Animal Genomes(동물 게놈)란 무엇입니까?
Animal Genomes 동물 게놈 - The Ovine Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) project, part of the broader livestock species FAANG initiative, aims to identify and characterize gene regulatory elements in domestic sheep. [1] The Functional Annotation of ANimal Genomes (FAANG) project is a worldwide coordinated action creating high-quality functional annotation of farmed and companion animal genomes. [2] Animal genomes are folded in topologically associating domains (TADs) that have been linked to the regulation of the genes they contain by constraining regulatory interactions between cis-regulatory elements and promoters. [3] Endogenous bornavirus-like elements (EBLs) are ancient bornavirus sequences derived from the viral messenger RNAs that were reverse transcribed and inserted into animal genomes, most likely by retrotransposons. [4] One sentence summary Easymap is a versatile user-friendly software tool that facilitates mapping-by-sequencing of large insertions and point mutations in plant and animal genomes. [5] The transposon superfamily Merlin was originally found mainly in animal genomes. [6] Animal genomes are organized into topologically associated domains (TADs). [7] Plant genomes generally encode many more GTs than animal genomes due to the synthesis of a cell wall and a wide variety of glycosylated secondary metabolites. [8] B chromosomes are enigmatic elements in thousands of plant and animal genomes that persist in populations despite being nonessential. [9] ABSTRACT Endogenous retroviruses (ERVs) are sequences in animal genomes that originated from ancient retrovirus infections; they provide genetic novelty in hosts by being coopted as functional genes or elements during evolution. [10] These mechanisms may depend on the phylogenetically ancient fossils of nonretroviral RNA sequences in animal genomes. [11] This resource will be invaluable for annotation of pig genes controlling immunogenetic traits as part of the porcine Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) project, as well as further study of, and development of new reagents for, porcine immunology. [12] Animal genomes are partitioned and folded at various scales that contribute distinctly to nuclear processes. [13] This resource will be invaluable for annotation of pig genes controlling immunogenetic traits as part of the porcine Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) project, as well as further study of, and development of new reagents for, porcine immunology. [14] Background SINEs comprise a significant part of animal genomes and are used to study the evolution of diverse taxa. [15] Here, we calibrate the timeline of flavivirus evolution using flavivirus-derived DNA sequences identified in animal genomes. [16] Our results indicate that as-yet-undiscovered fossils from unknown viruses remain hidden in animal genomes. [17] Recent advances in sequencing techniques allow us to identify genomes at a low cost, and genome editing techniques have been developed, such as those derived from CRISPR/Cas9, which allow us to modify plant and animal genomes in a precise and targeted manner. [18] Although many opsins have been discovered from animal genomes, only a few nonimage‐forming functions mediated by opsins have been identified. [19] Recently, the Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) has been established to unravel the regulatory elements in non-model organisms, including cattle. [20] The Functional Annotation of Animal Genome (FAANG) project is an international collaboration aimed to provide high quality functional annotation of animal genomes. [21] This study showed how two diverging genomes can coexist and provided insights into epigenetic modifications and their impact on the regulation of gene expressions between plant and animal genomes. [22] Animal genomes are organized into chromosomes that are remarkably conserved in their gene content, forming distinct evolutionary units (macrosynteny). [23] Altogether, this evidence suggests that enhancer pleiotropy is pervasive in animal genomes, challenging the commonly held view of modularity. [24] BackgroundGenes that encode proteins associated with sperm competition, fertilization, and sexual conflicts of interest are often among the most rapidly evolving parts of animal genomes. [25] GRF also detects DNA or RNA transposable elements characterized by these repeats in plant and animal genomes. [26] Plant genomes contain more TFs than animal genomes, but plant proteins are smaller and have less domains as animal proteins which are often multifunctional. [27] ABSTRACT Sequences derived from parvoviruses (family Parvoviridae) are relatively common in animal genomes, but the functional significance of these endogenous parvoviral element (EPV) sequences remains unclear. [28] As part of the Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) action, the FR-AgENCODE project (http://www. [29] Animal genomes in the Qinghai-Tibetan Plateau provide valuable resources for scientists to understand the molecular mechanism of environmental adaptation. [30] DNA methylation is a conserved epigenetic modification of animal genomes, but genome methylation patterns appear surprisingly diverse in insects. [31] An additional benefit of the pipeline is that it does not require parental genotypes and can therefore be applied to other RNA-Seq datasets for livestock, including those available on the Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) data portal. [32] Bornavirus-derived EVEs are widely distributed in animal genomes, including the human genome, and the history of bornaviruses can be dated back to more than 65 million years. [33] Most of these examples focus on the analysis of animal genomes and related evolutionary research; however, the basic ideas behind these examples also apply to other biological taxa. [34] One of the primary aims of the Functional Annotation of ANimal Genomes (FAANG) initiative is to characterize tissue-specific regulation within animal genomes. [35] CRISPR-associated (Cas) nucleases are established tools for engineering of animal genomes. [36] As part of the Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) action, the FR-AgENCODE project aimed to create reference functional maps of domesticated animals by profiling the landscape of transcription (RNA-seq), chromatin accessibility (ATAC-seq) and conformation (Hi-C) in species representing ruminants (cattle, goat), monogastrics (pig) and birds (chicken), using three target samples related to metabolism (liver) and immunity (CD4+ and CD8+ T cells). [37] Sequences derived from parvoviruses (family Parvoviridae) are relatively common in animal genomes, but the functional significance of these endogenous parvoviral element (EPV) sequences remains unclear. [38] Although the manipulation of animal genomes has a history of more than three decades, there are only a few of the reported genetically modified (GM) animals that have passed safety regulations and found their way through to market. [39] In modern biology, a search for efficient and safe ways of long-term storage of animal genomes is vital for the survival of rare and endangered species. [40] We propose this workflow as a potential solution to assemble structurally complex chromosomes, or the study of very large plant or animal genomes that might challenge traditional assembly strategies. [41] The ectopic overexpression of foreign genes in animal genomes is an important strategy for gain-of-function study and establishment of transgenic animal models. [42] An additional benefit of the pipeline is that it does not require parental genotypes and can therefore be applied to other RNA-Seq data sets for livestock, including those available on the Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) data portal. [43] To address this, the FAANG (Functional Annotation of Animal Genomes) Consortium is producing genome-wide data sets on RNA expression, DNA methylation, and chromatin modification, as well as chromatin accessibility and interactions. [44] This database, the first of its kind in livestock animals, will provide a useful exploratory tool to assist functional annotation of animal genomes. [45]광범위한 가축 종 FAANG 이니셔티브의 일부인 Ovine Functional Annotation of Animal Genomes(FAANG) 프로젝트는 국내 양의 유전자 조절 요소를 식별하고 특성화하는 것을 목표로 합니다. [1] FAANG(Functional Annotation of ANimal Genomes) 프로젝트는 사육 및 반려 동물 게놈의 고품질 기능 주석을 생성하는 전 세계적으로 조정된 작업입니다. [2] 동물 게놈은 시스 조절 요소와 프로모터 사이의 조절 상호 작용을 제한함으로써 포함된 유전자의 조절과 연결된 토폴로지 연관 도메인(TAD)으로 접혀 있습니다. [3] 내인성 보르나바이러스 유사 요소(EBL)는 역전사되어 동물 게놈에 삽입된 바이러스 메신저 RNA에서 파생된 고대 보르나바이러스 서열이며, 대부분 레트로트랜스포존에 의해 발생합니다. [4] 한 문장 요약 Easymap은 식물 및 동물 게놈에서 큰 삽입 및 점 돌연변이의 시퀀싱에 의한 매핑을 용이하게 하는 다목적 사용자 친화적인 소프트웨어 도구입니다. [5] 트랜스포존 슈퍼패밀리 멀린은 원래 주로 동물 게놈에서 발견되었습니다. [6] 동물 게놈은 토폴로지 관련 도메인(TAD)으로 구성됩니다. [7] 식물 게놈은 일반적으로 세포벽의 합성과 다양한 글리코실화된 2차 대사물로 인해 동물 게놈보다 더 많은 GT를 암호화합니다. [8] B 염색체는 필수적이지 않음에도 불구하고 개체군에 지속되는 수천 개의 식물 및 동물 게놈에 있는 불가사의한 요소입니다. [9] 요약 내인성 레트로바이러스(ERV)는 고대 레트로바이러스 감염에서 유래한 동물 게놈의 서열입니다. 그들은 진화하는 동안 기능적 유전자나 요소로 받아들여짐으로써 숙주에 유전적 새로움을 제공합니다. [10] 이러한 메커니즘은 계통 발생학적으로 고대 동물의 게놈에 있는 비레트로바이러스 RNA 서열 화석에 의존할 수 있습니다. [11] 이 자료는 돼지 FAANG(Porcine Functional Annotation of Animal Genomes) 프로젝트의 일환으로 면역유전학적 특성을 제어하는 돼지 유전자의 주석을 달고 돼지 면역학에 대한 추가 연구와 새로운 시약 개발에 매우 유용할 것입니다. [12] 동물 게놈은 핵 과정에 분명히 기여하는 다양한 규모로 분할 및 접혀 있습니다. [13] 이 자료는 돼지 FAANG(Porcine Functional Annotation of Animal Genomes) 프로젝트의 일환으로 면역유전학적 특성을 제어하는 돼지 유전자의 주석을 달고 돼지 면역학에 대한 추가 연구와 새로운 시약 개발에 매우 유용할 것입니다. [14] 배경 SINE은 동물 게놈의 중요한 부분을 구성하며 다양한 분류군의 진화를 연구하는 데 사용됩니다. [15] 여기에서 우리는 동물 게놈에서 확인된 플라비바이러스 유래 DNA 서열을 사용하여 플라비바이러스 진화의 타임라인을 보정합니다. [16] 우리의 결과는 알려지지 않은 바이러스에서 아직 발견되지 않은 화석이 동물 게놈에 숨겨져 있음을 나타냅니다. [17] 최근 시퀀싱 기술의 발전으로 저렴한 비용으로 게놈을 식별할 수 있으며 CRISPR/Cas9에서 파생된 것과 같은 게놈 편집 기술이 개발되어 정확하고 표적화된 방식으로 식물 및 동물 게놈을 수정할 수 있습니다. [18] 많은 옵신이 동물 게놈에서 발견되었지만 옵신에 의해 매개되는 비화상 형성 기능은 소수에 불과합니다. [19] 최근에는 소를 포함한 비모델 유기체의 조절 요소를 밝히기 위해 FAANG(Functional Annotation of Animal Genomes)이 설정되었습니다. [20] FAANG(Functional Annotation of Animal Genome) 프로젝트는 동물 게놈의 고품질 기능 주석 제공을 목표로 하는 국제 협력입니다. [21] 이 연구는 서로 다른 두 게놈이 어떻게 공존할 수 있는지 보여주고 후성 유전적 변형과 식물과 동물 게놈 간의 유전자 발현 조절에 미치는 영향에 대한 통찰력을 제공했습니다. [22] 동물 게놈은 염색체로 조직되어 있으며, 이 염색체는 유전자 함량이 현저하게 보존되어 뚜렷한 진화 단위(거대합성)를 형성합니다. [23] 종합하면, 이 증거는 인핸서 다면성이 동물 게놈에 만연하여 모듈성에 대한 일반적 견해에 도전한다는 것을 시사합니다. [24] 정자 경쟁, 수정, 성적 갈등과 관련된 단백질을 암호화하는 배경 유전자는 종종 동물 게놈에서 가장 빠르게 진화하는 부분 중 하나입니다. [25] GRF는 또한 식물 및 동물 게놈에서 이러한 반복을 특징으로 하는 DNA 또는 RNA 전위 요소를 감지합니다. [26] 식물 게놈은 동물 게놈보다 더 많은 TF를 포함하지만, 식물 단백질은 종종 다기능인 동물 단백질보다 더 작고 도메인이 적습니다. [27] 요약 파보바이러스(Parvoviridae과)에서 파생된 서열은 동물 게놈에서 비교적 일반적이지만 이러한 내인성 파보바이러스 요소(EPV) 서열의 기능적 중요성은 여전히 불분명합니다. [28] FAANG(Functional Annotation of Animal Genomes) 작업의 일환으로 FR-AgENCODE 프로젝트(http://www. [29] Qinghai-Tibetan Plateau의 동물 게놈은 과학자들이 환경 적응의 분자 메커니즘을 이해하는 데 귀중한 자원을 제공합니다. [30] DNA 메틸화는 동물 게놈의 보존된 후성유전학적 변형이지만 게놈 메틸화 패턴은 곤충에서 놀라울 정도로 다양하게 나타납니다. [31] 파이프라인의 또 다른 이점은 부모 유전자형이 필요하지 않으므로 FAANG(Functional Annotation of Animal Genomes) 데이터 포털에서 사용 가능한 데이터를 포함하여 가축에 대한 다른 RNA-Seq 데이터 세트에 적용할 수 있다는 것입니다. [32] 보르나바이러스 유래 EVE는 인간 게놈을 포함한 동물 게놈에 널리 분포되어 있으며, 보르나바이러스의 역사는 6천 5백만 년 이상으로 거슬러 올라갈 수 있습니다. [33] 이러한 예의 대부분은 동물 게놈 및 관련 진화 연구의 분석에 중점을 둡니다. 그러나 이러한 예의 기본 개념은 다른 생물학적 분류군에도 적용됩니다. [34] FAANG(Functional Annotation of ANimal Genomes) 이니셔티브의 주요 목표 중 하나는 동물 게놈 내의 조직 특이적 조절을 특성화하는 것입니다. [35] CRISPR 관련(Cas) 뉴클레아제는 동물 게놈 공학을 위한 확립된 도구입니다. [36] FAANG(Functional Annotation of Animal Genomes) 작업의 일환으로 FR-AgENCODE 프로젝트는 전사(RNA-seq), 염색질 접근성(ATAC-seq) 및 형태( Hi-C) 대사(간) 및 면역(CD4+ 및 CD8+ T 세포)과 관련된 3개의 표적 샘플을 사용하여 반추동물(소, 염소), 단일위(돼지) 및 조류(닭)를 나타내는 종에서. [37] 파보바이러스(Parvoviridae과)에서 파생된 서열은 동물 게놈에서 비교적 일반적이지만 이러한 내인성 파보바이러스 요소(EPV) 서열의 기능적 중요성은 여전히 불분명합니다. [38] 동물 게놈 조작은 30년 이상의 역사를 가지고 있지만, 보고된 유전자 변형(GM) 동물 중 안전 규정을 통과하고 시장에 출시된 동물은 소수에 불과합니다. [39] 현대 생물학에서 동물 게놈의 장기 저장을 위한 효율적이고 안전한 방법을 찾는 것은 희귀종과 멸종 위기에 처한 종의 생존에 매우 중요합니다. [40] 우리는 이 워크플로우를 구조적으로 복잡한 염색체를 조립하는 잠재적인 솔루션으로 제안하거나 기존 조립 전략에 도전할 수 있는 매우 큰 식물 또는 동물 게놈 연구를 제안합니다. [41] 동물 게놈에서 외래 유전자의 이소성 과발현은 기능 획득 연구 및 형질전환 동물 모델의 확립을 위한 중요한 전략입니다. [42] 파이프라인의 추가 이점은 부모 유전자형이 필요하지 않으므로 FAANG(Functional Annotation of Animal Genomes) 데이터 포털에서 사용 가능한 데이터를 포함하여 가축에 대한 다른 RNA-Seq 데이터 세트에 적용할 수 있다는 것입니다. [43] 이를 해결하기 위해 FAANG(Functional Annotation of Animal Genomes) 컨소시엄은 RNA 발현, DNA 메틸화, 염색질 변형, 염색질 접근성 및 상호작용에 대한 전체 게놈 데이터 세트를 생산하고 있습니다. [44] 가축 동물 분야 최초의 이 데이터베이스는 동물 게놈의 기능적 주석을 지원하는 유용한 탐색 도구를 제공할 것입니다. [45]
animal genomes consortium
The Functional Annotation of Animal Genomes consortium was formed to collaboratively annotate the functional elements in animal genomes, starting with domesticated animals. [1] This study contributes to the goals of Functional Annotation of Animal Genomes consortium to improve the annotation of genomes of domestic animals. [2] Alongside similar data, we and others have generated for ruminants as part of the Functional Annotation of Animal Genomes Consortium; this comprehensive transcriptome supports functional annotation and comparative analysis of the water buffalo genome. [3]동물 게놈의 기능적 주석 컨소시엄은 가축화된 동물을 시작으로 동물 게놈의 기능적 요소를 공동으로 주석을 달기 위해 구성되었습니다. [1] 이 연구는 가축 게놈의 주석을 개선하기 위한 동물 게놈의 기능적 주석 컨소시엄의 목표에 기여합니다. [2] 유사한 데이터와 함께 우리와 다른 사람들은 동물 게놈 컨소시엄의 기능 주석의 일부로 반추동물에 대해 생성했습니다. 이 포괄적인 transcriptome은 물소 게놈의 기능적 주석 및 비교 분석을 지원합니다. [3]