プロテオームワイド同定とは何ですか？
Proteome Wide Identification プロテオームワイド同定 - We also performed proteome-wide identification of circadian proteins in two cereal crops namely, Oryza sativa and Sorghum bicolor , followed by the functional annotation of the predicted circadian proteins with Gene Ontology (GO) terms. [1] Here, we present a proteome-wide identification of reversibly oxidized cysteine sites in oxidant-treated cells using a maleimide-based bioswitch method coupled to mass spectrometry analysis. [2] Herein, we employed isotope-coded ATP acyl-phosphate probes, in conjunction with a multiple-reaction monitoring (MRM)-based targeted proteomic method for proteome-wide identifications of endogenous kinases that can bind to two N6-modified ATP derivatives, N6-methyl-ATP (N6-Me-ATP), and N6-furfuryl-ATP (a. [3] Here we review how recent advances in proteomic technologies, mass spectrometry instrumentation, and bioinformatics spurred the proteome-wide identification of PTM crosstalk through measurements of PTM sites. [4] Basic Protocol 1: Live-cell labeling of substrates of protein methyltransferases GLP1 and PRMT1 with lcBPPM-feasible enzymes and SAM analogue precursors Support Protocol: Gram-scale synthesis of Hey-Met Basic Protocol 2: Click labeling of lcBPPM cell lysates with a biotin-azide probe Alternate Protocol: Click labeling of small-scale lcBPPM cell lysates with a TAMRA-azide dye for in-gel fluorescence visualization Basic Protocol 3: Enrichment of biotinylated lcBPPM proteome with streptavidin beads Basic Protocol 4: Proteome-wide identification of lcBPPM targets with mass spectrometry Basic Protocol 5: Validation of individual lcBPPM targets by western blot. [5] We show that the triazole leaving group (LG) can serve as a releasable linker for embedding hydrophobic fragments to direct molecular recognition while permitting efficient proteome-wide identification of binding sites in live cells. [6] However, proteome-wide identification of CTP-binding proteins remains challenging. [7]我々はまた、2つの穀物作物、すなわちOryza SativaおよびSorghum Bicolor、続いて遺伝子オントロジー（GO）の用語を有する予測された循環タンパク質の機能的注釈を続けた。 [1] ここで、我々は、質量分析分析に結合されたマレイミドベースのバイオスイッチ法を用いて酸化物処理細胞中の可逆的に酸化されたシステイン部位のプロテオーム全体的な同定を示す。 [2] 本明細書では、2つのN 6修飾ATP誘導体、N6-に結合可能な内因性キナーゼのプロテオーム広いキナーゼのプロテオーム広い同定のための多重反応モニタリング（MRM）ベースの標的プロテオミック法と共に、同位体コード化ATPアシル - リン酸プローブを用いた。 メチルATP（N6 - Me - ATP）、およびN6-フルフリル-ATP（a。 [3] ここでは、プロテオミクス技術の最近の進歩、質量分析計装、およびバイオインフォマティクスがPTM部位の測定を通してPTMクロストークのプロテオーム全体の同定を促進した。 [4] 基本プロトコル1：蛋白質メチルトランスフェラーゼの基質の生細胞標識LCBPPM-実現可能な酵素およびSAM類似体前駆体をサポートプロトコール：HEY-Met基本プロトコルのグラムスケール合成2：ビオチンでLCBPPM細胞溶解物のクリック標識 - アジドプローブ交互プロトコル：インゲル蛍光可視化用のタムラ - アジド染料を用いた小規模LCBPPM細胞溶解物のクリックラベリング3：ストレプトアビジンビーズとのビオチン化LCBPPMプロテオームの濃縮基本プロトコル4：LCBPPM標的のプロテオーム広い同定 質量分析基本プロトコル5：ウエスタンブロットによる個々のLCBPPMターゲットの検証 [5] 我々は、リアゾール脱離基（LG）が、生細胞中の結合部位の効率的なプロテオーム広い同定を可能にしながら、直接分子認識に疎水性フラグメントを埋め込むための放出可能なリンカーとして役立ち得ることを示す。 [6] しかしながら、CTP結合タンパク質のプロテオーム広い同定は困難なままである。 [7]