ゲノムワイド同定とは何ですか？
Genome Wide Identification ゲノムワイド同定 - However, conventional approaches for genome-wide identification of TE insertion sites are costly and laborious. [1] In this review, we summarize recent milestones in characterizing the human genetic basis of DNA methylation variation over the last decade, including heritability findings and genome-wide identification of meQTLs. [2] DrugCHIPER-CS as a computational approach can speed the genome-wide identification of drug target on jamu formula efficiently. [3] As detailed in this report, the data generated from both genome-wide identification and expression analysis of lipoxygenase genes suggest the putative functions of two 13-LOXs ( SbLOX9 and SbLOX5 ) and three 9-LOXs ( SbLOX1, SbLOX3, and SbLOXo ) in biosynthesis of jasmonic acid, green leaf volatiles and death acids, and all of them are involved in defense-related functions in plants. [4] Currently, genome-wide identification of non-coding regulatory elements is an active area of research with significant progress made in humans, mice, and other model organisms. [5] Genome-wide identification and characterization of MITEs provide essential information for understanding genome structure and evolution. [6] In the present study, comprehensive analyses, including genome-wide identification, phylogeny, conserved domain/motif, gene structure, chromosomal location, subcellular localization, gene duplication, and expression patterns of the SOCS gene family in grass carp, were performed, based on genomic and transcriptomic data. [7] At present, a comprehensive investigation into the genome-wide identification and classification of MADS-box genes in foxtail millet (Setaria italica L. [8] Conclusions: This study provides the genome-wide identification and functional characterization of lncRNAs associated with 20E-induced autophagy in the fat body of B. [9] OBJECTIVE: Current work aims for a genome-wide identificationof CAD family and its expression correlation with fruit firmness in strawberry varieties. [10] Here, we performed genome-wide identification and comparative analysis of flowering-time genes in three palnt families i. [11] Genome-wide identification of regulatory elements (REs) responsible for regulating gene activity is key to further mechanistic studies. [12] This study was aimed at the genome-wide identification, a comprehensive in silico characterization of NHX genes from soybean ( Glycine max L. [13] Existing experimental methods are time-consuming and expensive, highlighting the need for computational approaches to accelerate the genome-wide identification of enhancers. [14] MAIN CONCLUSION Genome-wide identification, expression analysis of the MYC family in Camellia sinensis, and potential functional characterization of CsMYC2. [15] Upscaled high-throughput versions of CAGE have enabled the genome-wide identification of transcription start sites, including transcriptionally active promoters and enhancers. [16] In this study, we conducted genome-wide identification and characterization of OR genes in the snow leopard and compared them to all other Panthera species. [17] Whereas most studies of TGLs have focused on seed oil metabolism and biofuel in plants, limited information is available regarding the genome-wide identification and characterization of the TGL gene family in tomato (Solanum lycopersicum L. [18] Conclusion As NAC genes are known to play role in several physiological and biological activities, a more comprehensive study on genome-wide identification and expression analyses of the NAC proteins have been carried out in chickpea, pigeonpea and groundnut. [19] Summary Translation initiation site (TIS) profiling allows for the genome-wide identification of TISs in vivo by exclusively capturing mRNA fragments within ribosomes that have just completed translation initiation. [20] MAIN CONCLUSION Genome-wide identification reveals 55 PvuGRAS genes belonging to 16 subfamilies and their gene structures and evolutionary relationships were characterized. [21] Therefore, genome-wide identification of MITE insertions can help to shed light on their copy number variation and genome insertion features. [22] In this paper, to gain more insights into the regulatory mechanism of miRNAs in apple fruit ripening, a genome-wide identification of the sRNAome was implemented in the postharvest ‘Qinguan’ apple fruit. [23] Though many omics approaches have been employed to study in planta survival strategies, the direct genome-wide identification of R. [24] We performed genome-wide identification and expression analysis of the STP gene family to investigate the STPSs’ potential roles in the growth of wheat seedlings under stress. [25] The development of high throughput genetic tools is needed to dissect the function of multigene families, targeting several genes in a specific pathway, and finally genome-wide identification of essential genes to find novel drug targets. [26] Overall, genome-wide identification approach was used to further analyze the related functions of the RF gene family, which may include the response to drought stress, in cotton. [27] Here, we performed genome-wide identification and evolutionary analysis of the REM gene family in Rosaceae. [28] Results Here, we have performed a genome-wide identification of FCS-like zinc finger (FLZ) proteins and assessed their involvement in submergence response in rice. [29] The transcription factor Scleraxis (Scx) is expressed throughout tendon development and plays essential roles in both embryonic tendon development and adult tendon healing, but few direct target genes of Scx in tendon development have been reported and genome-wide identification of Scx direct target genes in vivo has been lacking. [30] A genome-wide identification and expression analysis of multidrug and toxic compound extrusion (MATE) gene family in potato was carried out to explore the response of MATE proteins to heavy meta stress. [31] We used genome-wide identification, phylogenetic analysis, chromosomal distribution and collinearity to examine potential functions of Lhc superfamily genes in upland cotton. [32] The genome-wide identification and expression analysis of genes related to the branched-chain amino acids (BCAA) synthesis pathway were carried out. [33] Results: In this study, genome-wide identification was carried out on G-type lectin gene family in Fragaria vesca. [34] Several bioinformatic tools have been developed for genome-wide identification of orthologous and paralogous genes. [35] Results To investigate the roles played by the AHL gene family in soybean, genome-wide identification, expression patterns and gene structures were performed to analyze. [36] Further, genome-wide identification of OsLEC1 binding sites demonstrated that OsLEC1 directly bound to genes involved in photosynthesis, photomorphogenesis, as well as abscisic acid (ABA) and gibberellin (GA) pathways, in seed maturation. [37] Various studies have demonstrated multiple cellular functions of Hsps in living organisms as an important biomarker in response to abiotic and biotic stressors, however, full genome-wide identification of Hsps, particularly in aquatic invertebrates, has not been reported. [38] In this study, the genome-wide identification of SOD genes and their expression patterns under abiotic stresses has been done in watermelon and melon. [39] The genome-wide identification of TaNRAMP1 (natural resistance-associated macrophage protein 1), known as high-affinity Mn transporter, showed several polymorphisms within genome A, B, and D. [40] In this study, we characterized 37 VrDIR genes in mungbean using a genome-wide identification method. [41] Genome-wide identification and expression analysis of SLAC/SLAH gene family members were performed in B. [42] The PYL gene family has been identified and analyzed in many species, however, there is no report about the research on the whole genome-wide identification of the alfalfa (Medicago sativa L. [43] In this study, we have carried out genome-wide identification and bioinformatics characterization of basic leucine zipper domain proteins (bZIPs) from cultivated cotton species Gossypium hirsutum along with two sub-genome species of allotetraploid cotton, Gossypium arboreum and Gossypium raimondii. [44] Herein, our study aimed to perform a genome-wide identification of the PUT gene family in C. [45] The current experimental methods provide a genome-wide identification of epigenetic modifications; however, they are expensive and time-consuming. [46] aralocaspica and comparatively analyze their expression and regulation patterns as well as the biochemical and enzymatic properties in this study, we characterized a bacterial-type PEPC (BTPC; SaPEPC-4) in addition to the two plant-type PEPCs (PTPCs; SaPEPC-1 and SaPEPC-2) using a genome-wide identification. [47] Thus, a comprehensive genome-wide identification analysis was performed to identify HSFs in the maize genome. [48] Here, we performed genome-wide identification of heat shock protein 70 family in the silkworm, Bombyx mori. [49] An accurate and reliable genome-wide identification of 6mA sites is crucial for systematically understanding its biological functions. [50]ただし、TE挿入部位のゲノムワイドな識別のための従来のアプローチは費用と労力がかかります。 [1] このレビューでは、遺伝率の調査結果やmeQTLのゲノムワイドな識別など、過去10年間のDNAメチル化変異の人間の遺伝的基盤を特徴付ける最近のマイルストーンを要約します。 [2] 計算アプローチとしてのDrugCHIPER-CSは、ジャムウ式での創薬ターゲットのゲノムワイドな識別を効率的に高速化できます。 [3] このレポートで詳しく説明されているように、リポキシゲナーゼ遺伝子のゲノム全体の同定と発現分析の両方から生成されたデータは、生合成における2つの13-LOX（SbLOX9とSbLOX5）と3つの9-LOX（SbLOX1、SbLOX3、およびSbLOXo）の推定機能を示唆していますジャスモン酸、緑の葉の揮発性物質、デスアシッドのいずれかであり、それらはすべて植物の防御関連機能に関与しています。 [4] 現在、非コード調節要素のゲノムワイドな同定は、ヒト、マウス、および他のモデル生物で大きな進歩を遂げた活発な研究分野です。 [5] MITEのゲノム全体の識別と特性評価は、ゲノムの構造と進化を理解するための重要な情報を提供します。 [6] 本研究では、ゲノム全体の同定、系統発生、保存されたドメイン/モチーフ、遺伝子構造、染色体位置、細胞内局在、遺伝子重複、および草鯉のSOCS遺伝子ファミリーの発現パターンを含む包括的な分析が行われた。ゲノムおよびトランスクリプトミクスデータ。 [7] 現在、アワ（Setaria italica L.）のMADSボックス遺伝子のゲノムワイドな同定と分類に関する包括的な調査が行われています。 [8] 結論：この研究は、Bの脂肪体における20E誘導オートファジーに関連するlncRNAのゲノムワイドな同定と機能的特性評価を提供します。 [9] 目的：現在の作業は、CADファミリーのゲノムワイドな同定と、イチゴ品種の果実の硬さとの発現相関を目指しています。 [10] ここでは、3つのpalntファミリーiの開花期遺伝子のゲノムワイドな同定と比較分析を行いました。 [11] 遺伝子活性の調節に関与する調節要素（RE）のゲノムワイドな同定は、さらなる機構研究の鍵となります。 [12] この研究は、大豆（Glycine max L.）からのNHX遺伝子の包括的なインシリコ特性評価であるゲノムワイドな同定を目的としていました。 [13] 既存の実験方法は時間と費用がかかり、エンハンサーのゲノムワイドな同定を加速するための計算アプローチの必要性を浮き彫りにします。 [14] 主な結論 ゲノムワイドな同定、Camellia sinensisのMYCファミリーの発現解析、およびCsMYC2の潜在的な機能特性。 [15] CAGEのアップスケールされたハイスループットバージョンは、転写活性のあるプロモーターやエンハンサーを含む、転写開始部位のゲノムワイドな同定を可能にしました。 [16] この研究では、ユキヒョウのOR遺伝子のゲノムワイドな同定と特性評価を実施し、他のすべてのパンテーラ種と比較しました。 [17] TGLのほとんどの研究は植物の種子油代謝とバイオ燃料に焦点を合わせていますが、トマト（Solanum lycopersicum L. [18] 結論NAC遺伝子はいくつかの生理学的および生物学的活動に関与することが知られているため、NACタンパク質のゲノムワイドな同定および発現分析に関するより包括的な研究が、ヒヨコマメ、キマメ、およびラッカセイで実施されました。 [19] まとめ翻訳開始部位（TIS）プロファイリングは、翻訳開始を完了したばかりのリボソーム内のmRNAフラグメントを排他的にキャプチャすることにより、invivoでのTISのゲノムワイドな識別を可能にします。 [20] 主な結論 ゲノムワイドな同定により、16のサブファミリーに属する55のPvuGRAS遺伝子が明らかになり、それらの遺伝子構造と進化的関係が特徴づけられました。 [21] したがって、MITE挿入のゲノム全体の識別は、それらのコピー数多型とゲノム挿入機能に光を当てるのに役立ちます。 [22] この論文では、リンゴ果実の成熟におけるmiRNAの調節メカニズムについてより多くの洞察を得るために、sRNAomeのゲノムワイドな同定が収穫後の「Qinguan」リンゴ果実に実装されました。 [23] 植物の生存戦略を研究するために多くのオミクスアプローチが採用されてきましたが、Rのゲノムワイドな直接同定。 [24] STP遺伝子ファミリーのゲノムワイドな同定と発現解析を行い、ストレス下でのコムギ実生の成長におけるSTPSの潜在的な役割を調査しました。 [25] ハイスループット遺伝子ツールの開発は、複数遺伝子ファミリーの機能を分析し、特定の経路のいくつかの遺伝子を標的とし、最後に、新規薬物標的を見つけるために必須遺伝子をゲノム全体で同定するために必要です。 [26] 全体として、ゲノムワイドな同定アプローチを使用して、ワタの干ばつストレスへの応答を含む可能性のあるRF遺伝子ファミリーの関連機能をさらに分析しました。 [27] ここでは、バラ科のREM遺伝子ファミリーのゲノムワイドな同定と進化解析を行いました。 [28] 結果ここでは、FCSのようなジンクフィンガー（FLZ）タンパク質のゲノムワイドな同定を行い、イネの水没反応への関与を評価しました。 [29] 転写因子Scleraxis（Scx）は腱の発達を通して発現し、胚性腱の発達と成人の腱の治癒の両方で重要な役割を果たしますが、腱の発達におけるScxの直接標的遺伝子はほとんど報告されておらず、Scx直接標的遺伝子のゲノム全体での同定はインビボは欠けていた。 [30] ジャガイモにおける多剤および毒性化合物押し出し（MATE）遺伝子ファミリーのゲノムワイドな同定および発現分析を実施して、重いメタストレスに対するMATEタンパク質の応答を調査しました。 [31] ゲノムワイドな同定、系統発生分析、染色体分布、および共線性を使用して、高地ワタのLhcスーパーファミリー遺伝子の潜在的な機能を調べました。 [32] 分枝鎖アミノ酸（BCAA）合成経路に関連する遺伝子のゲノムワイドな同定と発現解析を実施しました。 [33] 結果：この研究では、ゲノムワイドな同定がエゾヘビイチゴのG型レクチン遺伝子ファミリーで実施されました。 [34] オーソロガスおよびパラロガス遺伝子のゲノムワイドな同定のために、いくつかのバイオインフォマティクスツールが開発されています。 [35] 結果大豆においてAHL遺伝子ファミリーが果たす役割を調査するために、ゲノムワイドな同定、発現パターン、および遺伝子構造を分析するために実施しました。 [36] さらに、OsLEC1結合部位のゲノムワイドな同定は、OsLEC1が、種子の成熟において、光合成、光形態形成、ならびにアブシジン酸（ABA）およびジベレリン（GA）経路に関与する遺伝子に直接結合することを示しました。 [37] さまざまな研究により、非生物的および生物的ストレッサーに応答する重要なバイオマーカーとして生物におけるHspの複数の細胞機能が実証されていますが、特に水生無脊椎動物におけるHspの完全なゲノムワイドな同定は報告されていません。 [38] この研究では、スイカとメロンで、非生物的ストレス下でのSOD遺伝子とその発現パターンのゲノムワイドな同定が行われました。 [39] 高親和性Mnトランスポーターとして知られるTaNRAMP1（自然耐性関連マクロファージタンパク質1）のゲノムワイドな同定は、ゲノムA、B、およびD内にいくつかの多型を示しました。 [40] この研究では、ゲノムワイドな同定法を使用して、リョクトウの37のVrDIR遺伝子の特性を明らかにしました。 [41] SLAC/SLAH遺伝子ファミリーメンバーのゲノムワイドな同定と発現解析はBで行われました。 [42] PYL遺伝子ファミリーは多くの種で同定および分析されていますが、アルファルファ（Medicago sativa L. [43] この研究では、栽培ワタ種Gossypium hirsutumと、異質四倍体ワタの2つのサブゲノム種であるGossypiumarboreumおよびGossypiumraimondiiからの基本的なロイシンジッパードメインタンパク質（bZIP）のゲノムワイドな同定とバイオインフォマティクスの特性評価を実施しました。 [44] ここでは、私たちの研究は、CのPUT遺伝子ファミリーのゲノムワイドな同定を行うことを目的とした。 [45] 現在の実験方法は、エピジェネティックな修飾のゲノムワイドな識別を提供します。ただし、それらは高価で時間がかかります。 [46] aralocaspicaは、この研究でそれらの発現と調節パターン、および生化学的および酵素的特性を比較分析し、2つの植物型PEPC（PTPC; SaPEPC-1）に加えて細菌型PEPC（BTPC; SaPEPC-4）を特徴づけました。およびSaPEPC-2）ゲノムワイドな同定を使用します。 [47] したがって、トウモロコシゲノムのHSFを同定するために、包括的なゲノムワイド同定分析が実施されました。 [48] ここでは、カイコガ、Bombyxmoriの熱ショックタンパク質70ファミリーのゲノムワイドな同定を行いました。 [49] 6mA部位の正確で信頼性の高いゲノムワイドな同定は、その生物学的機能を体系的に理解するために重要です。 [50]