ゲノム比較とは何ですか？
Genomic Comparison ゲノム比較 - Genomic comparison between these early D. [1] The unique in situ histological evaluation and genomic comparison of non-NPWT and NPWT wounds in this pilot study provided a never-before-shown perspective, offering novel insights into the physiological processes of NPWT and the potential role of a FBR in NPWT clinical outcomes. [2] Genomic comparison of 48,635 SARS-CoV-2 genomes has shown that the average number of mutations per sample was 7. [3] Genomic comparisons suggest that 7 of the 10 strains are novel isolates, providing a resource for future marine microbiology investigations. [4] Moreover, genomic comparison of ZIKV strains from the sequence-based phylogenetic analysis is well known, but differences from RNA structure comparisons are less known. [5] A genomic comparison of ancient and modern bean seeds from South America shows that native populations selected efficient crops without sacrificing genetic variability. [6] Genomic comparisons also indicated that S. [7] We conducted a genomic comparison of 290 strains and a heat resistance phenotyping of 30 C. [8] A core collection of 32 Rlv bacteria was constituted based on the genomic comparison of a collection of 121 genome sequences, representative of known worldwide diversity of Rlv. [9] Finally, using genetic and genomic comparisons, a strong association between pBGC type and phage host range was revealed. [10] Genomic comparisons between A. [11] Based on phenotypic, phylogenetic, and genomic comparison, we propose strain R2-JLT as a novel Phyllobacterium species, P. [12] The genomic comparisons revealed that the uninucleate JN strain likely arose by somatic hybridization of two binucleate isolates, and maintained a diploid nucleus. [13] Genomic comparisons and phylogenetic analyses placed these two phages within the genus Betatectivirus in the family Tectiviridae. [14] Genomic comparisons among the four goose breeds revealed many candidate genes, as well as pathways that may be associated with meat yield in Shitou geese and laying traits in Zi geese. [15] Whole genome sequencing (WGS) was used to determined their genome sequences, and then a genomic comparison of ARG-carrying genetic elements from these three strains with related sequences were performed. [16] In addition, there is a need for a harmonized identification and annotation effort to enable cross-species functional and genomic comparisons. [17] Our new version of qTeller now supports multiple genomes for intergenomic comparisons, and includes capabilities for both mRNA and protein abundance datasets. [18] In addition, genomic comparison using digital DNA-DNA hybridization (dDDH) and OrthoANI analyses between the novel organism and the members of the family Chitinophagaceae revealed identities of 65. [19] To identify the potential genetic factors associated with BM, a genomic comparison for BM cerebrospinal fluid (CSF) and primary lung tumor samples obtained from 1082 early- and late-stage LUAD patients was performed. [20] To gain insight into the Methanomassiliicoccales clade, particularly its human-associated members, we performed a genomic comparison of 72 Methanomassiliicoccales genomes and assessed their presence in metagenomes derived from the human gut (n = 4,472, representing 22 populations), nonhuman animal gut (n = 145), and nonhost environments (n = 160). [21] noctilio by genomic comparisons and phylogenetic analyses and (iii) analyse opsin mRNA expression. [22] Here, we demonstrate that both diabetic foot ulcers (DFUs) and venous leg ulcers (VLUs) exhibit global deregulation of cytoskeletal organization in genomic comparison to normal skin and acute wounds. [23] Here we present inStrain, a program that uses metagenomic paired reads to profile intra-population genetic diversity (microdiversity) across whole genomes and compares microbial populations in a microdiversity-aware manner, greatly increasing the accuracy of genomic comparisons when benchmarked against existing methods. [24] Genomic comparison with another wasp, Microplitis demolitor , revealed that these clusters were already established ~53 mya and thus belong to remarkably stable genomic structures, the architectures of which are evolutionary constrained. [25] Genomic comparison of strains PCA, KN400, and YM18 revealed that omcB, xapD, spc, and ompJ, which are known to be important genes for iron reduction and current production in PCA, were not present in YM18. [26] Genomic comparisons of Changthangi using cross population extended haplotype homozygosity (XP-EHH) showed multiple functional regions present on Ovis aries (Oar) chromosomes 2, 3,6 and 18 to be under selection in Changthangi sheep. [27] Genomic comparisons were unable to resolve strain differences, with the exception of the most phenotypically impaired and robust isolates, highlighting the importance of utilizing phenotypic studies to investigate differences between strains of L. [28] leprae as the causative agent at each site and phylogenomic comparisons with other strains from humans and other animals show that the chimpanzee strains belong to different and rare genotypes (4N/O and 2F). [29] Methods and Results This study combines Movat staining and pathway analysis for histological and genomic comparisons between clinical disease and its models. [30] Genomic comparisons revealed 18 clusters of highly similar isolates; 8 of these clusters had patients who shared CFCCs, which included 27/186 (15%) persons with CF. [31] Genomic comparisons demonstrated gene gain and loss that could be associated with guinea pig host specialization related to guinea pig diet, anatomy, and physiology including the deletion of genes involved with selenium metabolism, including genes encoding the selenocysteine insertion machinery and selenocysteine-containing proteins. [32] Phylogenomic comparisons of the seventeen species of wood-colonizing fungi revealed clade-specific expansion of gene families representing putative virulence factors involved in toxin production and mobilization, wood degradation, and nutrient uptake. [33] Comparative population genomics is an ascendant field using genomic comparisons between species to draw inferences about forces regulating genetic variation. [34] At the same time, genomic comparison between BS-Z15 and 12 Bacillus members showed that the genes of BS-Z15 were closely related to the Bacillus group, and were conserved between the two groups, including most of the genes associated with fungal antagonism. [35] Genomic comparisons of the long-read-based assemblies allowed us to correctly identify isolates of the same complex type based on global genome architecture and specific phage signature similarity. [36] Genomic comparisons showed that strain 24T and M. [37] Immunogenomic comparison (CS- vs. [38] This study involves a metagenomic comparison of the major metabolic attributes of two maize rhizosphere soils and their surrounding soils. [39] Genomic comparison with human F. [40] Based on phenotypic, phylogenetic, and genomic comparison, we propose strain R2-JLT as a novel Phyllobacterium species, P. [41] From the genomic comparisons of hundreds of predicted serovars, we demonstrated that in-silico serotyping classifications do not consistently reflect the population divergence observed at the genomic level. [42] Genomic comparison to Duroc reveals that variations including SNPs, INDELs and one ∼2 Mb inversion identified in Ossabaw pig may be related to its “thrifty” phenotype. [43] In this chapter, we will explore the evolution of the human brain and the central nervous system and discuss what we can learn from genomic comparisons studies. [44] A polyphasic taxono-genomic strategy (16S rRNA gene-based and core genome-based phylogeny, genomic comparison, phenotypic and biochemical characteristics) enabled us to better classify these strains and reclassify Olsenella species. [45] Genomic comparisons and chromatographic studies were employed to characterize more than 15 biosynthetic gene clusters and resulted in the identification of 3,5-dichloromethoxy benzoic acid as a potential antibacterial compound. [46] In addition, genomic comparison using the digital DNA–DNA hybridization and OrthoANI analyses between the novel organism and the E. [47] The genomic comparisons therefore support a line of descent from ST11 to ST258-wzi154 to ST258-wzi29 (summarized in Figure 1). [48] Despite the variability of extra-chromosomal elements, our genomic comparisons revealed only a few chromid and plasmid families. [49] In an honors course on “Omics Sciences,” draft genome sequences of Chryseobacterium elymi KCTC 22547T, Chryseobacterium flavum KCTC 12877T, Chryseobacterium hispanicum KCTC 22104T, Chryseobacterium lathyri KCTC 22544T, “Candidatus Chryseobacterium massiliae” CCUG 51329T, Chryseobacterium piscium CCUG 51923T, and Chryseobacterium rhizosphaerae KCTC 22548T were generated to facilitate phylogenomic comparisons within the genus. [50]これらの初期のD間のゲノム比較。 [1] このパイロット研究における非NPWTおよびNPWT創傷のユニークなinsitu組織学的評価およびゲノム比較は、これまでにない視点を提供し、NPWTの生理学的プロセスおよびNPWT臨床転帰におけるFBRの潜在的な役割への新しい洞察を提供します。 [2] 48,635個のSARS-CoV-2ゲノムのゲノム比較により、サンプルあたりの平均変異数は7であることが示されています。 [3] ゲノム比較は、10株のうち7株が新規分離株であり、将来の海洋微生物学調査のためのリソースを提供することを示唆しています。 [4] さらに、シーケンスベースの系統発生分析からのZIKV株のゲノム比較はよく知られていますが、RNA構造の比較との違いはあまり知られていません。 [5] 南アメリカの古代と現代の豆の種子のゲノム比較は、先住民が遺伝的多様性を犠牲にすることなく効率的な作物を選択したことを示しています。 [6] ゲノム比較はまた、Sを示した。 [7] 290株のゲノム比較と30℃の耐熱性表現型解析を実施しました。 [8] 32のRlv細菌のコアコレクションは、Rlvの既知の世界的な多様性を代表する121のゲノム配列のコレクションのゲノム比較に基づいて構成されました。 [9] 最後に、遺伝的およびゲノムの比較を使用して、pBGCタイプとファージ宿主範囲の間の強い関連性が明らかになりました。 [10] A間のゲノム比較。 [11] 表現型、系統発生、およびゲノムの比較に基づいて、R2-JLT株を新規のフィロバクテリウム種Pとして提案します。 [12] ゲノム比較により、単核JN株は、2つの二核分離株の体細胞ハイブリダイゼーションによって生じ、二倍体核を維持している可能性が高いことが明らかになりました。 [13] ゲノム比較と系統発生分析により、これら2つのファージはTectiviridae科のBetatectivirus属に分類されました。 [14] 4つのガチョウの品種間のゲノム比較により、多くの候補遺伝子と、シトウガチョウの肉収量およびジガチョウの産卵形質に関連する可能性のある経路が明らかになりました。 [15] 全ゲノムシーケンシング（WGS）を使用して、それらのゲノム配列を決定し、次に、これら3つの株からのARGを運ぶ遺伝子要素と関連する配列とのゲノム比較を行いました。 [16] さらに、種間機能とゲノムの比較を可能にするために、調和のとれた識別と注釈の取り組みが必要です。 [17] 新しいバージョンのqTellerは、ゲノム間比較のために複数のゲノムをサポートするようになり、mRNAとタンパク質の両方の存在量データセットの機能が含まれています。 [18] さらに、デジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション（dDDH）を使用したゲノム比較と、新規生物とキチノファガ科のメンバーとの間のOrthoANI分析により、65の同一性が明らかになりました。 [19] BMに関連する潜在的な遺伝的要因を特定するために、BM脳脊髄液（CSF）と1082人の初期および後期LUAD患者から得られた原発性肺腫瘍サンプルのゲノム比較を実施しました。 [20] Methanomassiliicoccalesクレード、特にそのヒト関連メンバーへの洞察を得るために、72のMethanomassiliicoccalesゲノムのゲノム比較を行い、ヒト腸（n = 4,472、22集団を表す）、非ヒト動物腸（n = 145）、および非ホスト環境（n = 160）。 [21] ゲノム比較および系統発生分析によるノクチリオ、および（iii）オプシンmRNA発現の分析。 [22] ここでは、糖尿病性足潰瘍（DFU）と静脈性下腿潰瘍（VLU）の両方が、正常な皮膚および急性創傷とのゲノム比較において、細胞骨格組織の全体的な規制緩和を示すことを示しています。 [23] ここでは、メタゲノムペアリードを使用してゲノム全体の集団内遺伝的多様性（微小多様性）をプロファイリングし、微生物集団を微小多様性を意識した方法で比較するプログラムであるinStrainを紹介します。これにより、既存の方法とベンチマークした場合のゲノム比較の精度が大幅に向上します。 [24] 別のハチであるMicroplitisdemolitorとのゲノム比較により、これらのクラスターはすでに約53 myaに確立されており、その構造が進化的に制約されている非常に安定したゲノム構造に属していることが明らかになりました。 [25] PCA、KN400、およびYM18株のゲノム比較により、PCAでの鉄還元および現在の生産に重要な遺伝子であることが知られているomcB、xapD、spc、およびompJがYM18に存在しないことが明らかになりました。 [26] クロスポピュレーション拡張ハプロタイプホモ接合性（XP-EHH）を使用したChangthangiのゲノム比較では、Ovis aries（Oar）染色体2、3、6、および18に存在する複数の機能領域がChangthangi羊で選択されていることが示されました。 [27] ゲノム比較では、最も表現型が損なわれた頑健な分離株を除いて、菌株の違いを解決できず、Lの菌株間の違いを調査するために表現型研究を利用することの重要性が強調されました。 [28] 各部位の原因菌としてのらい菌、およびヒトや他の動物の他の菌株との系統学的比較は、チンパンジーの菌株が異なるまれな遺伝子型（4N / Oおよび2F）に属していることを示しています。 [29] 方法と結果この研究では、モバット染色と経路分析を組み合わせて、臨床疾患とそのモデル間の組織学的およびゲノム比較を行います。 [30] ゲノム比較により、非常に類似した分離株の18のクラスターが明らかになりました。これらのクラスターのうち8つには、CFCCを共有する患者がおり、その中にはCF患者が27/186人（15％）含まれていました。 [31] ゲノム比較は、セレノシステイン挿入機構およびセレノシステイン含有タンパク質をコードする遺伝子を含む、モルモットの食事、解剖学、およびセレノシステイン代謝に関与する遺伝子の削除を含む生理学に関連するモルモット宿主の特殊化に関連する可能性のある遺伝子の獲得および喪失を示した。 [32] 17種の木材コロニー形成菌の系統学的比較により、毒素の産生と動員、木材の分解、および栄養素の取り込みに関与する推定病原性因子を表す遺伝子ファミリーのクレード特異的拡大が明らかになりました。 [33] 比較集団ゲノミクスは、種間のゲノム比較を使用して、遺伝的変異を調節する力についての推論を引き出すための優勢な分野です。 [34] 同時に、BS-Z15と12のバチルスメンバー間のゲノム比較は、BS-Z15の遺伝子がバチルスグループと密接に関連しており、真菌拮抗作用に関連する遺伝子のほとんどを含む2つのグループ間で保存されていることを示しました。 [35] ロングリードベースのアセンブリのゲノム比較により、グローバルゲノムアーキテクチャと特定のファージシグネチャの類似性に基づいて、同じ複合型の分離株を正しく特定することができました。 [36] ゲノム比較により、24T株とM株が示されました。 [37] 免疫ゲノム比較（CS-対。 [38] この研究には、2つのトウモロコシ根圏土壌とその周辺の土壌の主要な代謝属性のメタゲノム比較が含まれます。 [39] ヒトFとのゲノム比較。 [40] 表現型、系統発生、およびゲノムの比較に基づいて、R2-JLT株を新規のフィロバクテリウム種Pとして提案します。 [41] 数百の予測される血清型のゲノム比較から、インシリコ血清型分類がゲノムレベルで観察された集団の相違を一貫して反映していないことを示しました。 [42] デュロックとのゲノム比較により、オサボー島豚で同定されたSNP、INDEL、および1〜2 Mbの反転を含む変異が、その「倹約」表現型に関連している可能性があることが明らかになりました。 [43] この章では、人間の脳と中枢神経系の進化を探求し、ゲノム比較研究から何を学ぶことができるかについて説明します。 [44] 多相分類ゲノム戦略（16S rRNA遺伝子ベースおよびコアゲノムベースの系統発生、ゲノム比較、表現型および生化学的特性）により、これらの株をより適切に分類し、オルセネラ種を再分類することができました。 [45] ゲノム比較とクロマトグラフィー研究を使用して、15を超える生合成遺伝子クラスターを特徴付け、潜在的な抗菌化合物として3,5-ジクロロメトキシ安息香酸を同定しました。 [46] さらに、デジタルDNA-DNAハイブリダイゼーションを使用したゲノム比較と、新規生物とE. [47] したがって、ゲノムの比較は、ST11 から ST258-wzi154、ST258-wzi29 への系統をサポートします (図 1 に要約)。 [48] 染色体外要素の変動性にもかかわらず、我々のゲノム比較では、いくつかの染色体およびプラスミドファミリーのみが明らかになりました。 [49] In an honors course on “Omics Sciences,” draft genome sequences of Chryseobacterium elymi KCTC 22547T, Chryseobacterium flavum KCTC 12877T, Chryseobacterium hispanicum KCTC 22104T, Chryseobacterium lathyri KCTC 22544T, “Candidatus Chryseobacterium massiliae” CCUG 51329T, Chryseobacterium piscium CCUG 51923T, and Chryseobacterium rhizosphaerae KCTC 22548T は、属内の系統発生比較を容易にするために生成されました。 [50]
average nucleotide identity 平均ヌクレオチド同一性
Upon genomic comparisons of both strains, all values were below thresholds established for differentiation: average nucleotide identity (ANI, 88. [1] Genome-based phylogeny and genomic comparisons based on average nucleotide identity confirmed the strain to be a novel species of Cohnella. [2] Genomic comparisons of strain SJAQ100T with species in the order Burkholderiales were made using the Genome-to-Genome Distance Calculator, average nucleotide identity and average amino acid identity analyses (values indicated ≤22. [3] In silico genomic comparisons, including average nucleotide identity and the digital DNA-DNA hybridization values, showed 73. [4] Genomic comparisons of strain Seoho-28T with families in the order Solirubrobacterales were made using the Genome-to-Genome Distance Calculator, average nucleotide identity and average amino acid identity analyses (values indicated ≤14. [5] Phylogenomic and genomic comparisons show the four strains are conspecific based on standard species thresholds for this genus (monophyletic and pairwise average nucleotide identities >96 %). [6] Average nucleotide identity and DNA-DNA hybridization (GGDC) values based on genomic comparisons between HBUAS52074T and related type species showed that the bacterium was significantly different from its closest relatives. [7]両方の菌株のゲノム比較では、すべての値が分化のために確立された閾値を下回っていました：平均ヌクレオチド同一性（ANI、88。 [1] ゲノムベースの系統発生および平均ヌクレオチド同一性に基づくゲノム比較により、この菌株がコーネラの新種であることが確認されました。 [2] nan [3] 平均ヌクレオチド同一性およびデジタル DNA-DNA ハイブリダイゼーション値を含む in silico ゲノム比較では、73 が示されました。 [4] Seoho-28T 株と Solirurobacterales 目のファミリーとのゲノム比較は、Genome-to-Genome Distance Calculator、平均ヌクレオチド同一性および平均アミノ酸同一性分析を使用して行われました (示された値は ≤14. [5] nan [6] nan [7]
two strains revealed 明らかになった2つの株
Draft genomic comparison between the two strains revealed an average nucleotide identity of 99. [1] A draft genomic comparison between the two strains revealed an average nucleotide identity of 97. [2] Draft genomic comparison between the two strains revealed an average nucleotide identity of 96. [3] Whole genomic comparison between the two strains revealed a digital DNA-DNA hybridization estimate of 75. [4] Whole genomic comparison between the two strains revealed an average nucleotide identity of 99. [5] Whole-genomic comparison between the two strains revealed a digital DNA-DNA hybridization estimate of 85. [6]2つの菌株間のドラフトゲノム比較により、99の平均ヌクレオチド同一性が明らかになりました。 [1] 2つの菌株間のドラフトゲノム比較により、97の平均ヌクレオチド同一性が明らかになりました。 [2] nan [3] 2つの株間の全ゲノム比較により、75のデジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション推定値が明らかになりました. [4] 2 つの菌株間の全ゲノム比較により、99 の平均ヌクレオチド同一性が明らかになりました。 [5] nan [6]
average amino acid 平均アミノ酸
Moreover, genomic comparisons with similarity indexes, including average amino acid identity (AAI), percentage of conserved protein (POCP), and average nucleotide identity (ANI), showed proper thresholds as genera boundaries in this order with values of 70%, 65%, and 74% for AAI, POCP, and ANI, respectively. [1]さらに、平均アミノ酸同一性（AAI）、保存タンパク質の割合（POCP）、平均ヌクレオチド同一性（ANI）などの類似性指標とのゲノム比較では、70％、65％の値で、この順序で属の境界として適切なしきい値が示されました。 、およびAAI、POCP、およびANIでそれぞれ74％。 [1]
Silico Genomic Comparison シリコゲノム比較
In silico genomic comparisons confirm these observations: BA1T and P. [1] In silico genomic comparisons confirm these observations and show that strain H1T shares 70. [2] In silico genomic comparisons, including average nucleotide identity and the digital DNA-DNA hybridization values, showed 73. [3] The results of phylogenetic analyses, in silico genomic comparisons, and chemotaxonomic and phenotypic analyses clearly indicated that strain 3-2-2T represents a novel species within the genus Bacillus, for which the name Bacillus acidinfaciens sp. [4] In silico genomic comparisons showed that strain 16Sb5-5T exhibited ANI values of 94. [5]インシリコゲノム比較により、これらの観察結果が確認されます：BA1TおよびP。 [1] インシリコゲノム比較はこれらの観察を確認し、H1T株が70を共有することを示しています。 [2] 平均ヌクレオチド同一性およびデジタル DNA-DNA ハイブリダイゼーション値を含む in silico ゲノム比較では、73 が示されました。 [3] 系統解析、in silico ゲノム比較、および化学分類学的および表現型解析の結果は、3-2-2T 株が Bacillus 属内の新規種であることを明確に示しており、その名前は Bacillus acidinfaciens sp. です。 [4] nan [5]
Whole Genomic Comparison
Whole genomic comparison between strain SM2-FT and close relatives suggested a novel species of a novel genus. [1] DNA-DNA hybridization and whole genomic comparison, mandatory to taxonomically separate strain 924/12T from the type strain of L. [2] Whole genomic comparison between the two strains revealed a digital DNA-DNA hybridization estimate of 75. [3] Whole genomic comparison between the two strains revealed an average nucleotide identity of 99. [4]SM2-FT株と近縁種との全ゲノム比較により、新属の新種が示唆された。 [1] DNA-DNA ハイブリダイゼーションと全ゲノム比較。分類学的に系統 924/12T を L のタイプ系統から分離するために必須です。 [2] 2つの株間の全ゲノム比較により、75のデジタルDNA-DNAハイブリダイゼーション推定値が明らかになりました. [3] 2 つの菌株間の全ゲノム比較により、99 の平均ヌクレオチド同一性が明らかになりました。 [4]