Amino Acid Substitutions(아미노산 치환)란 무엇입니까?
Amino Acid Substitutions 아미노산 치환 - T-cell responses were analyzed against a panel of AKF9 variants with single amino-acid substitutions, in which mutations did not alter the high HLA-binding affinity and stability. [1] To that end, here we have studied the effects on the structure and function of the SARS-CoV-2 spike glycoprotein receptor-binding domain of three amino-acid substitutions found in several variants of concern, including alpha (B. [2] Moreover, single-amino-acid substitutions (e. [3] The putative effect of amino-acid substitutions was predicted by a combination of bioinformatics tools. [4] Selection of drug-resistant viruses identified single-amino-acid substitutions in the N-terminal region of nonstructural protein NS4A, arguing this is the likely drug target. [5] Here, we demonstrate a nanopore-based single-molecule sequencing approach capable of reliably detecting single amino-acid substitutions within individual peptides. [6] Using malate dehydrogenase (MDH) as a template enzyme, we show that 24% (13 out of 55 tested) of the ProteinGAN-generated and experimentally tested sequences are soluble and display MDH catalytic activity in the tested conditions in vitro, including a highly mutated variant of 106 amino-acid substitutions. [7] We generated irt1-2 lines producing IRT1 mutant variants carrying single amino-acid substitutions of key residues in transmembrane helices IV and V, Ser206 and His232, which are required for transport activity in yeast. [8] CONCLUSIONS Different mutations including single amino-acid substitutions, insertions or deletions within the blaKPC gene were found in 26/31 CZA -resistant KPC-Kp strains belonging to high-risk clones circulating in Italy. [9] Single-amino-acid substitutions were generated in fliE, resulting in motility phenotypes. [10] Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants with amino-acid substitutions and deletions in spike protein (S) can reduce the effectiveness of monoclonal antibodies (mAbs) and may compromise immunity induced by vaccines. [11] Accordingly, single-amino-acid substitutions that abolish MA-tRNA binding caused striking redistribution of Gag to the plasma membrane and reduced HIV-1 replication. [12] The Asp f 3 gene contained two mutations, resulted in three groups (f3-1 to f3-3) without any amino-acid substitutions. [13] Aided by TIARS, we induced two distinct amino-acid substitutions (T979I and P1387S) in the atp7a gene among somatic tissues of CRISPR-Cas9-treated F0 zebrafish. [14] The PAM requirement is limitation for precise genome editing such as single amino-acid substitutions and knock-ins at specific genomic loci since it occurs in narrow editing window. [15] 7 variant of SARS-CoV-2 first detected in the UK harbors amino-acid substitutions and deletions in the spike protein that potentially enhance host angiotensin conversion enzyme 2 (ACE2) receptor binding and viral immune evasion. [16] Variant libraries targeting full-length ORFs typically consists of all possible single-amino-acid substitutions and a stop codon at each amino-acid position. [17] The emergence of SARS-CoV-2 mutations resulting in the S protein amino-acid substitutions N501Y and E484K, which have been associated with enhanced transmissibility and immune escape, respectively, necessitates immediate actions, for which their rapid identification is crucial. [18] Here, we aimed to attenuate FAD2 activity in planta while avoiding adverse growth effects by introducing amino-acid substitutions using CRISPR base editors. [19] Using protein engineering, crystallography and single-molecule experiments, we show how the superhelical geometry can be altered by carefully placed amino-acid substitutions and examine how these sequence changes affect intrinsic repeat stability and inter-repeat coupling. [20] We revealed an unsuspected diversity of ALS alleles underlying resistance (9 amino-acid substitutions involved in TSR detected across 24 populations). [21] Then, to describe the goal of interpreting human genetic variations at large scale through MD simulations, we restrictively refer to all possible protein variants carrying single-amino-acid substitutions arising from single-nucleotide variations as the human variome. [22] ABSTRACT Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants with amino-acid substitutions and deletions in spike protein (S) can reduce the effectiveness of monoclonal antibodies (mAbs) and may compromise immunity induced by vaccines. [23] The emergence of SARS-CoV-2 mutations resulting in the S protein amino-acid substitutions N501Y and E484K, which have been associated with enhanced transmissibility and immune escape, respectively, necessitates immediate actions, for which their rapid identification is crucial. [24] The diverse spectrum of amino-acid substitutions in HA, NS1, and other viral proteins including nucleoprotein (NP) and the polymerase complex suggested the concurrent circulation of multiple lineages of A(H1N1)pdm09 influenza viruses in the human population in Ukraine, a country with low vaccination coverage, complicating public health measures against influenza. [25] Predictions of the functional effects of the mutations showed that two amino-acid substitutions were potentially deleterious. [26] The predicted mutational energy results showed that globular [γ4E]GID is optimal for binding to α4β2 nAChR and its activity could not likely be further improved through amino-acid substitutions. [27] In our experimental approach, a diverse virus library (97% of 8911 possible single amino-acid substitutions were sampled) was successfully transmitted through ferrets, and sequence analysis of resulting virus pools in nasal washes identified three mutations that improved virus transmissibility. [28] Using malate dehydrogenase (MDH) as a template enzyme, we show that 24% (13 out of 55 tested) of the ProteinGAN-generated and experimentally tested sequences are soluble and display MDH catalytic activity in the tested conditions in vitro, including a highly mutated variant of 106 amino-acid substitutions. [29] Sequencing analysis of viruses showing discordant results in the Rt-PCR and antigen assays revealed the presence of multiple disruptive amino-acid substitutions in the N antigen (the viral protein detected in the antigen test) clustered from position 229 to 374 a region known to contain an immunodominant epitope. [30] In this work we generate and make available computational variant effect predictions for all possible single amino-acid substitutions to SARS-CoV-2 in order to complement and facilitate experiments and expert analysis. [31] We addressed this problem by analyzing the activity of all possible single-amino-acid substitutions of the Api variants synthesized in the bacterial cell. [32] These interactions mostly involve acidic residues of the protein; single amino-acid substitutions have only a minor impact on binding. [33] Suppressors restoring growth up to 37 °C of Δ(gmhD-waaA) identified two independent single-amino-acid substitutions—P50S and R310S—in the LPS flippase MsbA. [34] Mutations resulting in amino-acid substitutions of the SARS-CoV-2 spike protein receptor-binding domain (RBD) have been associated with enhanced transmissibility and immune escape of the respective variants, namely Alpha, Beta, Gamma or Delta. [35] Structural implications of amino-acid substitutions were correlated with the clinical phenotypes seen in the probands. [36]돌연변이가 높은 HLA 결합 친화도 및 안정성을 변경하지 않은 단일 아미노산 치환을 갖는 AKF9 변이체 패널에 대해 T 세포 반응을 분석했습니다. [1] 이를 위해 여기에서 알파(B. [2] 또한 단일 아미노산 치환(e. [3] 아미노산 치환의 추정 효과는 생물정보학 도구의 조합에 의해 예측되었습니다. [4] 약물 내성 바이러스의 선택은 비구조 단백질 NS4A의 N-말단 영역에서 단일 아미노산 치환을 확인했으며 이것이 약물 표적일 가능성이 있다고 주장합니다. [5] 여기에서 우리는 개별 펩타이드 내에서 단일 아미노산 치환을 안정적으로 검출할 수 있는 나노포어 기반 단일 분자 시퀀싱 접근 방식을 보여줍니다. [6] 말산 탈수소효소(MDH)를 주형 효소로 사용하여 우리는 ProteinGAN 생성 및 실험적으로 테스트된 시퀀스의 24%(테스트된 55개 중 13개)가 가용성이며 고도로 돌연변이된 106개 아미노산 치환의 변이체. [7] 우리는 효모에서 수송 활성에 필요한 막횡단 나선 IV 및 V, Ser206 및 His232에서 주요 잔기의 단일 아미노산 치환을 운반하는 IRT1 돌연변이 변이체를 생성하는 irt1-2 라인을 생성했습니다. [8] 결론 blaKPC 유전자 내 단일 아미노산 치환, 삽입 또는 결실을 포함한 다양한 돌연변이가 이탈리아에서 순환하는 고위험 클론에 속하는 26/31 CZA 내성 KPC-Kp 균주에서 발견되었습니다. [9] 단일 아미노산 치환이 fliE에서 생성되어 운동성 표현형이 생성되었습니다. [10] 스파이크 단백질(S)에 아미노산 치환 및 결실이 있는 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2) 변이체는 단클론 항체(mAb)의 효과를 감소시킬 수 있으며 백신에 의해 유도된 면역을 손상시킬 수 있습니다. [11] 따라서 MA-tRNA 결합을 없애는 단일 아미노산 치환은 Gag의 원형질막으로의 현저한 재분배를 일으키고 HIV-1 복제를 감소시켰다. [12] Asp f 3 유전자는 2개의 돌연변이를 포함하여 아미노산 치환이 없는 3개의 그룹(f3-1에서 f3-3)을 생성했습니다. [13] TIARS의 도움으로 우리는 CRISPR-Cas9 처리된 F0 제브라피쉬의 체세포 조직 중 atp7a 유전자에서 두 개의 별개의 아미노산 치환(T979I 및 P1387S)을 유도했습니다. [14] PAM 요구 사항은 좁은 편집 창에서 발생하기 때문에 특정 게놈 유전자좌에서 단일 아미노산 치환 및 녹인과 같은 정확한 게놈 편집에 대한 제한 사항입니다. [15] 영국에서 처음 발견된 SARS-CoV-2의 7 변이체는 스파이크 단백질에서 아미노산 치환 및 결실을 갖고 있으며, 이는 잠재적으로 숙주 안지오텐신 전환 효소 2(ACE2) 수용체 결합 및 바이러스 면역 회피를 향상시킵니다. [16] 전장 ORF를 표적으로 하는 변이체 라이브러리는 일반적으로 가능한 모든 단일 아미노산 치환과 각 아미노산 위치에서 정지 코돈으로 구성됩니다. [17] SARS-CoV-2 돌연변이의 출현으로 S 단백질 아미노산 치환 N501Y 및 E484K는 각각 강화된 전염성 및 면역 탈출과 관련이 있어 즉각적인 조치가 필요하며, 이를 위해서는 신속한 식별이 중요합니다. [18] 여기에서 우리는 CRISPR 기본 편집기를 사용하여 아미노산 치환을 도입하여 역성장 효과를 피하면서 식물에서 FAD2 활성을 약화시키는 것을 목표로 했습니다. [19] 단백질 공학, 결정학 및 단일 분자 실험을 사용하여 신중하게 배치된 아미노산 치환에 의해 초나선 형상이 어떻게 변경될 수 있는지 보여주고 이러한 서열 변화가 고유 반복 안정성 및 반복 상호 결합에 어떻게 영향을 미치는지 조사합니다. [20] 우리는 저항을 기본으로 하는 ALS 대립유전자의 예상치 못한 다양성을 밝혔습니다(24개 집단에서 검출된 TSR과 관련된 9개의 아미노산 치환). [21] 그런 다음 MD 시뮬레이션을 통해 대규모로 인간 유전 변이를 해석하는 목표를 설명하기 위해 단일 뉴클레오티드 변이에서 발생하는 단일 아미노산 치환을 운반하는 가능한 모든 단백질 변이를 인간 변이체로 제한적으로 참조합니다. [22] 요약 스파이크 단백질(S)에 아미노산 치환 및 결실이 있는 중증 급성 호흡기 증후군 코로나바이러스 2(SARS-CoV-2) 변이체는 단클론항체(mAb)의 효과를 감소시킬 수 있으며 백신에 의해 유도된 면역을 손상시킬 수 있습니다. [23] SARS-CoV-2 돌연변이의 출현으로 S 단백질 아미노산 치환 N501Y 및 E484K는 각각 강화된 전염성 및 면역 탈출과 관련이 있어 즉각적인 조치가 필요하며, 이를 위해서는 신속한 식별이 중요합니다. [24] 핵단백질(NP)과 중합효소 복합체를 포함한 HA, NS1 및 기타 바이러스 단백질의 다양한 아미노산 치환은 한 국가인 우크라이나의 인구에서 A(H1N1)pdm09 인플루엔자 바이러스의 여러 계통의 동시 순환을 시사했습니다. 낮은 예방 접종 범위로 인플루엔자에 대한 공중 보건 조치를 복잡하게 만듭니다. [25] 돌연변이의 기능적 효과에 대한 예측은 두 개의 아미노산 치환이 잠재적으로 해롭다는 것을 보여주었다. [26] 예측된 돌연변이 에너지 결과는 구형 [γ4E]GID가 α4β2 nAChR에 대한 결합에 최적이고 그 활성이 아미노산 치환을 통해 더 개선될 수 없음을 보여주었다. [27] 우리의 실험적 접근 방식에서 다양한 바이러스 라이브러리(8911개의 가능한 단일 아미노산 치환의 97%가 샘플링됨)가 흰 족제비를 통해 성공적으로 전송되었으며 비강 세척에서 생성된 바이러스 풀의 서열 분석은 바이러스 전염성을 개선하는 3개의 돌연변이를 식별했습니다. [28] 말산 탈수소효소(MDH)를 주형 효소로 사용하여 우리는 ProteinGAN 생성 및 실험적으로 테스트된 시퀀스의 24%(테스트된 55개 중 13개)가 가용성이며 고도로 돌연변이된 106개 아미노산 치환의 변이체. [29] Rt-PCR 및 항원 분석에서 불일치한 결과를 나타내는 바이러스의 시퀀싱 분석에서는 면역우성 에피토프. [30] 이 작업에서 우리는 실험과 전문가 분석을 보완하고 용이하게 하기 위해 SARS-CoV-2에 대한 모든 가능한 단일 아미노산 치환에 대한 컴퓨터 변형 효과 예측을 생성하고 제공합니다. [31] 우리는 박테리아 세포에서 합성된 Api 변이체의 가능한 모든 단일 아미노산 치환의 활성을 분석하여 이 문제를 해결했습니다. [32] 이러한 상호작용은 대부분 단백질의 산성 잔기와 관련이 있습니다. 단일 아미노산 치환은 결합에 미치는 영향이 미미합니다. [33] 최대 37°C의 Δ(gmhD-waaA) 성장을 복원하는 억제제는 LPS 플립파제 MsbA에서 두 개의 독립적인 단일 아미노산 치환(P50S 및 R310S)을 확인했습니다. [34] SARS-CoV-2 스파이크 단백질 수용체 결합 도메인(RBD)의 아미노산 치환을 초래하는 돌연변이는 각각의 변이체, 즉 알파, 베타, 감마 또는 델타의 향상된 전달 및 면역 탈출과 관련이 있습니다. [35] 아미노산 치환의 구조적 의미는 프로밴드에서 볼 수 있는 임상 표현형과 상관관계가 있었습니다. [36]