G4 Dna(G4 DNA)란 무엇입니까?
G4 Dna G4 DNA - We show that the investigated water-compatible optically pure metallohelices made by self-assembly of simple nonpeptidic organic components around Fe(II) ions, which exhibit bioactivity emulating the natural systems, bind with high affinity to G4 DNA and much lower affinity towards duplex DNA. [1] Tryptophan fluorescence analysis also showed that OsMre11-N protein binds to ssDNA, dsDNA and G4 DNA in a protein concentration dependant manner. [2] Molecular docking has become an essential tool in structure-based drug discovery for protein targets, and is also increasingly applied to G4 DNA. [3] DNA strands consisting of multiple runs of guanines can adopt a noncanonical, four-stranded DNA secondary structure known as G-quadruplex or G4 DNA. [4] Studies suggest that DNA can also exist in non-B forms, such as four stranded G-quadruplexes (G4 DNA). [5] Mutagenic replication of G4 DNA (±PDS) was partially rescued by wild-type and E466K hRev1. [6] In a whole, our work confirms the strong binding activity of a cluster dirhenium(III) compound towards G4 quadruplexes, that exceed the binding activity to proteins and witness to preferential interactions of I with G4 DNA in a living cell. [7] Surprisingly, a tetra‐substituted flexible core, compound 11, also exhibited selective stabilization of G4 DNA over duplex DNA. [8] The exosomes were captured by the HER2 aptamer region of MAB immobilized on the chip surface, which enabled the exposure of the G4 DNA that could form peroxidase-like G4-hemin. [9] This derivative in combination with Zn(II) has exhibited large fluorescence intensity enhancement and prominent red-shift in absorption spectra with G4 DNA. [10] CQ selectively binds with G4 DNA to recover its fluorescence via aggregation-disaggregation switching in living cells, while MeCQ remained in the aggregate form due to its poor interplay with G4 DNA. [11] Therefore, measuring the interaction between G4 DNA and cations in a free solution environment is critical for evaluating G4 DNA biological functions. [12] Here, we investigated if G4 DNA- and hairpin-forming motifs influence stationary-phase mutagenesis in Bacillus subtilis. [13] Moreover, we identified and characterized G4-forming sequences within the NEAT1 promoter and demonstrate stabilization of G4 DNA with a G4-stabilizing small molecule results in a significant alteration in both paraspeckle formation and NEAT1 expression. [14] This chapter describes the design and testing of peptide nucleic acid (PNA) oligomers, which can bind to G4 DNA or RNA in two distinct ways, leading to formation of heteroduplexes or heteroquadruplexes. [15] Graphical abstractSchematic presentation of a sandwich–type electrochemical aptasensor based on nitrogen doped graphene (NG), gold nanoparticles (AuNPs) and graphene quantum dots (GQDs) modified glassy carbon electrode, and the hemin–G4 DNAzyme for femtomolar detection of the carcinoembryonic antigen. [16] Herein, triphenylamine conjugated 4, 4-difluoro-4-bora-3a, 4a-diaza-s-indacene (BODIPY) compound (BPTPA) was synthesized, and the interaction of BPTPA with G4 DNA was studied. [17] We report here on the effect of substituting the TTA loop with a single T nucleotide for one, two, or three loops of telomeric DNA that allowed us to expand the conformational diversity of the G4 DNA. [18] This new octahedral complex also has the ability to template he formation of G4 DNA from the unfolded sequence. [19] We have investigated interaction of epirubicin and adriamycin with G4 DNA [d-AGGG(TTAGGG)3] comprising human telomeric DNA sequence by surface plasmon resonance, absorption, fluorescence, circular dichroism and thermal denaturation. [20] Here we build an electrochemiluminescence (ECL) sensing platform for circulating miRNAs utilizing AuNPs@G-quadruplex (G4) spherical nucleic acid enzyme (SNAzyme) as the nanocatalyst, which shows good stability, strong nuclease resistance, and improved catalytic performance toward luminol-H2O2 ECL system than the commonly used G4 DNAzyme. [21] A UV-vis, CD, and differential pulse voltammetric study was performed on the deactivation of the activity of parallel G-quadruplex/hemin DNAzymes (G4 DNAzymes) by Pb(II). [22] Here, we investigated the interaction between BLM RQC and the G4 DNA from the c-Myc promoter by NMR spectroscopy. [23] A G-quadruplex (G4) DNA dense layer is dynamically produced on the gold nanocore via a DNAzyme machine-driven hairpin cleaving, and capture the cofactor hemin to form the SNAzymes with higher peroxidase activity and stronger nuclease-resistance than the commonly used G4 DNAzymes. [24] CD spectroscopy evidenced the ability of CF3IIIPhe to interact with tel26 and c-myc, two quadruplex DNA (G4 DNA) models explored in this study. [25] Here we employed a computational approach to uncover mechanisms underlying cancer mutational burden by focusing upon relationships between 1) translocation breakpoints and the thousands of G4 DNA-forming sequences within retrotransposons impacting transcription and exemplifying probable non-B DNA structures and 2) transcriptome profiling and cancer mutations. [26] By fuelling the system with the photolabile ligand, the conformation of G4 DNA was switched five times. [27] We first construct a spherical nucleic acid enzyme (termed SNAzyme) derived from a dense layer of G-quadruplex (G4) DNAzyme formed on the gold nanoparticle core, which displays ∼100-fold and higher catalytic activity and improved resistance to nuclease degradation in a real blood sample as compared to those of the G4 DNAzyme itself. [28] The reason for the accelera-tion was attributed to Pb2+ binding of the G4 DNA and the catalytic activity of the large Pb2+ ion for this reaction. [29] The findings pave the way for drug designing in view of the possibility of altering substituent groups on anthracyclines to enhance efficacy using alternate mechanism of its interaction with G4 DNA, causing interference in telomere maintenance pathway by inducing telomere dysfunction. [30] G-quadruplex (G4) sequences are considered to play important roles in gene regulation, therefore the development of selective and sensitive probes for G4 DNAs is important for studying the functions of G-rich gene sequences, as well as designing of novel and effective anticancer drugs. [31]우리는 자연 시스템을 모방하는 생체 활성을 나타내는 Fe(II) 이온 주변의 단순한 비펩타이드성 유기 성분의 자가 조립에 의해 만들어진 조사된 물 상용성 광학적으로 순수한 금속 나선이 G4 DNA에 높은 친화도로 결합하고 이중 DNA에 대해 훨씬 낮은 친화도로 결합함을 보여줍니다. . [1] 트립토판 형광 분석은 또한 OsMre11-N 단백질이 단백질 농도 의존적 방식으로 ssDNA, dsDNA 및 G4 DNA에 결합함을 보여주었다. [2] 분자 도킹은 단백질 표적에 대한 구조 기반 약물 발견에 필수적인 도구가 되었으며 G4 DNA에도 점점 더 많이 적용되고 있습니다. [3] 여러 개의 구아닌으로 구성된 DNA 가닥은 G-quadruplex 또는 G4 DNA로 알려진 비정규, 4가닥 DNA 2차 구조를 채택할 수 있습니다. [4] 연구에 따르면 DNA는 4가닥의 G-사중체(G4 DNA)와 같이 B가 아닌 형태로도 존재할 수 있습니다. [5] G4 DNA(±PDS)의 돌연변이 복제는 야생형 및 E466K hRev1에 의해 부분적으로 구제되었습니다. [6] 전체적으로, 우리의 연구는 단백질에 대한 결합 활성을 초과하고 살아있는 세포에서 I와 G4 DNA의 우선적인 상호작용을 목격하는 G4 사중체에 대한 클러스터 디레늄(III) 화합물의 강력한 결합 활성을 확인합니다. [7] 놀랍게도, 4치환된 유연한 코어인 화합물 11도 이중체 DNA에 비해 G4 DNA의 선택적 안정화를 나타냈습니다. [8] 엑소좀은 칩 표면에 고정된 MAB의 HER2 앱타머 영역에 의해 포착되었으며, 이는 퍼옥시다제 유사 G4-헤민을 형성할 수 있는 G4 DNA의 노출을 가능하게 했습니다. [9] 이 유도체는 Zn(II)와 결합하여 큰 형광 강도 향상과 G4 DNA의 흡수 스펙트럼에서 현저한 적색 편이를 나타냅니다. [10] CQ는 G4 DNA와 선택적으로 결합하여 살아있는 세포에서 응집-분해 전환을 통해 형광을 회복하는 반면 MeCQ는 G4 DNA와의 상호 작용이 좋지 않아 응집체 형태로 남아 있습니다. [11] 따라서 자유 용액 환경에서 G4 DNA와 양이온 간의 상호 작용을 측정하는 것은 G4 DNA 생물학적 기능을 평가하는 데 중요합니다. [12] 여기에서 우리는 G4 DNA 및 헤어핀 형성 모티프가 Bacillus subtilis에서 정지상 돌연변이 유발에 영향을 미치는지 조사했습니다. [13] 더욱이, 우리는 NEAT1 프로모터 내에서 G4 형성 서열을 확인 및 특성화하고 G4 안정화 소분자로 G4 DNA의 안정화를 입증하여 반점 형성 및 NEAT1 발현 모두에 상당한 변경을 초래합니다. [14] 이 장에서는 두 가지 다른 방식으로 G4 DNA 또는 RNA에 결합하여 이종이중체 또는 이종사중체를 형성할 수 있는 펩티드 핵산(PNA) 올리고머의 설계 및 테스트에 대해 설명합니다. [15] 그래픽 추상화 질소 도핑된 그래핀(NG), 금 나노입자(AuNPs) 및 그래핀 양자점(GQD) 변형 유리 탄소 전극, 암배아 항원의 펨토몰 검출을 위한 헤민-G4 DNA자임을 기반으로 한 샌드위치형 전기화학 앱타센서의 개략도. [16] 여기서, 트리페닐아민 접합 4,4-디플루오로-4-보라-3a, 4a-디아자-s-인다센(BODIPY) 화합물(BPTPA)을 합성하고, BPTPA와 G4 DNA의 상호작용을 연구하였다. [17] 우리는 G4 DNA의 구조적 다양성을 확장할 수 있는 텔로머 DNA의 1개, 2개 또는 3개 루프에 대해 TTA 루프를 단일 T 뉴클레오티드로 대체한 효과에 대해 보고합니다. [18] 이 새로운 팔면체 복합체는 또한 전개되지 않은 서열로부터 G4 DNA 형성을 템플릿화하는 능력을 갖는다. [19] 우리는 표면 플라즈몬 공명, 흡수, 형광, 원형 이색성 및 열 변성에 의해 인간 텔로머 DNA 서열을 포함하는 G4 DNA [d-AGGG(TTAGGG)3]와 에피루비신 및 아드리아마이신의 상호 작용을 조사했습니다. [20] 여기에서 우리는 AuNPs@G-quadruplex(G4) 구형 핵산 효소(SNAzyme)를 나노촉매로 활용하여 miRNA를 순환하기 위한 전기화학발광(ECL) 감지 플랫폼을 구축합니다. 일반적으로 사용되는 G4 DNAzyme보다 ECL 시스템. [21] UV-vis, CD 및 차동 펄스 전압전류법 연구는 Pb(II)에 의한 병렬 G-사중체/헤민 DNA자임(G4 DNA자임)의 활성 비활성화에 대해 수행되었습니다. [22] 여기에서 우리는 NMR 분광법으로 BLM RQC와 c-Myc 프로모터의 G4 DNA 사이의 상호 작용을 조사했습니다. [23] G-quadruplex(G4) DNA 조밀한 층은 DNAzyme 기계 구동 헤어핀 절단을 통해 금 나노코어에 동적으로 생성되고 보조인자 헤민을 포획하여 일반적으로 사용되는 G4 DNA자임보다 더 높은 퍼옥시다제 활성 및 더 강한 뉴클레아제 내성을 갖는 SNAzyme을 형성합니다. . [24] CD 분광법은 CF3IIIPhe가 tel26 및 c-myc, 이 연구에서 탐구한 두 개의 사중체 DNA(G4 DNA) 모델과 상호작용하는 능력을 입증했습니다. [25] 여기에서 우리는 1) 전좌 중단점과 전사에 영향을 미치고 가능한 비 B DNA 구조 및 2) 전사체 프로파일링 및 암을 예시하는 레트로트랜스포존 내의 수천 개의 G4 DNA 형성 서열 사이의 관계에 초점을 맞추어 암 돌연변이 부담의 기본 메커니즘을 밝히기 위한 전산 접근 방식을 사용했습니다. 돌연변이. [26] 광불안정성 리간드로 시스템에 연료를 공급함으로써 G4 DNA의 구조가 5번 전환되었습니다. [27] 우리는 먼저 금 나노입자 코어에 형성된 G-quadruplex(G4) DNAzyme의 조밀한 층에서 파생된 구형 핵산 효소(SNAzyme이라고 함)를 구성합니다. G4 DNAzyme 자체의 혈액 샘플과 비교한 실제 혈액 샘플. [28] 가속의 이유는 G4 DNA의 Pb2+ 결합과 이 반응에 대한 큰 Pb2+ 이온의 촉매 활성에 기인합니다. [29] 이번 연구 결과는 G4 DNA와의 상호작용의 대체 메커니즘을 사용하여 효능을 향상시키기 위해 안트라사이클린의 치환기를 변경하여 텔로미어 기능 장애를 유도함으로써 텔로미어 유지 경로에 간섭을 일으킬 가능성을 고려하여 약물 설계의 길을 열어줍니다. [30] G-quadruplex(G4) 염기서열은 유전자 조절에 중요한 역할을 하는 것으로 간주되므로 G4 DNA에 대한 선택적이고 민감한 프로브의 개발은 G-rich 유전자 염기서열의 기능 연구 및 새롭고 효과적인 항암제의 설계에 중요합니다. 약제. [31]
Putative G4 Dna
Herein, we report that the Polycomb group protein BMI1 is enriched at heterochromatin regions containing putative G4 DNA sequences, and that G4 structures accumulate in cells with reduced BMI1 expression and/or relaxed chromatin, including sporadic Alzheimer’s disease (AD) neurons. [1] Deinococcus radiodurans, a Gram-positive bacterium known for its extraordinary radioresistance shows a genome wide occurrence of putative G4 DNA forming motifs in its GC rich genome. [2]여기에서 우리는 Polycomb 그룹 단백질 BMI1이 추정되는 G4 DNA 서열을 포함하는 이질염색질 영역에 풍부하고 G4 구조가 산발적인 알츠하이머병(AD) 뉴런을 포함하여 BMI1 발현 감소 및/또는 이완된 염색질을 갖는 세포에 축적된다고 보고합니다. [1] 탁월한 방사선 저항성으로 알려진 그람 양성 박테리아인 데이노코커스 라디오듀란스는 GC가 풍부한 게놈에서 추정되는 G4 DNA 형성 모티프가 게놈 전체에서 발생함을 보여줍니다. [2]
Telomere G4 Dna 텔로미어 G4 DNA
Here, we investigate the mechanisms of ligand binding to dynamically populated human telomere G4 DNA by using the bisquinolinium based ligand Phen‐DC3 and a combination of single‐molecule FRET microscopy, ensemble FRET and CD spectroscopies. [1] Here, we establish the kinetic framework for POT1-TPP1 binding and unfolding of telomere G4 DNA. [2]여기에서 우리는 비스퀴놀리늄 기반 리간드 Phen-DC3과 단일 분자 FRET 현미경, 앙상블 FRET 및 CD 분광법의 조합을 사용하여 동적으로 채워진 인간 텔로미어 G4 DNA에 리간드가 결합하는 메커니즘을 조사합니다. [1] 여기에서 우리는 텔로미어 G4 DNA의 POT1-TPP1 결합 및 전개를 위한 운동 프레임워크를 설정합니다. [2]
g4 dna structure G4 DNA 구조
Emerging evidence in recent years authenticated that G4 DNA structures exist both in cell-free and cellular systems, and function in different diseases, especially in various cancers, aging, neurological diseases, and have been considered novel promising targets for drug design. [1] However, functional details of how, when, and why G4 DNA structures form in vivo are largely missing leaving a knowledge gap that requires tailored chemical biology studies in relevant live-cell model systems. [2] We confirmed that Slx9 binds to G4 DNA structures in vitro. [3] The combined research on G4 structures has revealed that properly regulating G4 DNA structures in cells is important to prevent genome instability and disruption of normal cell function. [4] The synthesized probe selectively lights-up parallel G4 DNA structures via the disassembly of its supramolecular state, demonstrating outputs that are easily integrable into a label free molecular logic system. [5] G-quadruplexes with solvent-exposed guanine tetrads show the tendency to associate together through cofacial stacking, which may be important for packaging of G4-forming sequences and allows for the design of higher-order G4 DNA structures. [6] We find that Dpo4 progression on templates containing either a single GC-rich hairpin or a G4 DNA structure is greatly reduced and synthesis stalls at the structure. [7]최근 몇 년 동안 나타난 증거는 G4 DNA 구조가 무세포 및 세포 시스템 모두에 존재하고 다양한 질병, 특히 다양한 암, 노화, 신경 질환에서 기능하고 약물 설계를 위한 새로운 유망한 표적으로 간주된다는 것을 인증했습니다. [1] 그러나 G4 DNA 구조가 생체 내에서 어떻게, 언제, 왜 형성되는지에 대한 기능적 세부 사항은 대부분 누락되어 관련 살아있는 세포 모델 시스템에서 맞춤형 화학 생물학 연구가 필요한 지식 격차를 남깁니다. [2] 우리는 Slx9가 시험관 내에서 G4 DNA 구조에 결합한다는 것을 확인했습니다. [3] G4 구조에 대한 결합된 연구는 세포에서 G4 DNA 구조를 적절하게 조절하는 것이 게놈 불안정성과 정상적인 세포 기능의 붕괴를 예방하는 데 중요하다는 것을 보여주었습니다. [4] 합성된 프로브는 초분자 상태의 분해를 통해 병렬 G4 DNA 구조를 선택적으로 조명하여 라벨이 없는 분자 논리 시스템에 쉽게 통합할 수 있는 출력을 보여줍니다. [5] 용매에 노출된 구아닌 테트라드를 갖는 G-사중체는 공면 적층을 통해 함께 결합하는 경향을 나타내며, 이는 G4 형성 서열의 패키징에 중요할 수 있고 고차 G4 DNA 구조의 설계를 허용합니다. [6] 단일 GC가 풍부한 헤어핀 또는 G4 DNA 구조를 포함하는 템플릿에서 Dpo4 진행이 크게 감소하고 해당 구조에서 합성이 지연된다는 것을 발견했습니다. [7]
g4 dna molecule
Recent research highlighted that G4 DNA molecules fold via kinetic partitioning mechanism dominated by competition amongst diverse long-living G4 folds. [1] The I-V characteristics of G4 DNA molecule in applied magnetic and electric fields has been calculated. [2] We study the charge transport property of G4 DNA molecule by calculating the I-V characteristics at several temperatures. [3]최근 연구는 G4 DNA 분자가 다양한 장기 G4 접힘 간의 경쟁에 의해 지배되는 운동적 분할 메커니즘을 통해 접힘을 강조했습니다. [1] 적용된 자기장 및 전기장에서 G4 DNA 분자의 I-V 특성이 계산되었습니다. [2] 우리는 여러 온도에서 I-V 특성을 계산하여 G4 DNA 분자의 전하 수송 특성을 연구합니다. [3]
g4 dna vaccine
In this study, we investigated if fixed Tr (fTr) can further enhance the efficacy of the TcG2/TcG4 DNA vaccine. [1] Because of the translational power of dogs as pre-clinical models for human malignancies and the CSPG4 over-expression by both human and canine malignant melanoma (MM), we demonstrated the safety and the clinical effectiveness of a xenogeneic human (Hu)-CSPG4 DNA vaccine in client-owned canine patients with stage II-III surgically resected CSPG4+ MM. [2]이 연구에서 우리는 고정 Tr(fTr)이 TcG2/TcG4 DNA 백신의 효능을 더욱 향상시킬 수 있는지 조사했습니다. [1] 인간 악성 종양에 대한 전임상 모델로서의 개의 번역 능력과 인간 및 개 악성 흑색종(MM) 모두에 의한 CSPG4 과발현으로 인해, 우리는 이종 인간(Hu)-CSPG4 DNA의 안전성과 임상 효과를 입증했습니다. 외과적으로 절제된 CSPG4+ MM 병기 II-III기가 있는 고객 소유 개 환자의 백신. [2]