene circuits perturb the physiology of their cellular host. [1] Synthetic gene circuits perturb the physiology of their cellular host. [2]합성 유전자 회로는 세포 숙주의 생리를 교란시킵니다. [1] 합성 유전자 회로는 세포 숙주의 생리를 교란시킵니다. [2]
gene circuits emerge
Synthetic gene circuits emerge from iterative design-build-test cycles. [1] Synthetic gene circuits emerge from iterative design-build-test cycles. [2]합성 유전자 회로는 반복적인 설계-구축-테스트 주기에서 나타납니다. [1] 합성 유전자 회로는 반복적인 설계-구축-테스트 주기에서 나타납니다. [2]
gene circuits synthetic
Cooperativity in synthetic gene circuits Synthetic biologists would like to be able to make gene regulatory circuits that mimic key properties of eukaryotic gene regulation. [1] A distributed rock-paper-scissors network extends the lifetime of shared gene circuits Synthetic biologists aspire to reengineer the molecular basis of life to perform new-to-nature functions. [2]합성 유전자 회로에서의 협동성 합성 생물학자들은 진핵생물 유전자 조절의 주요 특성을 모방하는 유전자 조절 회로를 만들 수 있기를 원합니다. [1] 분산된 가위바위보 네트워크는 공유 유전자 회로의 수명을 연장합니다. 합성 생물학자들은 새로운 자연 기능을 수행하기 위해 생명의 분자 기반을 재설계하기를 열망합니다. [2]
gene circuits would
These well-characterized and modularized aspirin-inducible gene circuits would be useful biobricks for synthetic biology. [1] These well-characterised and modularised aspirin-inducible gene circuits would be useful biobricks to synthetic bology. [2]이러한 잘 특성화되고 모듈화된 아스피린 유도 유전자 회로는 합성 생물학에 유용한 바이오브릭이 될 것입니다. [1] 이러한 잘 특성화되고 모듈화된 아스피린 유도 유전자 회로는 합성 생물학에 유용한 바이오브릭이 될 것입니다. [2]