基質類似体とは何ですか？
Substrate Analogues 基質類似体 - By observing various physical properties of the protein and its various complexes with substrate and substrate analogues we have shown that indeed three-binding-site model is necessary to properly describe binding of ligands by both the wild type enzyme and the Y160W mutant. [1] Furthermore, the structures of Dcr3 and NsrQ variants complexed with substrate analogues and the site-directed mutagenesis studies identified the catalytic residues and the important hydrophobic residues in shaping the active site pocket for substrate binding. [2] The use of amino sugars of this type in the synthesis of natural carbohydrate-containing compounds and their analogues, including aminoglycoside antibiotics, glycosidase inhibitors, substrate analogues and inhibitors of glycan biosynthesis, galectin inhibitors, etc. [3] Chapter-3 discusses the design and development of novel inhibitors targeting the OGT enzyme using bisubstrate analogues as a template. [4] Herein, we reported the design and synthesis of bisubstrate analogues for PRMTs that incorporate a S-adenosylmethionine (SAM) analogue moiety and a tripeptide through an alkyl substituted guanidino group. [5] Here we report experimental kinetic data and density functional theory (DFT) computational data for the γ-elimination reaction of L-Met and several other substrate analogues by a recombinant MGL from P. [6] Since then, crystallography has been used to probe many aspects of the IPNS reaction mechanism, by crystallising the protein with a diversity of substrate analogues and triggering the oxidative reaction by using elevated oxygen pressures to force the gaseous co‐substrate throughout protein crystals and maximise synchronicity of turnover in crystallo. [7] To better understand its catalytic mechanism and substrate promiscuity, four NmCSS crystal structures trapped at various stages of the catalytic cycle with bound substrates, substrate analogues, and products have been obtained and are presented here. [8] Herein, we characterize the adenylation and stuffed methyltransferase didomain of PchF through the synthesis and use of substrate analogues, steady-state kinetics, and onium chalcogen effects. [9] In contrast, the catalytically relevant salt forms of the catalyst, where the catalyst forms an ion pair with the substrate or substrate analogues, appear in two entirely different folding patterns. [10] We report the structural analysis of highly drug-resistant human immunodeficiency virus protease (PR) variant PRS17, rationally selected by machine learning, in complex with substrate analogues. [11] On the contrary, many cofactor-bound MTase structures are available, resulting in well-understood protein:cofactor recognition, that can guide the design of bisubstrate analogues that mimic the state at which both the substrate and the cofactor is bound. [12] Herein, on the basis of the crystal structures of UndA in complex with the substrate analogues, we constructed a series of computational models and performed quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) calculations to explore the UndA-catalyzed decarboxylation using lauric acid as the substrate. [13] meningitidis group C (NmC) PST kinetically, using substrate analogues to describe the polymerization reaction. [14]タンパク質のさまざまな物理的特性と、基質および基質類似体とのさまざまな複合体を観察することにより、野生型酵素とY160W変異体の両方によるリガンドの結合を適切に記述するために、実際に3つの結合部位モデルが必要であることを示しました。 [1] さらに、基質類似体と複合体を形成したDcr3およびNsrQ変異体の構造と部位特異的突然変異誘発研究により、基質結合のための活性部位ポケットの形成における触媒残基と重要な疎水性残基が特定されました。 [2] アミノグリコシド抗生物質、グリコシダーゼ阻害剤、基質類似体およびグリカン生合成阻害剤、ガレクチン阻害剤などを含む、天然炭水化物含有化合物およびそれらの類似体の合成におけるこのタイプのアミノ糖の使用。 [3] 第3章では、二基質類似体をテンプレートとして使用して、OGT酵素を標的とする新規阻害剤の設計と開発について説明します。 [4] 本明細書では、Ｓ－アデノシルメチオニン（ＳＡＭ）類似体部分およびアルキル置換グアニジノ基を介したトリペプチドを組み込んだＰＲＭＴ用の二基質類似体の設計および合成を報告した。 [5] ここでは、Pからの組換えMGLによるL-Metおよび他のいくつかの基質類似体のγ-脱離反応の実験的速度論データおよび密度関数理論（DFT）計算データを報告します。 [6] それ以来、結晶学は、IPNS反応メカニズムの多くの側面を精査するために使用されており、多様な基質類似体でタンパク質を結晶化し、酸素圧を上昇させてタンパク質結晶全体にガス状共基質を強制し、同期性を最大化することで酸化反応を引き起こします。クリスタルロの売上高の。 [7] その触媒メカニズムと基質の乱交をよりよく理解するために、結合した基質、基質類似体、および生成物を含む触媒サイクルのさまざまな段階でトラップされた 4 つの NmCSS 結晶構造が得られ、ここに提示されています。 [8] ここでは、基質類似体、定常状態速度論、およびオニウム カルコゲン効果の合成と使用を通じて、PchF のアデニル化と詰め込まれたメチルトランスフェラーゼ ジドメインを特徴付けます。 [9] 対照的に、触媒が基質または基質類似体とイオン対を形成する、触媒に関連する触媒の塩形態は、2 つのまったく異なるフォールディング パターンで表示されます。 [10] 機械学習によって合理的に選択された、基質類似体との複合体である、薬剤耐性の高いヒト免疫不全ウイルスプロテアーゼ (PR) バリアント PRS17 の構造解析を報告します。 [11] それどころか、多くの補因子結合 MTase 構造が利用可能であり、その結果、よく理解されたタンパク質:補因子認識が得られ、基質と補因子の両方が結合した状態を模倣する二基質類似体の設計を導くことができます。 [12] ここでは、基質類似体と複合体を形成している UndA の結晶構造に基づいて、一連の計算モデルを構築し、量子力学/分子力学 (QM/MM) 計算を実行して、ラウリン酸を基板。 [13] 髄膜炎グループ C (NmC) PST 速度論的に、基質類似体を使用して重合反応を説明します。 [14]
Synthetic Substrate Analogues
The present results will provide a basis for designing simple, stable synthetic substrate analogues for crystallographic analysis of TgTCEs. [1] Using synthetic substrate analogues, it is shown that AbyA5 catalyzes stereospecific acetate elimination, establishing the (R)-tetronate acetate as a biosynthetic intermediate. [2]現在の結果は、TgTCE の結晶解析のためのシンプルで安定した合成基質類似体を設計するための基礎を提供します。 [1] 合成基質類似体を使用して、AbyA5 が立体特異的なアセテート除去を触媒し、(R)-テトロネート アセテートを生合成中間体として確立することが示されています。 [2]
substrate analogues bearing
20 cyclic and linear substrate analogues bearing natural and unnatural residues, which were predicted by computational modelling to bind with high affinity and designed to establish structure-activity relationships, displayed no inhibitory activity at concentrations as high as 100 μM. [1] The ability of HppE to epoxidize substrate analogues bearing halogens at C3, C1, or both is inconsistent with a published hypothesis of polar cyclization via a C1 carbocation. [2]計算モデリングによって高親和性で結合すると予測され、構造活性相関を確立するように設計された、天然および非天然残基を有する20の環状および線状基質類似体は、100μMの高濃度で阻害活性を示さなかった。 [1] C3、C1、またはその両方にハロゲンを持つ基質類似体をエポキシ化する HppE の能力は、C1 カルボカチオンによる極性環化の公表された仮説と一致しません。 [2]